Gen
SYNE1
spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1
- HGNC 17089↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000131018↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 23345↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 6q25.2
- Koordinater
- Kromosom 6: 152 121 687–152 637 362 (GRCh38)
- Exoner
- 146 exoner på 515,7 kb
- Protein
- 8 797 aminosyror
- Även känd som
- SYNE-1B, KIAA0796, 8B, Nesprin-1, enaptin, MYNE1, CPG2, dJ45H2.2, SCAR8, ARCA1, Nesp1
- Tidigare symboler
- C6orf98
- MANE Select-transkript
- ENST00000367255.10NM_182961.4
- Lokustyp
- Proteinkodande
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/syne1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs SYNE1, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Dilaterad kardiomyopati
Förstoring och försvagning av vänster kammare som inte förklaras av kranskärls- eller klaffsjukdom. Ärftliga former involverar TTN, LMNA, RBM20, FLNC, BAG3, DSP, MYH7, TNNT2, DES, PLN och många andra gener, och omfattar Barths syndrom och Emery-Dreifuss muskeldystrofi.
- 1 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Att känna till en genetisk orsak underlättar tidigare hjärtkontroller och screening av släktingar. För gener med hög risk för arytmi, som LMNA, FLNC och RBM20, ligger den till grund för beslut om rytmövervakning och implanterbara defibrillatorer.
Bredare grupperingar
Autosomala recessiva cerebellära ataxier (inkl. CANVAS och AVED)
- Autosomal recessiv cerebellär ataxiAutosomalt recessiv
En av 57 gener kopplade till den
En grupp recessivt nedärvda ataxier som orsakas av biallleliska varianter i gener som RFC1, FXN, SACS, TTPA, SETX, APTX, PNKP, ANO10 och SYNE1.
- ClinGen bedömer kopplingen som definitiv
- 6 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Ataxi med vitamin E-brist (TTPA) kan behandlas med vitamin E-tillskott. Andra former behandlas med sjukgymnastik och symtomlindrande vård, och släktingar kan erbjudas bärarprov.
Ärftliga neurodegenerativa sjukdomar
- KIF5A-relaterad neurodegenerativ sjukdomAutosomalt dominant
En av 372 gener kopplade till den
Orsakas av förändringar i en kopia av KIF5A, som kodar för ett motorprotein med en svans som binder lastmolekyler. Olika typer av förändringar leder till olika tillstånd: hereditär spastisk paraplegi typ 10, en axonal form av Charcot-Marie-Tooths sjukdom och amyotrofisk lateralskleros (ALS).
- ClinGen bedömer kopplingen som definitiv
- 6 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Vården är symtomlindrande och beror på hur sjukdomen visar sig, och omfattar bland annat sjukgymnastik, läkemedel mot spasticitet och multidisciplinär ALS-vård. Varje barn till en drabbad person har 1 av 2 chans att ärva förändringen; genetisk rådgivning hjälper familjer att förstå detta.
Så är SYNE1 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Kända sjukdomsorsakande ställen
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 27,7 kb av genens 515,7 kb, och 26 394 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av SYNE1
1Lätt
Hur svår SYNE1 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i SYNE1 ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som tillkommer: andelen av SYNE1s exoner i varje typ av svår region
- KartläggbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 100.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- Delas med chrYDe pseudoautosomala regionerna och den X-transponerade regionen, där chrX och chrY bär samma eller nästan samma sekvens, så en läsning från den ena kan placeras på den andra. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- ReferenstäckningLuckor i den närliggande referensassemblyn, där det inte finns någon sekvens för läsningarna att anpassas mot. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 50.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, där läsningar glider och som kanske inte spänns över. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 30.0,3 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker glest. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 20.3,2 %
Ett Dante Labs-poäng från egen forskning, baserat på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade regioner.Så poängsätts detVarje stapel är andelen av SYNE1s exonbaser i den typen av svår region. Varje enskild typ kan göra en gen svår på egen hand, och varje ytterligare typ lägger till mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
242
positioner i SYNE1 där ClinVar klassar en förändring som patogen eller sannolikt patogen
Ingen av dem ligger i ett område som korta läsningar har svårt för.
Ett helgenomsprov täcker alla 515,7 kb av SYNE1, inklusive introner, och inte bara de 27,7 kb exoner.
ClinVar pathogenic variants (247)
The SYNE1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 165
- Patogen/sannolikt patogen 2
- Sannolikt patogen 80
| Variant | Conditions | ClinVar-klassificering | Granskningsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_182961.4(SYNE1):c.25258C>T (p.Arg8420Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25009C>T (p.Gln8337Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21781C>T (p.Arg7261Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21463C>T (p.Arg7155Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.21148C>T (p.Arg7050Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.20263C>T (p.Arg6755Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.16390-2A>G (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 3 others | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.16111C>T (p.Arg5371Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.15918-12A>G (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.8885del (p.Val2962fs) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.8695A>T (p.Arg2899Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4609C>T (p.Arg1537Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive ataxia, Beauce type | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4561C>T (p.Arg1521Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.4534C>T (p.Gln1512Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.1942C>T (p.Arg648Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.706C>T (p.Arg236Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 2 others | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.352C>T (p.Arg118Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.13258C>T (p.Arg4420Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen/sannolikt patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.91C>T (p.Arg31Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive ataxia, Beauce type | Patogen/sannolikt patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.23790+1G>A (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Sannolikt patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.19260+2T>C (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Sannolikt patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_182961.4(SYNE1):c.26236C>T (p.Arg8746Ter) (opens in a new tab) | arthrogryposis multiplex congenita 3, myogenic type | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25888G>T (p.Glu8630Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25816C>T (p.Gln8606Ter) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_182961.4(SYNE1):c.25675_25676dup (p.Ser8559fs) (opens in a new tab) | Emery-Dreifuss muscular dystrophy 4, autosomal dominant and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
See all 247 with every other SYNE1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Gener kopplade till samma tillstånd
- AHI1Abelson helper integration site 1Delar 2 tillstånd
- ANO10anoctamin 10Delar 2 tillstånd
- ATCAYATCAY kinesin light chain interacting caytaxinDelar 2 tillstånd
- ATG7autophagy related 7Delar 2 tillstånd
- ATP8A2ATPase phospholipid transporting 8A2Delar 2 tillstånd
- CA8carbonic anhydrase 8 (inactive)Delar 2 tillstånd
- CC2D2Acoiled-coil and C2 domain containing 2ADelar 2 tillstånd
- CEP290centrosomal protein 290Delar 2 tillstånd
- CEP41centrosomal protein 41Delar 2 tillstånd
- COA7cytochrome c oxidase assembly factor 7Delar 2 tillstånd
- COQ8Acoenzyme Q8ADelar 2 tillstånd
- CSPP1centrosome and spindle pole associated protein 1Delar 2 tillstånd
Egenskaper kopplade till SYNE1
Human Phenotype Ontology listar dessa som kännetecken för de sällsynta tillstånd som SYNE1 kan orsaka. Varje egenskaps sida visar de andra gener som är kopplade till den.
Abnormality of the nervous system
- Decreased reflex response
- Degeneration of cerebellum
- Delayed ability to walk
- Delayed motor skills
- Difficulty articulating speech
- Abnormal gait
- Ataxia
- Diminished deep tendon reflex
Visa ytterligare 43 egenskaper
- Inability to coordinate movements when walking
- Inability to walk
- Limb ataxia
- Lou Gehrig's disease
- Motor delay
- Upper motor neuron dysfunction
- Abnormal speech pattern
- Absent reflexes
- Arm dystonia
- Babinski sign
- Brisk reflexes
- Bulbar signs
- CNS hypomyelination
- Dystonia
- Increased reflexes
- Muscle twitch
- Short attention span
- Toe walking
- Waddling gait
- Abnormal cerebral white matter morphology
- Abnormality of the cerebellum
- Axial dystonia
- Behavioral abnormality
- Chorea
- Chronic axonal neuropathy
- Clonus
- Clumsiness
- Cognitive impairment
- Global developmental delay
- Head titubation
- Intellectual disability
- Lack of coordination of movement
- Loss of articulate speech
- Oromandibular dystonia
- Overactive lower leg reflex
- Parkinsonism
- Atrophy/Degeneration affecting the brainstem
- Impaired vibratory sensation
- Inability to move vocal cords
- Motor polyneuropathy
- Peripheral axonal neuropathy
- Peripheral nerve disease
- Sensory axonal neuropathy
Abnormality of the musculoskeletal system
- Arthrogryposis multiplex congenita
- Centrally nucleated skeletal muscle fibers
- Low muscle tone
- Proximal neurogenic muscle weakness
- Distal muscle wasting
- Fatiguable weakness of proximal limb muscles
- Funnel chest
- Generalized low muscle tone in neonate
Visa ytterligare 40 egenskaper
- Joint stiffness
- Lower limb spasticity
- Muscle degeneration
- Muscle tissue disease
- Muscle weakness
- Myotonia
- Uncontrollable movement in upper arms
- Absent muscle fiber emerin
- Back pain
- EMG: myopathic abnormalities
- High shoulder blade
- Inability to touch chin to chest
- Increased endomysial connective tissue
- Increased variability in muscle fiber diameter
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Kyphoscoliosis
- Lower-limb joint contracture
- Muscle fiber degeneration
- Reduced spine movement
- Rimmed vacuoles
- Scoliosis
- Spastic diplegia
- Spasticity and rigidity of muscles
- Type 1 muscle fiber atrophy
- Upper-limb joint contracture
- Weakness of outermost muscles
- EMG: neuropathic changes
- Gowers sign
- Hunched back
- Inability to make and keep healthy fat tissue
- Low muscle tone, in neonatal onset
- Neck flexion weakness
- Opisthotonus
- Prominent swayback
- Decreased lung function due to weak breathing muscles
- Flexed joint that cannot be straightened
- Generalized decreased muscle tone
- Muscular dystrophy
- Neck muscle weakness
- Wasting of muscles near the body
Abnormality of the eye
- Cross-eyed
- Farsightedness
- Jerky ocular pursuit movements
- Abnormal saccadic eye movements
- Drooping upper eyelid
- Impaired smooth pursuit
- Involuntary, rapid, rhythmic eye movements
- Moderate hypermetropia
Visa ytterligare 3 egenskaper
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- GenCC och ClinGen, släppta 2026-10-19: vilka tillstånd genen är kopplad till och hur starkt.
- ACMG:s lista över sekundära fynd, SF v3.2.
- ClinVar och GIAB-stratifieringarna: kända sjukdomsframkallande positioner och de områden som kortläsningar har svårt för.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: egenskaperna som är kopplade till genen. Läs mer på hpo.jax.org.
- Dataversion 2026.10.19-9814e911.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). SYNE1-genen: spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1. Hämtad 20 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/syne1
Dante Labs. SYNE1-genen: spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1 [Internet]. [citerad 20 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/syne1
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor