Gene
PIK3CA
phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha
- HGNC 8975↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000121879↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 5290↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 3q26.32
- Coordinate
- Cromosoma 3: 179.148.357–179.240.093 (GRCh38)
- Esoni
- 21 esoni su 91,7 kb
- Proteina
- 1068 amminoacidi, 124,3 kDa
- Noto anche come
- PI3K
- Trascritto MANE Select
- ENST00000263967.4NM_006218.4
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Disturbi da megalencefalia e iperaccrescimento della via MTOR
- Iperaccrescimento e malformazioni cerebrali dovuti a variazioni dei geni della via MTOR
Causate da variazioni attivanti in AKT3, MTOR, PIK3CA o PIK3R2, geni della via di crescita PI3K-AKT-MTOR. Le variazioni possono insorgere de novo in una copia del gene in ogni cellula, oppure dopo il concepimento, così che solo alcune cellule sono interessate (mosaicismo).
- 5 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
La gestione prevede l'imaging cerebrale e il monitoraggio per l'idrocefalo, il trattamento dell'epilessia, che a volte include la chirurgia, e il supporto allo sviluppo. L'alpelisib è approvato per ridurre l'iperaccrescimento nell'iperaccrescimento correlato a PIK3CA, ma non si sa se sia utile per le caratteristiche cerebrali. La maggior parte dei casi insorge de novo, quindi il rischio di ricorrenza è di solito basso, ma è consigliata una consulenza genetica.
Struttura di PIK3CA
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
- Varianti con una pagina
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 9,3 kb dei 91,7 kb del gene; 3207 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di PIK3CA
45Difficile
Quanto è difficile sequenziare PIK3CA con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Gran parte di PIK3CA si trova in punti in cui le letture corte possono non rilevare o collocare in modo errato una variante.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di PIK3CA in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.27%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.37%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.5,6%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.9,6%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di PIK3CA in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
73
posizioni in PIK3CA in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
11 di esse (15%) rientrano in regioni che le letture corte faticano a sequenziare.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (11 siti)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (11 siti)
Un genoma intero copre tutti i 91,7 kb di PIK3CA, introni inclusi, e non solo i 9,3 kb di esoni.
Varianti con una pagina (5)
Le varianti PIK3CA con una pagina qui, prima quelle con più stelle di revisione. Ogni pagina descrive il registro pubblico di ClinVar sulla variante, mai un risultato.
| Variante | HGVS c. | Esone o introne | Posizione (GRCh38) | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|---|---|
| E110del | c.328_330del | Esone 2 | 179.199.149 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| E542K | c.1624G>A | Esone 10 | 179.218.294 | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| E726K | c.2176G>A | Esone 14 | 179.221.146 | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| G914R | c.2740G>A | Esone 19 | 179.230.077 | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| H1047R | c.3140A>G | Esone 21 | 179.234.297 | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
Varianti patogeniche ClinVar (90)
Le varianti PIK3CA che ClinVar classifica come patogene o probabilmente patogene per qualsiasi condizione, esaminate da almeno un soggetto che le ha inviate con criteri, e le più esaminate tra queste. È il registro pubblico di ClinVar sul gene, non un risultato.
- Patogena 42
- Patogena/probabilmente patogena 7
- Probabilmente patogena 41
| Variante | Condizioni | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1624G>A (p.Glu542Lys) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.2176G>A (p.Glu726Lys) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.2740G>A (p.Gly914Arg) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3140A>G (p.His1047Arg) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.325GAA[1] (p.Glu110del) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.263G>A (p.Arg88Gln) | Cowden disease e altre 3 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.353G>A (p.Gly118Asp) | Cowden disease e altre 2 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1030G>A (p.Val344Met) | Cowden disease e altre 2 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1048G>A (p.Asp350Asn) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1090G>A (p.Gly364Arg) | PIK3CA-related overgrowth spectrum e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1133G>A (p.Cys378Tyr) | Cowden disease e altre 3 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1357G>A (p.Glu453Lys) | CLOVES syndrome e altre 3 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1633G>A (p.Glu545Lys) | CLOVES syndrome e altre 3 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1635G>T (p.Glu545Asp) | Cowden disease e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3139C>T (p.His1047Tyr) | CLAPO syndrome e altre 15 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.323G>A (p.Arg108His) | Cowden disease e un'altra | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.344G>C (p.Arg115Pro) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1345C>A (p.Pro449Thr) | megalencephaly-capillary malformation-polymicrogyria syndrome | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1637A>C (p.Gln546Pro) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.2816A>G (p.Asp939Gly) | megalencephaly-capillary malformation-polymicrogyria syndrome | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3012G>A (p.Met1004Ile) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3061T>C (p.Tyr1021His) | Cowden disease e un'altra | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.277C>T (p.Arg93Trp) | PIK3CA-related overgrowth spectrum e un'altra | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.241G>A (p.Glu81Lys) | CLOVES syndrome e altre 2 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.278G>A (p.Arg93Gln) | Cowden syndrome 5 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
Vedi tutte le 90 con ogni altra variante PIK3CA in ClinVar → (si apre in una nuova scheda)
Geni associati alle stesse condizioni
Tratti collegati a PIK3CA
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che PIK3CA può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Epilepsy
- Glioblastoma multiforme
- Headache
- Hyperintensity of cerebral white matter on MRI
- Interictal EEG abnormality
- Intracranial meningioma
- Abnormal brain FDG positron emission tomography
- Abnormal shape of nervous system
Mostra altri 84 tratti
- Absent/small cerebellum
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Depression
- EEG with burst suppression
- EEG with focal sharp slow waves
- EEG with focal spikes
- EEG with polyspike wave complexes
- Focal cortical dysplasia
- Focal motor seizure
- Focal T2 hyperintense brainstem lesion
- Focal T2 hypointense brainstem lesion
- Focal T2 hypointense thalamic lesion
- Global developmental delay
- Hemihypsarrhythmia
- Hemimegalencephaly
- Intellectual disability
- Irritability
- Migraine
- More grooves in brain
- Nerve tumor
- Numbness
- Pins and needles feeling
- Rise in pressure inside skull
- Seizure affecting one half of brain
- Too much cerebrospinal fluid in the brain
- Ventriculomegaly
- Abnormal central motor function
- Abnormal central sensory function
- Abnormal gait
- Abnormal neuron shape
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal social behavior
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of the cerebellum
- Aplasia/Hypoplasia of the corpus callosum
- Ataxia
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Chiari malformation
- Cognitive impairment
- Cranial nerve paralysis
- Difficulty articulating speech
- Difficulty sleeping
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Epileptic spasm
- Fewer and broader ridges in brain
- Focal tonic seizure
- Gliosis
- Gray matter heterotopia
- Hallucinations
- Intellectual disability, mild
- Intellectual disability, severe
- Jerking
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Meningocele
- Multiple mucosal neuromas
- Myelomeningocele
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pauses in breathing while sleeping
- Repeated seizures without recovery between them
- Spinal cord lesion
- Spinal dysraphism
- Spinal meningioma
- Split spine
- Sudden loss of muscle tone
- Tethered cord
- Trigeminal neuralgia
- Weakness of one side of body
- Astrocytoma
- Brain stem compression
- Can't control feelings
- Excessive daytime sleepiness
- Ganglioneuroma
- Noncancerous growth of membranes covering brain
- Spasms on one side of the face
- Transient global amnesia
- Cavum septum pellucidum
- Enlarged brain
- Intention tremor
Abnormality of head or neck
- Capillary malformation of the lip
- Dimple chin
- Enlargement of half of face
- Facial asymmetry
- Adenoma sebaceum
- Big calvaria
- Narrow eyelid opening
- Wide mouth
Mostra altri 34 tratti
- Abnormality of head shape
- Abnormality of the skull
- Abnormally large tongue
- Big lower jaw
- Big maxilla
- Deviated nasal septum
- Early eruption of teeth
- Enlargement of parotid gland
- Frontal bossing
- Full cheeks
- High forehead
- Prominence of cheekbone
- Abnormality of the sense of smell
- Abnormally small head
- Absence of adult teeth
- Adhesion of the temporomandibular joint
- Bad bite
- Bell's palsy
- Cancer of salivary gland
- Depressed nasal bridge
- Increased size of tooth
- Webbed neck
- Neoplasm of the tongue
- Broad forehead
- Decreased size of maxilla
- Downward slanting of the opening between the eyelids
- Enlargement of skull bones
- Eye folds
- Grooved tongue
- High palate
- Little lower jaw
- Narrow mouth
- Progressively abnormally enlarging cranium
- Smooth philtrum
Abnormality of the cardiovascular system
- Cerebral cavernous malformation
- Strawberry birthmark
- Venous malformation
- Arteriovenous malformation
- Lymphangioma
- Poorly functioning veins
- Strawberry mark
- Telangiectasia of the skin
Mostra altri 27 tratti
- Visceral angiomatosis
- Abnormal lymphatic vessel morphology
- Abnormality of the cerebral blood vessels
- Blood clot in artery of lung
- Collection of dilated blood vessels that forms mass
- Cutis marmorata
- Enlarged tonsils
- Varicose veins
- Vascular skin abnormality
- Abnormal cardiovascular system morphology
- Abnormal heart rate
- Abnormal tricuspid valve morphology
- Abnormal vein
- Abnormality of lung artery
- Abnormality of the lymphatic system
- An opening in the wall separating the top two chambers of the heart
- Cardiac diverticulum
- Cardiac failure
- Choroidal hemangioma
- Disruption of blood oxygen supply to brain
- Increased spleen size
- Patent ductus arteriosus
- Peripheral arteriovenous fistula
- Retinal cavernous hemangioma
- Fainting spell
- Abnormality of the cardiovascular system
- Hole in heart wall separating two lower heart chambers
Abnormality of the endocrine system
- Decreased circulating ACTH concentration
- Decreased circulating follicle stimulating hormone concentration
- Decreased circulating luteinizing hormone level
- Decreased serum estradiol
- Decreased serum testosterone level
- Hypogonadotropic hypogonadism
- Increased circulating prolactin concentration
- Low blood cortisol level
Mostra altri 16 tratti
- Low thyroid gland function due to abnormal pituitary gland
- Secondary growth hormone deficiency
- Abnormal hypothalamus physiology
- Enlarged pituitary gland
- Hypothalamic hypothyroidism
- Neoplasm of the anterior pituitary
- Neoplasm of the thyroid gland
- Noncancerous tumor in pituitary gland
- Reduced circulating prolactin concentration
- Adrenal calcification
- Neoplasm of the posterior pituitary
- Enlarged thyroid gland in neck
- Overactive thyroid
- Thyroid adenoma
- Thyroid gland inflammation
- Underactive thyroid
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal absence of menstruation
- Difficulty getting a full erection
- Small kidneys
- Abnormality of the menstrual cycle
- Absent/small kidney
- Cystic kidney disease
- Endometrial carcinoma
- Enlarged kidney
Mostra altri 16 tratti
- Epididymal cyst
- Hydrocele testis
- Kidney cancer
- Malignant genitourinary tract tumor
- Nephroblastoma
- Ovarian cancer
- Ovarian serous cystadenoma
- Testicular lipomatosis
- Urinary tract neoplasm
- Loss of bladder control
- Cancer starting in small tubes in kidneys
- Dysgerminoma
- Ovarian cyst
- Ovarian papillary adenocarcinoma
- Transitional cell carcinoma of the bladder
- Uterine leiomyosarcoma
Abnormality of limbs
- Asymmetric overgrowth
- Finger overgrowth
- Left and right leg differ in length or width
- Duplication of bones of the toes
- Extra finger
- Finger syndactyly
- Fused toes
- Unequal size of arms
Mostra altri 14 tratti
- Broad palm
- Bulbous tips of toes
- Gap between 1st and 2nd toes
- Overgrowth of one arm
- Overgrowth of one leg
- Ulnar deviation of the hand
- Cutaneous syndactyly
- Decreased arm strength
- Dislocated kneecap
- Lower limb muscle weakness
- More than five fingers or toes on hands or feet
- Webbed 2nd-4th toes
- Thickening of the outer layer of the skin of the palms and soles
- Webbed fingers or toes
Abnormality of the eye
- Drooping upper eyelid
- Bitemporal hemianopia
- Abnormal kinetic perimetry test
- Amaurosis fugax
- Deeply set eye
- Eye muscle paralysis
- Hemianopia
- Oculomotor nerve palsy
Mostra altri 14 tratti
Abnormality of the digestive system
- Abdominal pain
- Constipation
- Malabsorption
- Colon cancer
- Nausea and vomiting
- Rectal tumor
- Stomach tumor
- Accumulation of fluid in the abdomen
Mostra altri 13 tratti
- Cancer of the pancreas
- Enlarged liver
- Episodic vomiting
- Growths in inner lining of intestine
- Hepatocellular carcinoma
- Liver cancer
- Pancreatic adenocarcinoma
- Colonic diverticula
- Hamartomatous polyposis
- Hereditary nonpolyposis colorectal carcinoma
- Micronodular cirrhosis
- Stomach cancer
- Subacute progressive viral hepatitis
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Bleeding in brain
- Gastrointestinal bleeding
- Blood clot in vein
- Abnormal blood clot
- Blood tumor
- Hypercoagulability
- Internal bleeding
- Microcytic anemia
Mostra altri 2 tratti
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-21: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.21-c791e85a.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene PIK3CA: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha. Consultato il 23 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/pik3ca
Dante Labs. Gene PIK3CA: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha [Internet]. [citato il 23 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/pik3ca
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