Gene
SCN1A
sodium voltage-gated channel alpha subunit 1
- HGNC 10585↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000144285↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 6323↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 2q24.3
- Coordinate
- Cromosoma 2: 165.985.813–166.128.020 (GRCh38)
- Esoni
- 29 esoni su 142,2 kb
- Proteina
- 2009 amminoacidi
- Ereditarietà
- Autosomica dominante
- Noto anche come
- Nav1.1, GEFSP2, HBSCI, NAC1, SMEI
- Simboli precedenti
- SCN1, FEB3
- Trascritto MANE Select
- ENST00000674923.1NM_001165963.4
- Tipo di locus
- gene with protein product
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
Genoma di riferimentoGRCh38hg38
Le posizioni nelle pagine di geni e varianti seguono questa scelta, in questo browser.
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Sindrome di Dravet
- Autosomica dominante
La sindrome di Dravet è una canalopatia associata a epilessia con esordio nel primo anno di vita, tipicamente tra i 4 e i 5 mesi, caratterizzata da stato di male epilettico e da una varietà di crisi farmacoresistenti spesso indotte dalla febbre, che si manifesta in bambini precedentemente sani e che porta frequentemente a deficit cognitivi e motori. La sindrome di Dravet si differenzia da altre canalopatie solitamente per la presenza di una mutazione nel gene SCN1A.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 2 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
Cosa cambia sapendolo
Acido valproico, clobazam, topiramato, stiripentolo; fenfluramina (Fintepla) e cannabidiolo (Epidiolex) per i casi resistenti ai farmaci; i bloccanti dei canali del sodio (lamotrigina, carbamazepina, oxcarbazepina) sono CONTROINDICATI nei pazienti positivi per SCN1A
Emicrania emiplegica familiare
- Emicrania emiplegica familiare, tipo 3Autosomica dominante
Qualsiasi forma di emicrania emiplegica, familiare o sporadica, causata da una mutazione nel gene SCN1A.
- 2 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
- Autosomica dominante
Un disturbo emicranico caratterizzato da una storia personale e familiare di aura che comprende debolezza motoria.
- 2 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
- Emicrania emiplegica familiare o sporadicaAutosomica dominante
L'emicrania emiplegica (HM) è una rara variante dell'emicrania con aura caratterizzata dalla presenza di debolezza motoria durante la fase di aura. Presenta due forme principali a seconda della storia familiare: le persone che hanno almeno un parente di primo o secondo grado con aura comprendente debolezza motoria presentano un'emicrania emiplegica familiare (FHM); coloro che non presentano tale storia familiare hanno un'emicrania emiplegica sporadica (SHM).
- 2 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
Raggruppamenti più ampi
Epilessia (Pannello completo)
- Epilessia
Uno di 171 geni collegati ad esso
Un disturbo cerebrale caratterizzato da episodi di scarica neuronale eccessiva e anomala, che causano manifestazioni transitorie di disfunzione neurologica sensoriale, motoria o psichica. Questi episodi possono o meno essere accompagnati da perdita di coscienza o convulsioni.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 6 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
Ereditarietà
- Autosomica dominante
- Basta una copia modificata, proveniente da uno dei genitori. Un genitore che ne è portatore la trasmette a ciascun figlio con una probabilità su due.
Struttura di SCN1A
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
- Varianti con una pagina
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 11,9 kb dei 142,2 kb del gene; 6030 di queste basi codificano la proteina.
Come un test genomico legge SCN1A
720
posizioni in SCN1A in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
49 di esse (6,8%) si trovano in regioni che le letture brevi faticano a leggere.
- Low mappability (49 siti)Regions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely.
Un genoma intero copre tutti i 142,2 kb di SCN1A, introni inclusi, non solo i 11,9 kb di esoni.
Varianti con una pagina (12)
Le varianti SCN1A con una pagina qui, prima quelle con più stelle di revisione. Ogni pagina descrive il registro pubblico di ClinVar sulla variante, mai un risultato.
| Variante | HGVS c. | Esone o introne | Posizione (GRCh38) | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|---|---|
| A420V | c.1259C>T | Esone 12 | 166.046.888 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| G908R | c.2722G>C | Esone 18 | 166.038.000 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| P768L | c.2303C>T | Esone 16 | 166.041.343 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| P1838Lfs*20 | c.5511del | Esone 29 | 165.991.763 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| R219G | c.655A>G | Esone 8 | 166.052.891 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| R219T | c.656G>C | Esone 8 | 166.052.890 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| R931H | c.2792G>A | Esone 18 | 166.037.930 | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| R1639P | c.4916G>C | Esone 29 | 165.992.359 | Patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| S570N | c.1709G>A | Esone 14 | 166.044.003 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
| T1210M | c.3629C>T | Esone 21 | 166.013.820 | Probabilmente patogena | ★★★★3 stelle su 4 revisionata da un panel di esperti |
Geni associati alle stesse condizioni
- ATP1A2ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 2Condivide 3 condizioni
- CACNA1Acalcium voltage-gated channel subunit alpha1 ACondivide 3 condizioni
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Condivide 1 condizione
- ABAT4-aminobutyrate aminotransferaseCondivide 1 condizione
- ACTL6Bactin like 6BCondivide 1 condizione
- ADAM22ADAM metallopeptidase domain 22Condivide 1 condizione
- ALDH7A1aldehyde dehydrogenase 7 family member A1Condivide 1 condizione
- ALG13ALG13 UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunitCondivide 1 condizione
- AP3B2adaptor related protein complex 3 subunit beta 2Condivide 1 condizione
- ARHGEF9Cdc42 guanine nucleotide exchange factor 9Condivide 1 condizione
- ARV1ARV1 fatty acid homeostasis modulatorCondivide 1 condizione
- ARXaristaless related homeoboxCondivide 1 condizione
Tratti collegati a SCN1A
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che SCN1A può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Global developmental delay
- Grand mal seizures
- Inability to walk
- IQ less than 20
- Migraine with aura
- Multifocal epileptiform discharges
- Myoclonic seizure
- Abnormal speech pattern
Mostra altri 132 tratti
- Absent speech development
- Ataxia
- Cognitive impairment
- EEG abnormality
- EEG with focal sharp slow waves
- EEG with focal spike waves
- Encephalopathy
- Fear of loud sounds
- Focal motor seizure
- Focal sensory seizure
- Generalized myoclonic-atonic seizure
- Generalized-onset seizure
- Intellectual disability
- Loss of developmental milestones
- Neurodevelopmental delay
- Progressive gait ataxia
- Seizure affecting one half of brain
- Abnormal shape of brainstem
- Abnormality of coordination
- Aggressive behavior
- Anxiety
- Attention deficit
- Atypical absence seizure
- Autism spectrum disorder
- Balance impairment
- Behavioral abnormality
- Bilateral tonic-clonic seizure with focal onset
- Bilateral tonic-clonic seizure with generalized onset
- Brief seizures with staring spells
- Choreoathetosis
- Complex febrile seizure
- Confusion
- CSF lymphocytic pleiocytosis
- CSF pleocytosis
- Decreased reflex response
- Degeneration of cerebrum
- Delayed speech and language development
- Difficulty articulating speech
- Dissociated sensory loss
- Dystonia
- EEG with multifocal slow activity
- EEG with polyspike wave complexes
- EEG with spike-wave complexes (>3.5 Hz)
- Epilepsia partialis continua
- Epilepsy
- Epileptic spasm
- Falls
- Febrile seizure (within the age range of 3 months to 6 years)
- Focal aware seizure
- Focal emotional seizure with laughing
- Focal hemiclonic seizure
- Focal impaired awareness seizure
- Focal manual automatism seizure
- Focal pedal automatism seizure
- Generalized clonic seizure
- Generalized myoclonic seizure
- Generalized tonic seizure
- Hyperactive movements
- Intellectual disability, severe
- Interictal epileptiform activity
- Involuntary movements
- IQ between 34 and 49
- Irritability
- Jerking
- Lack of peer relationships
- Mental deterioration
- More active than typical
- Obsessive-compulsive trait
- Parkinsonism
- Personality disorder
- Photosensitive myoclonic seizure
- Photosensitive tonic-clonic seizure
- Pins and needles feeling
- Slow movements
- Small hippocampus
- Status epilepticus without prominent motor symptoms
- Sudden loss of muscle tone
- Tonic seizure
- Weakness of one side of body
- Abnormal corpus callosum morphology
- Abnormal emotional state
- Abnormal gait
- Abnormal myelination
- Action tremor
- Alien limb phenomenon
- Atypical absence status epilepticus
- Autism
- Brain degeneration
- Brain imaging abnormality
- Brisk reflexes
- Chorea
- Coma
- Cortical dysplasia
- Decreased vigilance
- Degeneration of cerebellum
- Delayed myelination
- Difficulty finding words
- Diminished deep tendon reflex
- Disorder of involuntary muscle movements
- Dysgenesis of the hippocampus
- EEG with focal epileptiform discharges
- EEG with generalized epileptiform discharges
- EEG with generalized sharp slow waves
- EEG with generalized slow activity
- EEG with irregular generalized spike and wave complexes
- EEG with spike-wave complexes
- Fluid-filled sac located in membrane surrounding brain or spinal cord
- Generalized brain degeneration
- Generalized cerebral degeneration/underdevelopment
- Hypsarrhythmia
- Impaired temperature sensation
- Impulsivity
- Incoordination
- Lack of feeling, emotion, interest
- Language impairment
- Myoclonic absence seizure
- Paralysis on one side of body
- Poor fine motor coordination
- Poor social interactions
- Psychosis
- Repetitive movements
- Short attention span
- Simple febrile seizure
- Spontaneous pain sensation
- Tremor
- Unsteady walk
- Abnormal pyramidal sign
- EEG with focal sharp waves
- Epileptic encephalopathy
- Repeated seizures without recovery between them
- Motor delay
- Visually-induced seizure
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati 2026-10-16: a quali condizioni è associato il gene e con quale forza.
- La lista ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: siti noti associati a malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili da analizzare.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.16-c6eea6bf.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene SCN1A: sodium voltage-gated channel alpha subunit 1. Consultato il 16 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/scn1a
Dante Labs. Gene SCN1A: sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 [Internet]. [citato il 16 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/scn1a
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