Gène
SCN1A
sodium voltage-gated channel alpha subunit 1
- HGNC 10585↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000144285↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 6323↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 2q24.3
- Coordonnées
- Chromosome 2 : 165 985 813–166 128 020 (GRCh38)
- Exons
- 29 exons sur 142,2 kb
- Protéine
- 2 009 acides aminés
- Hérédité
- Autosomique dominant
- Aussi appelé
- Nav1.1, GEFSP2, HBSCI, NAC1, SMEI
- Symboles précédents
- SCN1, FEB3
- Transcrit MANE Select
- ENST00000674923.1NM_001165963.4
- Type de locus
- gene with protein product
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
Génome de référenceGRCh38hg38
Les positions sur les pages de gènes et de variants suivent ce choix, dans ce navigateur.
Lisez SCN1A, et le reste de votre génome, avec un seul test.
À partir de 449 $Livraison gratuite · Résultats sous 6 à 8 semaines
Obtenir mon Genome TestRapports d'expertise pertinents pour ce gène
Syndrome de Dravet
- Autosomique dominant
Le syndrome de Dravet est une canalopathie épileptique débutant au cours de la première année de vie, généralement vers l'âge de 4 à 5 mois. Il se caractérise par des états de mal épileptique et une variété de crises pharmacorésistantes souvent induites par la fièvre chez des enfants jusqu'alors en bonne santé, et entraîne fréquemment des déficits cognitifs et moteurs. Le syndrome de Dravet se distingue d'autres canalopathies, le plus souvent en raison d'une mutation du gène SCN1A.
- ClinGen classe ce lien comme définitif
- 2 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
Ce que la connaissance change
Valproate, clobazam, topiramate, stiripentol ; fenfluramine (Fintepla) et cannabidiol (Epidiolex) pour les cas pharmacorésistants ; les bloqueurs des canaux sodiques (lamotrigine, carbamazepine, oxcarbazepine) sont CONTRE-INDIQUÉS chez les patients porteurs d'une mutation de SCN1A
Migraine hémiplégique familiale
- Migraine hémiplégique familiale de type 3Autosomique dominant
Toute migraine hémiplégique, familiale ou sporadique, causée par une mutation du gène SCN1A.
- 2 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Autosomique dominant
Trouble migraineux caractérisé par des antécédents personnels et familiaux d'aura comprenant un déficit moteur.
- 2 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Migraine hémiplégique familiale ou sporadiqueAutosomique dominant
La migraine hémiplégique (MH) est une variante rare de migraine avec aura, caractérisée par la survenue d'un déficit moteur au cours de l'aura. Elle se divise en deux formes principales selon les antécédents familiaux : les patients ayant au moins un parent au premier ou au second degré présentant une aura avec déficit moteur sont atteints d'une migraine hémiplégique familiale (MHF) ; en l'absence de tels antécédents familiaux, il s'agit d'une migraine hémiplégique sporadique (MHS).
- 2 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
Regroupements plus larges
Épilepsie (panel complet)
- Épilepsie
L'un des 171 gènes qui lui sont liés
Un trouble cérébral caractérisé par des épisodes de décharges neuronales anormalement intenses, entraînant des manifestations neurologiques transitoires d'ordre sensoriel, moteur ou psychologique. Ces épisodes peuvent s'accompagner ou non d'une perte de connaissance ou de convulsions.
- ClinGen classe ce lien comme définitif
- 6 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
Transmission
- Autosomique dominant
- Une copie modifiée, provenant de l'un ou l'autre parent, suffit. Un parent qui en porte une la transmet à chacun de ses enfants avec une probabilité de une sur deux.
Structure de SCN1A
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Sites connus associés à une maladie
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
- Variants avec une page
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 11,9 kb sur les 142,2 kb du gène ; 6 030 de ces bases codent pour la protéine.
Comment un test génomique lit SCN1A
720
positions dans SCN1A où ClinVar classe une modification comme pathogène ou probablement pathogène
49 d'entre elles (6,8 %) se situent dans des régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- Low mappability (49 sites)Regions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely.
Un génome entier couvre les 142,2 kb de SCN1A, introns compris, et pas seulement les 11,9 kb d'exons.
Variants avec une page (12)
Les variants SCN1A disposant d'une page ici, ceux avec le plus d'étoiles de révision en premier. Chaque page décrit le dossier public de ClinVar sur le variant, jamais un résultat.
| Variant | HGVS c. | Exon ou intron | Position (GRCh38) | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|---|---|
| A420V | c.1259C>T | Exon 12 | 166 046 888 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| G908R | c.2722G>C | Exon 18 | 166 038 000 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| P768L | c.2303C>T | Exon 16 | 166 041 343 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| P1838Lfs*20 | c.5511del | Exon 29 | 165 991 763 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| R219G | c.655A>G | Exon 8 | 166 052 891 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| R219T | c.656G>C | Exon 8 | 166 052 890 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| R931H | c.2792G>A | Exon 18 | 166 037 930 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| R1639P | c.4916G>C | Exon 29 | 165 992 359 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| S570N | c.1709G>A | Exon 14 | 166 044 003 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| T1210M | c.3629C>T | Exon 21 | 166 013 820 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
Gènes liés aux mêmes affections
- ATP1A2ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 2Partage 3 affections
- CACNA1Acalcium voltage-gated channel subunit alpha1 APartage 3 affections
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Partage 1 affection
- ABAT4-aminobutyrate aminotransferasePartage 1 affection
- ACTL6Bactin like 6BPartage 1 affection
- ADAM22ADAM metallopeptidase domain 22Partage 1 affection
- ALDH7A1aldehyde dehydrogenase 7 family member A1Partage 1 affection
- ALG13ALG13 UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunitPartage 1 affection
- AP3B2adaptor related protein complex 3 subunit beta 2Partage 1 affection
- ARHGEF9Cdc42 guanine nucleotide exchange factor 9Partage 1 affection
- ARV1ARV1 fatty acid homeostasis modulatorPartage 1 affection
- ARXaristaless related homeoboxPartage 1 affection
Traits associés à SCN1A
L'Human Phenotype Ontology répertorie ces traits comme caractéristiques des maladies rares que SCN1A peut provoquer. La page de chaque trait indique les autres gènes qui lui sont associés.
Abnormality of the nervous system
- Global developmental delay
- Grand mal seizures
- Inability to walk
- IQ less than 20
- Migraine with aura
- Multifocal epileptiform discharges
- Myoclonic seizure
- Abnormal speech pattern
Afficher 132 traits supplémentaires
- Absent speech development
- Ataxia
- Cognitive impairment
- EEG abnormality
- EEG with focal sharp slow waves
- EEG with focal spike waves
- Encephalopathy
- Fear of loud sounds
- Focal motor seizure
- Focal sensory seizure
- Generalized myoclonic-atonic seizure
- Generalized-onset seizure
- Intellectual disability
- Loss of developmental milestones
- Neurodevelopmental delay
- Progressive gait ataxia
- Seizure affecting one half of brain
- Abnormal shape of brainstem
- Abnormality of coordination
- Aggressive behavior
- Anxiety
- Attention deficit
- Atypical absence seizure
- Autism spectrum disorder
- Balance impairment
- Behavioral abnormality
- Bilateral tonic-clonic seizure with focal onset
- Bilateral tonic-clonic seizure with generalized onset
- Brief seizures with staring spells
- Choreoathetosis
- Complex febrile seizure
- Confusion
- CSF lymphocytic pleiocytosis
- CSF pleocytosis
- Decreased reflex response
- Degeneration of cerebrum
- Delayed speech and language development
- Difficulty articulating speech
- Dissociated sensory loss
- Dystonia
- EEG with multifocal slow activity
- EEG with polyspike wave complexes
- EEG with spike-wave complexes (>3.5 Hz)
- Epilepsia partialis continua
- Epilepsy
- Epileptic spasm
- Falls
- Febrile seizure (within the age range of 3 months to 6 years)
- Focal aware seizure
- Focal emotional seizure with laughing
- Focal hemiclonic seizure
- Focal impaired awareness seizure
- Focal manual automatism seizure
- Focal pedal automatism seizure
- Generalized clonic seizure
- Generalized myoclonic seizure
- Generalized tonic seizure
- Hyperactive movements
- Intellectual disability, severe
- Interictal epileptiform activity
- Involuntary movements
- IQ between 34 and 49
- Irritability
- Jerking
- Lack of peer relationships
- Mental deterioration
- More active than typical
- Obsessive-compulsive trait
- Parkinsonism
- Personality disorder
- Photosensitive myoclonic seizure
- Photosensitive tonic-clonic seizure
- Pins and needles feeling
- Slow movements
- Small hippocampus
- Status epilepticus without prominent motor symptoms
- Sudden loss of muscle tone
- Tonic seizure
- Weakness of one side of body
- Abnormal corpus callosum morphology
- Abnormal emotional state
- Abnormal gait
- Abnormal myelination
- Action tremor
- Alien limb phenomenon
- Atypical absence status epilepticus
- Autism
- Brain degeneration
- Brain imaging abnormality
- Brisk reflexes
- Chorea
- Coma
- Cortical dysplasia
- Decreased vigilance
- Degeneration of cerebellum
- Delayed myelination
- Difficulty finding words
- Diminished deep tendon reflex
- Disorder of involuntary muscle movements
- Dysgenesis of the hippocampus
- EEG with focal epileptiform discharges
- EEG with generalized epileptiform discharges
- EEG with generalized sharp slow waves
- EEG with generalized slow activity
- EEG with irregular generalized spike and wave complexes
- EEG with spike-wave complexes
- Fluid-filled sac located in membrane surrounding brain or spinal cord
- Generalized brain degeneration
- Generalized cerebral degeneration/underdevelopment
- Hypsarrhythmia
- Impaired temperature sensation
- Impulsivity
- Incoordination
- Lack of feeling, emotion, interest
- Language impairment
- Myoclonic absence seizure
- Paralysis on one side of body
- Poor fine motor coordination
- Poor social interactions
- Psychosis
- Repetitive movements
- Short attention span
- Simple febrile seizure
- Spontaneous pain sensation
- Tremor
- Unsteady walk
- Abnormal pyramidal sign
- EEG with focal sharp waves
- Epileptic encephalopathy
- Repeated seizures without recovery between them
- Motor delay
- Visually-induced seizure
Abnormality of head or neck
- Abnormally small head
- Facial tics
- Limited neck range of motion
- Tongue twitching
- Downward slanting of the opening between the eyelids
- Drooling
- Facial paralysis
- Failure of development of between one and six teeth
Afficher 14 traits supplémentaires
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où viennent ces informations
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, de NCBI et EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- GenCC et ClinGen, publiés le 2026-10-16 : les affections auxquelles le gène est associé, et le niveau de solidité de ce lien.
- La liste ACMG des résultats secondaires, SF v3.2.
- ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus responsables de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- L'Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01 : les traits associés au gène. Pour en savoir plus, rendez-vous sur hpo.jax.org.
- Version des données 2026.10.16-c6eea6bf.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène SCN1A : sodium voltage-gated channel alpha subunit 1. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/scn1a
Dante Labs. Gène SCN1A : sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/scn1a
Un seul test. Des réponses pour toute la vie.
À partir de 449 $Livraison gratuite · Résultats sous 6 à 8 semaines