Gene
SYNE1
spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1
- HGNC 17089↗(abre num novo separador)
- Gene Ensembl ENSG00000131018↗(abre num novo separador)
- Gene NCBI 23345↗(abre num novo separador)
Resumo
- Localização citogenética
- 6q25.2
- Coordenadas
- Cromossoma 6: 152 121 687–152 637 362 (GRCh38)
- Exões
- 146 exões ao longo de 515,7 kb
- Proteína
- 8797 aminoácidos
- Também conhecido como
- SYNE-1B, KIAA0796, 8B, Nesprin-1, enaptin, MYNE1, CPG2, dJ45H2.2, SCAR8, ARCA1, Nesp1
- Símbolos anteriores
- C6orf98
- Transcrito MANE Select
- ENST00000367255.10NM_182961.4
- Tipo de locus
- Codificantes de proteínas
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url <- "https://dantelabs.com/genes/syne1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameAnalise SYNE1, e o resto do seu genoma, com um único teste.
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Obter o meu Genome TestRelatórios com curadoria relevantes para este gene
Miocardiopatia Dilatada
Aumento e enfraquecimento do ventrículo esquerdo não explicados por doença das artérias coronárias ou das válvulas; as formas hereditárias envolvem TTN, LMNA, RBM20, FLNC, BAG3, DSP, MYH7, TNNT2, DES, PLN e muitos outros genes, e incluem a síndrome de Barth e as distrofias musculares de Emery-Dreifuss.
- 1 submissor da GenCC classifica-a como definitiva ou forte
▶Acionabilidade
Conhecer uma causa genética apoia a monitorização cardíaca precoce e o rastreio familiar e, para genes com elevado risco de arritmia, como LMNA, FLNC e RBM20, orienta as decisões sobre a monitorização do ritmo e sobre os desfibrilhadores implantáveis.
Agrupamentos mais amplos
Ataxias Cerebelosas Autossómicas Recessivas (incl. CANVAS e AVED)
- Ataxia Cerebelosa Autossómica RecessivaAutossómica recessiva
Um de 57 genes ligados a este
Um grupo de ataxias de heranca recessiva causadas por variantes bialélicas em genes como RFC1, FXN, SACS, TTPA, SETX, APTX, PNKP, ANO10 e SYNE1.
- O ClinGen classifica a associação como definitiva
- 6 submissores da GenCC classificam-na como definitiva ou forte
▶Acionabilidade
A ataxia com deficiência de vitamina E (TTPA) é tratável com suplementos de vitamina E; as outras formas são geridas com fisioterapia e cuidados de alívio dos sintomas, e aos familiares pode ser oferecido o rastreio de portadores.
Doenças Neurodegenerativas Hereditárias
- Doença Neurodegenerativa Associada a KIF5AAutossómica dominante
Um de 372 genes ligados a este
Causada por alterações numa cópia do gene KIF5A, que codifica uma proteína motora com uma cauda de ligação a carga. Diferentes tipos de alteração originam diferentes doenças: paraplegia espástica hereditária tipo 10, uma forma axonal da doença de Charcot-Marie-Tooth e esclerose lateral amiotrófica (ELA).
- O ClinGen classifica a associação como definitiva
- 6 submissores da GenCC classificam-na como definitiva ou forte
▶Acionabilidade
O tratamento é sintomático e depende da apresentação clínica, incluindo fisioterapia, medicamentos antiespásticos e cuidados multidisciplinares para a ELA. Cada filho de uma pessoa afetada tem uma probabilidade de 1 em 2 de herdar a alteração; o aconselhamento genético ajuda as famílias a compreender este risco.
Como SYNE1 está organizado
- Sequência codificante
- Região não traduzida
- Intrão
- Sentido da transcrição
- Locais conhecidos associados a doença
- Regiões onde as leituras curtas têm dificuldade
Exões do transcrito MANE Select do gene (versão v1.5), da NCBI e da EMBL-EBI, na montagem de referência GRCh38.
Bandas cromossómicas do ideograma GRCh38 da UCSC (2022-10-29).
Genes próximos da versão 116 do Ensembl, em GRCh38.
Os exões representam 27,7 kb dos 515,7 kb do gene; 26 394 dessas bases codificam a proteína.
Sequenciação de SYNE1
1Fácil
Dificuldade de sequenciação de SYNE1 com leituras curtas, em 100
0 · Fácil100 · Difícil
Quase todos os exões de SYNE1 se situam em zonas onde as leituras curtas se alinham com clareza.
O que acresce: a proporção dos exões de SYNE1 em cada tipo de região difícil
- MapeabilidadeTrechos onde leituras de 100 ou 250 pb não podem ser posicionadas de forma única, pelo que uma chamada nessa zona pode estar em falta ou ser incorreta. Peso 100%.0%
- HomologiaDuplicações segmentares: cópias noutros pontos do genoma, como parálogos e pseudogenes, com identidade de 90% ou mais. Peso 60%.0%
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Peso 60%.0%
- Cobertura da referênciaLacunas nas proximidades na montagem de referência, onde não existe sequência à qual as leituras se possam alinhar. Peso 50%.0%
- RepetiçõesRepetições em tandem e sequências de uma só base, nas quais as leituras escorregam e podem não as abranger. Peso 30%.0,3%
- Conteúdo GCJanelas com menos de 25% ou mais de 65% de G e C, que a preparação da biblioteca cobre de forma insuficiente. Peso 20%.3,2%
Uma pontuação da Dante Labs, baseada na nossa própria investigação e construída sobre os mapas de regiões de difícil sequenciação Genome in a Bottle do NIST.Como é calculada a pontuaçãoCada barra representa a proporção das bases dos exões de SYNE1 nesse tipo de região difícil. Qualquer tipo pode, por si só, tornar um gene difícil, e cada tipo adicional acrescenta menos: 0 quando nenhuma base está em nenhum, 100 quando todas as bases estão em regiões onde as leituras não podem ser posicionadas de forma única.
242
posições em SYNE1 onde o ClinVar classifica uma alteração como patogénica ou provavelmente patogénica
Nenhuma delas se situa numa região que as leituras curtas têm dificuldade em analisar.
Um genoma completo cobre todos os 515,7 kb de SYNE1, incluindo os intrões, e não apenas os 27,7 kb de exões.
ClinVar pathogenic variants (247)
The SYNE1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogénica 165
- Patogénica/provavelmente patogénica 2
- Provavelmente patogénica 80
| Variante | Conditions | Classificação na ClinVar | Estado de revisão |
|---|---|---|---|
| NM_182961.4(SYNE1):c.25258C>T (p.Arg8420Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25009C>T (p.Gln8337Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21781C>T (p.Arg7261Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21463C>T (p.Arg7155Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21148C>T (p.Arg7050Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.20263C>T (p.Arg6755Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.16390-2A>G (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 3 others | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.16111C>T (p.Arg5371Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.15918-12A>G (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.8885del (p.Val2962fs) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.8695A>T (p.Arg2899Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4609C>T (p.Arg1537Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive ataxia, Beauce type | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4561C>T (p.Arg1521Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4534C>T (p.Gln1512Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.1942C>T (p.Arg648Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.706C>T (p.Arg236Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.352C>T (p.Arg118Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.13258C>T (p.Arg4420Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica/provavelmente patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.91C>T (p.Arg31Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive ataxia, Beauce type | Patogénica/provavelmente patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.23790+1G>A (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Provavelmente patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.19260+2T>C (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Provavelmente patogénica | ★★★★2 estrelas em 4 critérios fornecidos, vários submissores, sem conflitos |
| NM_182961.4(SYNE1):c.26236C>T (p.Arg8746Ter) (opens in a new tab) | arthrogryposis multiplex congenita 3, myogenic type | Patogénica | ★★★★1 estrela em 4 critérios fornecidos, um único submissor |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25888G>T (p.Glu8630Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★1 estrela em 4 critérios fornecidos, um único submissor |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25816C>T (p.Gln8606Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★1 estrela em 4 critérios fornecidos, um único submissor |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25675_25676dup (p.Ser8559fs) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogénica | ★★★★1 estrela em 4 critérios fornecidos, um único submissor |
See all 247 with every other SYNE1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Genes associados às mesmas condições
- AHI1Abelson helper integration site 1Partilha 2 condições
- ANO10anoctamin 10Partilha 2 condições
- ATCAYATCAY kinesin light chain interacting caytaxinPartilha 2 condições
- ATG7autophagy related 7Partilha 2 condições
- ATP8A2ATPase phospholipid transporting 8A2Partilha 2 condições
- CA8carbonic anhydrase 8 (inactive)Partilha 2 condições
- CC2D2Acoiled-coil and C2 domain containing 2APartilha 2 condições
- CEP290centrosomal protein 290Partilha 2 condições
- CEP41centrosomal protein 41Partilha 2 condições
- COA7cytochrome c oxidase assembly factor 7Partilha 2 condições
- COQ8Acoenzyme Q8APartilha 2 condições
- CSPP1centrosome and spindle pole associated protein 1Partilha 2 condições
Características associadas a SYNE1
A Human Phenotype Ontology indica estas características como sinais das doenças raras que SYNE1 pode causar. A página de cada característica lista os outros genes a ela associados.
Abnormality of the nervous system
- Decreased reflex response
- Degeneration of cerebellum
- Delayed ability to walk
- Delayed motor skills
- Difficulty articulating speech
- Abnormal gait
- Ataxia
- Diminished deep tendon reflex
Mostrar mais 43 características
- Inability to coordinate movements when walking
- Inability to walk
- Limb ataxia
- Lou Gehrig's disease
- Motor delay
- Upper motor neuron dysfunction
- Abnormal speech pattern
- Absent reflexes
- Arm dystonia
- Babinski sign
- Brisk reflexes
- Bulbar signs
- CNS hypomyelination
- Dystonia
- Increased reflexes
- Muscle twitch
- Short attention span
- Toe walking
- Waddling gait
- Abnormal cerebral white matter morphology
- Abnormality of the cerebellum
- Axial dystonia
- Behavioral abnormality
- Chorea
- Chronic axonal neuropathy
- Clonus
- Clumsiness
- Cognitive impairment
- Global developmental delay
- Head titubation
- Intellectual disability
- Lack of coordination of movement
- Loss of articulate speech
- Oromandibular dystonia
- Overactive lower leg reflex
- Parkinsonism
- Atrophy/Degeneration affecting the brainstem
- Impaired vibratory sensation
- Inability to move vocal cords
- Motor polyneuropathy
- Peripheral axonal neuropathy
- Peripheral nerve disease
- Sensory axonal neuropathy
Abnormality of the musculoskeletal system
- Arthrogryposis multiplex congenita
- Centrally nucleated skeletal muscle fibers
- Low muscle tone
- Proximal neurogenic muscle weakness
- Distal muscle wasting
- Fatiguable weakness of proximal limb muscles
- Funnel chest
- Generalized low muscle tone in neonate
Mostrar mais 40 características
- Joint stiffness
- Lower limb spasticity
- Muscle degeneration
- Muscle tissue disease
- Muscle weakness
- Myotonia
- Uncontrollable movement in upper arms
- Absent muscle fiber emerin
- Back pain
- EMG: myopathic abnormalities
- High shoulder blade
- Inability to touch chin to chest
- Increased endomysial connective tissue
- Increased variability in muscle fiber diameter
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Kyphoscoliosis
- Lower-limb joint contracture
- Muscle fiber degeneration
- Reduced spine movement
- Rimmed vacuoles
- Scoliosis
- Spastic diplegia
- Spasticity and rigidity of muscles
- Type 1 muscle fiber atrophy
- Upper-limb joint contracture
- Weakness of outermost muscles
- EMG: neuropathic changes
- Gowers sign
- Hunched back
- Inability to make and keep healthy fat tissue
- Low muscle tone, in neonatal onset
- Neck flexion weakness
- Opisthotonus
- Prominent swayback
- Decreased lung function due to weak breathing muscles
- Flexed joint that cannot be straightened
- Generalized decreased muscle tone
- Muscular dystrophy
- Neck muscle weakness
- Wasting of muscles near the body
Abnormality of the eye
- Cross-eyed
- Farsightedness
- Jerky ocular pursuit movements
- Abnormal saccadic eye movements
- Drooping upper eyelid
- Impaired smooth pursuit
- Involuntary, rapid, rhythmic eye movements
- Moderate hypermetropia
Mostrar mais 3 características
Ligações externas
Registos do gene
Transcrito
Proteína
De onde vem isto
- HGNC: o símbolo do gene, o nome, outros símbolos e a localização.
- MANE Select v1.5, da NCBI e da EMBL-EBI: o transcrito, os seus exões e a sequência codificante.
- GenCC e ClinGen, publicados em 2026-10-19: as condições a que o gene está associado e a força dessa associação.
- A lista de achados secundários do ACMG, SF v3.2.
- ClinVar e as estratificações GIAB: locais conhecidos que causam doença e as regiões que as leituras curtas têm dificuldade em analisar.
- As estratificações do genoma Genome in a Bottle, do NIST: a pontuação de dificuldade de sequenciação.
- Human Phenotype Ontology, versão 2026-09-01: as características associadas ao gene. Saiba mais em hpo.jax.org.
- Versão de dados 2026.10.19-9814e911.
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Dante Labs. (s.d.). Gene SYNE1: spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1. Consultado em 19 de outubro de 2026, em https://dantelabs.com/pt/genes/syne1
Dante Labs. Gene SYNE1: spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1 [Internet]. [consultado em 19 de outubro de 2026]. Disponível em: https://dantelabs.com/pt/genes/syne1
Um teste. Respostas para toda a vida.
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