Gène
PIK3CA
phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha
- HGNC 8975↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000121879↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 5290↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 3q26.32
- Coordonnées
- Chromosome 3 : 179 148 357–179 240 093 (GRCh38)
- Exons
- 21 exons sur 91,7 kb
- Protéine
- 1 068 acides aminés, 124,3 kDa
- Aussi appelé
- PI3K
- Transcrit MANE Select
- ENST00000263967.4NM_006218.4
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Troubles de la mégalencéphalie et de la surcroissance liés à la voie MTOR
- Surcroissance et malformations cérébrales dues à des variants des gènes de la voie MTOR
Causées par des variants activateurs dans AKT3, MTOR, PIK3CA ou PIK3R2, gènes de la voie de croissance PI3K-AKT-MTOR. Ces variants surviennent soit de novo sur une copie du gène dans chaque cellule, soit après la conception, de sorte que seules certaines cellules sont touchées (mosaïcisme).
- 5 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
▶Actionnabilité
La prise en charge comprend une imagerie cérébrale et une surveillance de l'hydrocéphalie, un traitement de l'épilepsie, qui comprend parfois une intervention chirurgicale, ainsi qu'un accompagnement du développement. L'alpélisib est approuvé pour réduire la surcroissance dans la surcroissance liée à PIK3CA, mais on ne sait pas s'il améliore les signes cérébraux. La plupart des cas surviennent de novo, de sorte que le risque de récurrence est généralement faible, mais un conseil génétique est recommandé.
Structure de PIK3CA
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Sites connus associés à une maladie
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
- Variants avec une page
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 9,3 kb sur les 91,7 kb du gène ; 3 207 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de PIK3CA
45Difficile
Difficulté de séquençage de PIK3CA avec des lectures courtes, sur 100
0 · Facile100 · Difficile
Une grande partie de PIK3CA se situe dans des zones où les lectures courtes peuvent manquer une variation ou la mal placer.
Facteur aggravant : la part des exons de PIK3CA située dans chaque type de région difficile
- MappabilitéPortions où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, si bien qu'un appel dans ces zones peut être manquant ou erroné. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 100.27 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 60.37 %
- Partagé avec le chrYLes régions pseudoautosomales et la région transposée du X, où les chrX et chrY portent la même séquence ou une séquence presque identique, si bien qu'une lecture issue de l'un peut être placée sur l'autre. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 60.0 %
- Couverture de la référenceLacunes dans l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence sur laquelle les lectures peuvent s'aligner. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 50.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et suites d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas couvrir en entier. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 30.5,6 %
- Teneur en GCFenêtres comportant moins de 25 % ou plus de 65 % de G et de C, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 20.9,6 %
Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes des régions difficiles à séquencer de Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du scoreChaque barre représente la part des bases exoniques de PIK3CA située dans ce type de région difficile. Chaque type peut à lui seul rendre un gène difficile, et chaque type supplémentaire ajoute moins : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans l'un d'eux, 100 lorsque toutes les bases se trouvent dans des zones où les lectures ne peuvent pas être placées de façon unique.
73
positions dans PIK3CA où ClinVar classe une variation comme pathogène ou probablement pathogène
11 d'entre elles (15 %) se trouvent dans des régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (11 sites)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (11 sites)
Un génome complet couvre les 91,7 kb de PIK3CA dans leur totalité, introns compris, et pas seulement les 9,3 kb d'exons.
Variants avec une page (5)
Les variants PIK3CA disposant d'une page ici, ceux avec le plus d'étoiles de révision en premier. Chaque page décrit le dossier public de ClinVar sur le variant, jamais un résultat.
| Variant | HGVS c. | Exon ou intron | Position (GRCh38) | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|---|---|
| E110del | c.328_330del | Exon 2 | 179 199 149 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| E542K | c.1624G>A | Exon 10 | 179 218 294 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| E726K | c.2176G>A | Exon 14 | 179 221 146 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| G914R | c.2740G>A | Exon 19 | 179 230 077 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| H1047R | c.3140A>G | Exon 21 | 179 234 297 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
Variants pathogènes ClinVar (90)
Les variants de PIK3CA que ClinVar classe comme pathogènes ou probablement pathogènes pour une affection quelconque, ayant fait l'objet d'un examen par au moins un déposant selon des critères, ainsi que les plus examinés d'entre eux. Il s'agit du registre public de ClinVar pour ce gène, et non d'un résultat.
- Pathogène 42
- Pathogène/probablement pathogène 7
- Probablement pathogène 41
| Variant | Affections | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1624G>A (p.Glu542Lys) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.2176G>A (p.Glu726Lys) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.2740G>A (p.Gly914Arg) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3140A>G (p.His1047Arg) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.325GAA[1] (p.Glu110del) | overgrowth syndrome and/or cerebral malformations due to abnormalities in MTOR pathway genes | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.263G>A (p.Arg88Gln) | Cowden disease et 3 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.353G>A (p.Gly118Asp) | Cowden disease et 2 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1030G>A (p.Val344Met) | Cowden disease et 2 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1048G>A (p.Asp350Asn) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1090G>A (p.Gly364Arg) | PIK3CA-related overgrowth spectrum et 1 autre | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1133G>A (p.Cys378Tyr) | Cowden disease et 3 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1357G>A (p.Glu453Lys) | CLOVES syndrome et 3 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1633G>A (p.Glu545Lys) | CLOVES syndrome et 3 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1635G>T (p.Glu545Asp) | Cowden disease et 1 autre | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3139C>T (p.His1047Tyr) | CLAPO syndrome et 15 autres | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.323G>A (p.Arg108His) | Cowden disease et 1 autre | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.344G>C (p.Arg115Pro) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1345C>A (p.Pro449Thr) | megalencephaly-capillary malformation-polymicrogyria syndrome | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.1637A>C (p.Gln546Pro) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.2816A>G (p.Asp939Gly) | megalencephaly-capillary malformation-polymicrogyria syndrome | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3012G>A (p.Met1004Ile) | PIK3CA-related overgrowth spectrum | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.3061T>C (p.Tyr1021His) | Cowden disease et 1 autre | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.277C>T (p.Arg93Trp) | PIK3CA-related overgrowth spectrum et 1 autre | Probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.241G>A (p.Glu81Lys) | CLOVES syndrome et 2 autres | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_006218.4(PIK3CA):c.278G>A (p.Arg93Gln) | Cowden syndrome 5 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
Voir les 90 avec tous les autres variants PIK3CA de ClinVar → (s'ouvre dans un nouvel onglet)
Gènes liés aux mêmes affections
Traits associés à PIK3CA
L'Human Phenotype Ontology répertorie ces traits comme caractéristiques des maladies rares que PIK3CA peut provoquer. La page de chaque trait indique les autres gènes qui lui sont associés.
Abnormality of the nervous system
- Epilepsy
- Glioblastoma multiforme
- Headache
- Hyperintensity of cerebral white matter on MRI
- Interictal EEG abnormality
- Intracranial meningioma
- Abnormal brain FDG positron emission tomography
- Abnormal shape of nervous system
Afficher 84 traits supplémentaires
- Absent/small cerebellum
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Depression
- EEG with burst suppression
- EEG with focal sharp slow waves
- EEG with focal spikes
- EEG with polyspike wave complexes
- Focal cortical dysplasia
- Focal motor seizure
- Focal T2 hyperintense brainstem lesion
- Focal T2 hypointense brainstem lesion
- Focal T2 hypointense thalamic lesion
- Global developmental delay
- Hemihypsarrhythmia
- Hemimegalencephaly
- Intellectual disability
- Irritability
- Migraine
- More grooves in brain
- Nerve tumor
- Numbness
- Pins and needles feeling
- Rise in pressure inside skull
- Seizure affecting one half of brain
- Too much cerebrospinal fluid in the brain
- Ventriculomegaly
- Abnormal central motor function
- Abnormal central sensory function
- Abnormal gait
- Abnormal neuron shape
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal social behavior
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of the cerebellum
- Aplasia/Hypoplasia of the corpus callosum
- Ataxia
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Chiari malformation
- Cognitive impairment
- Cranial nerve paralysis
- Difficulty articulating speech
- Difficulty sleeping
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Epileptic spasm
- Fewer and broader ridges in brain
- Focal tonic seizure
- Gliosis
- Gray matter heterotopia
- Hallucinations
- Intellectual disability, mild
- Intellectual disability, severe
- Jerking
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Meningocele
- Multiple mucosal neuromas
- Myelomeningocele
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pauses in breathing while sleeping
- Repeated seizures without recovery between them
- Spinal cord lesion
- Spinal dysraphism
- Spinal meningioma
- Split spine
- Sudden loss of muscle tone
- Tethered cord
- Trigeminal neuralgia
- Weakness of one side of body
- Astrocytoma
- Brain stem compression
- Can't control feelings
- Excessive daytime sleepiness
- Ganglioneuroma
- Noncancerous growth of membranes covering brain
- Spasms on one side of the face
- Transient global amnesia
- Cavum septum pellucidum
- Enlarged brain
- Intention tremor
Abnormality of head or neck
- Capillary malformation of the lip
- Dimple chin
- Enlargement of half of face
- Facial asymmetry
- Adenoma sebaceum
- Big calvaria
- Narrow eyelid opening
- Wide mouth
Afficher 34 traits supplémentaires
- Abnormality of head shape
- Abnormality of the skull
- Abnormally large tongue
- Big lower jaw
- Big maxilla
- Deviated nasal septum
- Early eruption of teeth
- Enlargement of parotid gland
- Frontal bossing
- Full cheeks
- High forehead
- Prominence of cheekbone
- Abnormality of the sense of smell
- Abnormally small head
- Absence of adult teeth
- Adhesion of the temporomandibular joint
- Bad bite
- Bell's palsy
- Cancer of salivary gland
- Depressed nasal bridge
- Increased size of tooth
- Webbed neck
- Neoplasm of the tongue
- Broad forehead
- Decreased size of maxilla
- Downward slanting of the opening between the eyelids
- Enlargement of skull bones
- Eye folds
- Grooved tongue
- High palate
- Little lower jaw
- Narrow mouth
- Progressively abnormally enlarging cranium
- Smooth philtrum
Abnormality of the cardiovascular system
- Cerebral cavernous malformation
- Strawberry birthmark
- Venous malformation
- Arteriovenous malformation
- Lymphangioma
- Poorly functioning veins
- Strawberry mark
- Telangiectasia of the skin
Afficher 27 traits supplémentaires
- Visceral angiomatosis
- Abnormal lymphatic vessel morphology
- Abnormality of the cerebral blood vessels
- Blood clot in artery of lung
- Collection of dilated blood vessels that forms mass
- Cutis marmorata
- Enlarged tonsils
- Varicose veins
- Vascular skin abnormality
- Abnormal cardiovascular system morphology
- Abnormal heart rate
- Abnormal tricuspid valve morphology
- Abnormal vein
- Abnormality of lung artery
- Abnormality of the lymphatic system
- An opening in the wall separating the top two chambers of the heart
- Cardiac diverticulum
- Cardiac failure
- Choroidal hemangioma
- Disruption of blood oxygen supply to brain
- Increased spleen size
- Patent ductus arteriosus
- Peripheral arteriovenous fistula
- Retinal cavernous hemangioma
- Fainting spell
- Abnormality of the cardiovascular system
- Hole in heart wall separating two lower heart chambers
Abnormality of the endocrine system
- Decreased circulating ACTH concentration
- Decreased circulating follicle stimulating hormone concentration
- Decreased circulating luteinizing hormone level
- Decreased serum estradiol
- Decreased serum testosterone level
- Hypogonadotropic hypogonadism
- Increased circulating prolactin concentration
- Low blood cortisol level
Afficher 16 traits supplémentaires
- Low thyroid gland function due to abnormal pituitary gland
- Secondary growth hormone deficiency
- Abnormal hypothalamus physiology
- Enlarged pituitary gland
- Hypothalamic hypothyroidism
- Neoplasm of the anterior pituitary
- Neoplasm of the thyroid gland
- Noncancerous tumor in pituitary gland
- Reduced circulating prolactin concentration
- Adrenal calcification
- Neoplasm of the posterior pituitary
- Enlarged thyroid gland in neck
- Overactive thyroid
- Thyroid adenoma
- Thyroid gland inflammation
- Underactive thyroid
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal absence of menstruation
- Difficulty getting a full erection
- Small kidneys
- Abnormality of the menstrual cycle
- Absent/small kidney
- Cystic kidney disease
- Endometrial carcinoma
- Enlarged kidney
Afficher 16 traits supplémentaires
- Epididymal cyst
- Hydrocele testis
- Kidney cancer
- Malignant genitourinary tract tumor
- Nephroblastoma
- Ovarian cancer
- Ovarian serous cystadenoma
- Testicular lipomatosis
- Urinary tract neoplasm
- Loss of bladder control
- Cancer starting in small tubes in kidneys
- Dysgerminoma
- Ovarian cyst
- Ovarian papillary adenocarcinoma
- Transitional cell carcinoma of the bladder
- Uterine leiomyosarcoma
Abnormality of limbs
- Asymmetric overgrowth
- Finger overgrowth
- Left and right leg differ in length or width
- Duplication of bones of the toes
- Extra finger
- Finger syndactyly
- Fused toes
- Unequal size of arms
Afficher 14 traits supplémentaires
- Broad palm
- Bulbous tips of toes
- Gap between 1st and 2nd toes
- Overgrowth of one arm
- Overgrowth of one leg
- Ulnar deviation of the hand
- Cutaneous syndactyly
- Decreased arm strength
- Dislocated kneecap
- Lower limb muscle weakness
- More than five fingers or toes on hands or feet
- Webbed 2nd-4th toes
- Thickening of the outer layer of the skin of the palms and soles
- Webbed fingers or toes
Abnormality of the eye
- Drooping upper eyelid
- Bitemporal hemianopia
- Abnormal kinetic perimetry test
- Amaurosis fugax
- Deeply set eye
- Eye muscle paralysis
- Hemianopia
- Oculomotor nerve palsy
Afficher 14 traits supplémentaires
Abnormality of the musculoskeletal system
- Fatty lump
- Abnormally shaped skeletal
- Increased adipose tissue
- Bacterial infection of skin
- Bone overgrowth
- Double-Jointed
- Loss of fat tissue in localized area
- Low muscle tone
Afficher 14 traits supplémentaires
Abnormality of the digestive system
- Abdominal pain
- Constipation
- Malabsorption
- Colon cancer
- Nausea and vomiting
- Rectal tumor
- Stomach tumor
- Accumulation of fluid in the abdomen
Afficher 13 traits supplémentaires
- Cancer of the pancreas
- Enlarged liver
- Episodic vomiting
- Growths in inner lining of intestine
- Hepatocellular carcinoma
- Liver cancer
- Pancreatic adenocarcinoma
- Colonic diverticula
- Hamartomatous polyposis
- Hereditary nonpolyposis colorectal carcinoma
- Micronodular cirrhosis
- Stomach cancer
- Subacute progressive viral hepatitis
Abnormality of the integument
- Capillary malformation
- port-wine stain
- Skin cancer
- Abnormal fat tissue distribution below the skin
- Epidermal nevus
- Hyperpigmented skin patches
- Basal cell carcinoma
- Beauty mark
Afficher 8 traits supplémentaires
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Bleeding in brain
- Gastrointestinal bleeding
- Blood clot in vein
- Abnormal blood clot
- Blood tumor
- Hypercoagulability
- Internal bleeding
- Microcytic anemia
Afficher 2 traits supplémentaires
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- GenCC et ClinGen, publiés en 2026-10-21 : les maladies auxquelles le gène est associé et la solidité de ce lien.
- La liste ACMG des résultats secondaires, SF v3.2.
- ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus responsables de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
- L'Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01 : les traits associés au gène. Pour en savoir plus, rendez-vous sur hpo.jax.org.
- Version des données 2026.10.21-c791e85a.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène PIK3CA : phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha. Consulté le 23 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/pik3ca
Dante Labs. Gène PIK3CA : phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha [Internet]. [consulté le 23 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/pik3ca
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