Gén
SYNE1
spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1
- HGNC 17089↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000131018↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 23345↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 6q25.2
- Koordináták
- 6. kromoszóma: 152 121 687–152 637 362 (GRCh38)
- Exonok
- 146 exon, összesen 515,7 kb
- Fehérje
- 8797 aminosav
- Más néven ismert
- SYNE-1B, KIAA0796, 8B, Nesprin-1, enaptin, MYNE1, CPG2, dJ45H2.2, SCAR8, ARCA1, Nesp1
- Korábbi jelölések
- C6orf98
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000367255.10NM_182961.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/syne1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a SYNE1-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Dilated Cardiomyopathy
Enlargement and weakening of the left ventricle not explained by coronary artery or valve disease; inherited forms involve TTN, LMNA, RBM20, FLNC, BAG3, DSP, MYH7, TNNT2, DES, PLN and many other genes, and include Barth syndrome and the Emery-Dreifuss muscular dystrophies.
- 1 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Knowing a genetic cause supports earlier heart monitoring and family screening, and for genes with a high arrhythmia risk such as LMNA, FLNC and RBM20 it informs decisions about rhythm monitoring and implantable defibrillators.
Átfogóbb csoportosítások
Autosomal Recessive Cerebellar Ataxias (incl. CANVAS and AVED)
- Autosomal Recessive Cerebellar AtaxiaAutoszomális recesszív
A 57 hozzá kapcsolódó gén egyike
A group of recessively inherited ataxias caused by biallelic variants in genes such as RFC1, FXN, SACS, TTPA, SETX, APTX, PNKP, ANO10 and SYNE1.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 6 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Ataxia with vitamin E deficiency (TTPA) is treatable with vitamin E supplements; other forms are managed with physiotherapy and symptom care, and relatives can be offered carrier testing.
Inherited Neurodegenerative Disorders
- KIF5A-Related Neurodegenerative DisorderAutoszomális domináns
A 372 hozzá kapcsolódó gén egyike
Caused by changes in one copy of KIF5A, which encodes a motor protein with a cargo-binding tail. Different types of change lead to different conditions: hereditary spastic paraplegia type 10, an axonal form of Charcot-Marie-Tooth disease and amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 6 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Care is symptomatic and depends on the presentation, including physiotherapy, antispasticity medicines and multidisciplinary ALS care. Each child of an affected person has a 1 in 2 chance of inheriting the change; genetic counselling helps families understand this.
A SYNE1 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 515,7 kb-jából 27,7 kb-ot tesznek ki; ezek közül 26 394 bázis kódolja a fehérjét.
SYNE1 szekvenálása
1Könnyű
Mennyire nehéz a SYNE1 rövid olvasatokkal történő szekvenálása, 100-ból
0 · Könnyű100 · Nehéz
A SYNE1 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.
Ehhez hozzájárul: a SYNE1 exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így a hívás ott hiányozhat vagy hibás lehet. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 100 pontot kapna.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genomban máshol található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 60 pontot kapna.0%
- Közös a chrY-nalA pszeudoautoszomális régiók és az X-transzponált régió, ahol a chrX és a chrY azonos vagy szinte azonos szekvenciát hordoz, így az egyikről származó olvasat a másikra kerülhet. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 60 pontot kapna.0%
- Referencia-lefedettségA referencia-összeszerelésben a közelben lévő hiányok, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok igazodhatnának. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 50 pontot kapna.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló szakaszok, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket nem biztos, hogy teljes egészükben át tudnak fogni. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 30 pontot kapna.0,3%
- GC-tartalom25% alatti vagy 65% feletti G- és C-tartalmú ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 20 pontot kapna.3,2%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein alapul, a nehezen szekvenálható régiókról.Így számítjuk kiMinden oszlop a SYNE1 exonbázisainak azon részét mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban van. Bármelyik típus önmagában nehezíthet egy gént, és minden további típus egyre kevesebbet ad hozzá: 0, ha egyetlen bázis sincs ilyen régióban, 100, ha minden bázis olyan helyen van, ahol az olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen.
242
a SYNE1 azon pozíciói, ahol a ClinVar kórokozónak vagy valószínűleg kórokozónak minősíti a változást
Ezek közül egy sem olyan régióban van, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genom a SYNE1 mind a 515,7 kb-ját lefedi, az intronokat is beleértve, nem csak az 27,7 kb exont.
ClinVar pathogenic variants (247)
The SYNE1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 165
- Patogén/valószínűleg patogén 2
- Valószínűleg patogén 80
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_182961.4(SYNE1):c.25258C>T (p.Arg8420Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25009C>T (p.Gln8337Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21781C>T (p.Arg7261Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21463C>T (p.Arg7155Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21148C>T (p.Arg7050Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.20263C>T (p.Arg6755Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.16390-2A>G (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 3 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.16111C>T (p.Arg5371Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.15918-12A>G (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.8885del (p.Val2962fs) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.8695A>T (p.Arg2899Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4609C>T (p.Arg1537Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive ataxia, Beauce type | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4561C>T (p.Arg1521Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4534C>T (p.Gln1512Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.1942C>T (p.Arg648Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.706C>T (p.Arg236Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.352C>T (p.Arg118Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.13258C>T (p.Arg4420Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.91C>T (p.Arg31Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive ataxia, Beauce type | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.23790+1G>A (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.19260+2T>C (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_182961.4(SYNE1):c.26236C>T (p.Arg8746Ter) (opens in a new tab) | arthrogryposis multiplex congenita 3, myogenic type | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25888G>T (p.Glu8630Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25816C>T (p.Gln8606Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25675_25676dup (p.Ser8559fs) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
See all 247 with every other SYNE1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- AHI1Abelson helper integration site 12 betegséget oszt meg
- ANO10anoctamin 102 betegséget oszt meg
- ATCAYATCAY kinesin light chain interacting caytaxin2 betegséget oszt meg
- ATG7autophagy related 72 betegséget oszt meg
- ATP8A2ATPase phospholipid transporting 8A22 betegséget oszt meg
- CA8carbonic anhydrase 8 (inactive)2 betegséget oszt meg
- CC2D2Acoiled-coil and C2 domain containing 2A2 betegséget oszt meg
- CEP290centrosomal protein 2902 betegséget oszt meg
- CEP41centrosomal protein 412 betegséget oszt meg
- COA7cytochrome c oxidase assembly factor 72 betegséget oszt meg
- COQ8Acoenzyme Q8A2 betegséget oszt meg
- CSPP1centrosome and spindle pole associated protein 12 betegséget oszt meg
A(z) SYNE1 génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) SYNE1 gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Abnormality of the nervous system
- Decreased reflex response
- Degeneration of cerebellum
- Delayed ability to walk
- Delayed motor skills
- Difficulty articulating speech
- Abnormal gait
- Ataxia
- Diminished deep tendon reflex
Még 43 tulajdonság megjelenítése
- Inability to coordinate movements when walking
- Inability to walk
- Limb ataxia
- Lou Gehrig's disease
- Motor delay
- Upper motor neuron dysfunction
- Abnormal speech pattern
- Absent reflexes
- Arm dystonia
- Babinski sign
- Brisk reflexes
- Bulbar signs
- CNS hypomyelination
- Dystonia
- Increased reflexes
- Muscle twitch
- Short attention span
- Toe walking
- Waddling gait
- Abnormal cerebral white matter morphology
- Abnormality of the cerebellum
- Axial dystonia
- Behavioral abnormality
- Chorea
- Chronic axonal neuropathy
- Clonus
- Clumsiness
- Cognitive impairment
- Global developmental delay
- Head titubation
- Intellectual disability
- Lack of coordination of movement
- Loss of articulate speech
- Oromandibular dystonia
- Overactive lower leg reflex
- Parkinsonism
- Atrophy/Degeneration affecting the brainstem
- Impaired vibratory sensation
- Inability to move vocal cords
- Motor polyneuropathy
- Peripheral axonal neuropathy
- Peripheral nerve disease
- Sensory axonal neuropathy
Abnormality of the musculoskeletal system
- Arthrogryposis multiplex congenita
- Centrally nucleated skeletal muscle fibers
- Low muscle tone
- Proximal neurogenic muscle weakness
- Distal muscle wasting
- Fatiguable weakness of proximal limb muscles
- Funnel chest
- Generalized low muscle tone in neonate
Még 40 tulajdonság megjelenítése
- Joint stiffness
- Lower limb spasticity
- Muscle degeneration
- Muscle tissue disease
- Muscle weakness
- Myotonia
- Uncontrollable movement in upper arms
- Absent muscle fiber emerin
- Back pain
- EMG: myopathic abnormalities
- High shoulder blade
- Inability to touch chin to chest
- Increased endomysial connective tissue
- Increased variability in muscle fiber diameter
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Kyphoscoliosis
- Lower-limb joint contracture
- Muscle fiber degeneration
- Reduced spine movement
- Rimmed vacuoles
- Scoliosis
- Spastic diplegia
- Spasticity and rigidity of muscles
- Type 1 muscle fiber atrophy
- Upper-limb joint contracture
- Weakness of outermost muscles
- EMG: neuropathic changes
- Gowers sign
- Hunched back
- Inability to make and keep healthy fat tissue
- Low muscle tone, in neonatal onset
- Neck flexion weakness
- Opisthotonus
- Prominent swayback
- Decreased lung function due to weak breathing muscles
- Flexed joint that cannot be straightened
- Generalized decreased muscle tone
- Muscular dystrophy
- Neck muscle weakness
- Wasting of muscles near the body
Abnormality of the eye
- Cross-eyed
- Farsightedness
- Jerky ocular pursuit movements
- Abnormal saccadic eye movements
- Drooping upper eyelid
- Impaired smooth pursuit
- Involuntary, rapid, rhythmic eye movements
- Moderate hypermetropia
Még 3 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-19 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.19-9814e911.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). SYNE1 gén: spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1. Lekérve: 2026. október 20., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/syne1
Dante Labs. SYNE1 gén: spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1 [Internet]. [idézve: 2026. október 20.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/syne1
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt