Gène
ATP1A3
ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 3
- HGNC 801↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000105409↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 478↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 19q13.2
- Coordonnées
- Chromosome 19 : 41 966 582–41 994 230 (GRCh38)
- Exons
- 23 exons sur 27,6 kb
- Protéine
- 1 013 acides aminés
- Symboles précédents
- DYT12
- Transcrit MANE Select
- ENST00000648268.1NM_152296.5
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Ataxies cérébelleuses autosomiques dominantes (SCA et DRPLA)
- Ataxie cérébelleuse autosomique dominanteAutosomique dominant
Un groupe d'ataxies à transmission dominante, notamment SCA1, SCA2, SCA3 (maladie de Machado-Joseph), SCA6, SCA7, SCA17, SCA27B et DRPLA, causées par des expansions de répétitions ou des variants ponctuels dans des gènes tels que ATXN1, ATXN2, ATXN3, CACNA1A, ATXN7, TBP, ATN1 et FGF14.
- 3 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
▶Actionnabilité
Conseil génétique et test présymptomatique pour les apparentés, kinésithérapie et prise en charge des symptômes ; certaines formes, comme SCA27B, peuvent répondre à un traitement médicamenteux spécifique.
Dystonie, myotonie et dyskinésie paroxystique
- Dystonie 12Autosomique dominant
Le syndrome de dystonie-parkinsonisme à début rapide (RDP) est un trouble du mouvement très rare, caractérisé par l'apparition brutale d'un parkinsonisme et d'une dystonie, souvent déclenchés par un stress physique ou psychologique.
- 2 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Trouble neurologique lié à ATP1A3Autosomique dominant
Un spectre comprenant la dystonie-parkinsonisme à début rapide, l'hémiplégie alternante de l'enfance et le syndrome CAPOS, causés par des variants de ATP1A3.
- ClinGen juge le lien définitif
- 7 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Dystonie héréditaire
Terme générique regroupant les dystonies héréditaires, notamment la dystonie généralisée à début précoce DYT-TOR1A, DYT-THAP1, la myoclonie-dystonie (SGCE) et la dystonie liée à KMT2B.
- 2 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
Neuropathie optique héréditaire
- Atrophie optique héréditaire
Perte héréditaire des fibres du nerf optique, most souvent l'atrophie optique autosomique dominante causée par des variants de OPA1, et comprenant des formes plus rares causées par OPA3, DNM1L, SSBP1 et d'autres gènes.
- 3 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
Regroupements plus larges
Épilepsie (panel complet)
- Épilepsie
L'un des 171 gènes qui lui sont liés
Un trouble cérébral caractérisé par des épisodes de décharges neuronales anormalement intenses, entraînant des manifestations neurologiques transitoires d'ordre sensoriel, moteur ou psychologique. Ces épisodes peuvent s'accompagner ou non d'une perte de connaissance ou de convulsions.
- 2 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
Maladies neurodégénératives héréditaires
- Maladie neurodégénérative liée à KIF5AAutosomique dominant
L'un des 372 gènes qui lui sont liés
Causée par des modifications d'une copie du gène KIF5A, qui code une protéine motrice dotée d'une queue de liaison à sa cargaison. Différents types de modifications entraînent différentes affections : la paraplégie spastique héréditaire de type 10, une forme axonale de la maladie de Charcot-Marie-Tooth et la sclérose latérale amyotrophique (SLA).
- 3 évaluateurs GenCC le classent comme définitif ou fort
▶Actionnabilité
La prise en charge est symptomatique et dépend de la forme clinique ; elle comprend la kinésithérapie, des médicaments contre la spasticité et un suivi pluridisciplinaire de la SLA. Chaque enfant d'une personne atteinte a une chance sur 2 d'hériter de la modification ; le conseil génétique aide les familles à comprendre ce risque.
Structure de ATP1A3
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Sites connus associés à une maladie
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 3,6 kb sur les 27,6 kb du gène ; 3 042 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de ATP1A3
6Facile
Difficulté de séquençage de ATP1A3 avec des lectures courtes, sur 100
0 · Facile100 · Difficile
Presque tous les exons de ATP1A3 se situent dans des zones où les lectures courtes se positionnent sans ambiguïté.
Facteur aggravant : la part des exons de ATP1A3 située dans chaque type de région difficile
- MappabilitéPortions où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, si bien qu'un appel dans ces zones peut être manquant ou erroné. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 100.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 60.0 %
- Partagé avec le chrYLes régions pseudoautosomales et la région transposée du X, où les chrX et chrY portent la même séquence ou une séquence presque identique, si bien qu'une lecture issue de l'un peut être placée sur l'autre. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 60.0 %
- Couverture de la référenceLacunes dans l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence sur laquelle les lectures peuvent s'aligner. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 50.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et suites d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas couvrir en entier. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 30.4,8 %
- Teneur en GCFenêtres comportant moins de 25 % ou plus de 65 % de G et de C, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 20.25 %
Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes des régions difficiles à séquencer de Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du scoreChaque barre représente la part des bases exoniques de ATP1A3 située dans ce type de région difficile. Chaque type peut à lui seul rendre un gène difficile, et chaque type supplémentaire ajoute moins : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans l'un d'eux, 100 lorsque toutes les bases se trouvent dans des zones où les lectures ne peuvent pas être placées de façon unique.
126
positions dans ATP1A3 où ClinVar classe une variation comme pathogène ou probablement pathogène
Aucune d'entre elles ne se trouve dans une région que les lectures courtes peinent à analyser.
Un génome complet couvre les 27,6 kb de ATP1A3 dans leur totalité, introns compris, et pas seulement les 3,6 kb d'exons.
ClinVar pathogenic variants (151)
The ATP1A3 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Pathogène 76
- Pathogène/probablement pathogène 6
- Probablement pathogène 69
| Variant | Conditions | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2839G>A (p.Gly947Arg) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 2 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2767G>A (p.Asp923Asn) (opens in a new tab) | ATP1A3-associated neurological disorder and 3 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2452G>A (p.Glu818Lys) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 2 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2443G>A (p.Glu815Lys) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 6 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2401G>A (p.Asp801Asn) (opens in a new tab) | ATP1A3-associated neurological disorder and 4 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2318A>G (p.Asn773Ser) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 1 other | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2267G>A (p.Arg756His) (opens in a new tab) | ATP1A3-associated neurological disorder and 4 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2116G>A (p.Gly706Arg) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 3 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.1838C>T (p.Thr613Met) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 1 other | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.1073G>A (p.Gly358Asp) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 3 others | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.954C>G (p.Ile318Met) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 1 other | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2839G>T (p.Gly947Trp) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 2 others | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2324C>T (p.Pro775Leu) (opens in a new tab) | developmental and epileptic encephalopathy 99 and 1 other | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2266C>T (p.Arg756Cys) (opens in a new tab) | ATP1A3-associated neurological disorder and 3 others | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.1825G>T (p.Asp609Tyr) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.829G>A (p.Glu277Lys) (opens in a new tab) | dystonia 12 | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.266G>C (p.Gly89Ala) (opens in a new tab) | dystonia 12 and 1 other | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.460A>G (p.Met154Val) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 and 3 others | Probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2820-222_*2324del (opens in a new tab) | developmental and epileptic encephalopathy 99 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.3013+1G>A (opens in a new tab) | dystonia 12 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2966_2996del (p.Phe989fs) (opens in a new tab) | dystonia 12 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2902del (p.Leu968fs) (opens in a new tab) | dystonia 12 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2840G>A (p.Gly947Glu) (opens in a new tab) | alternating hemiplegia of childhood 2 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2839G>C (p.Gly947Arg) (opens in a new tab) | dystonia 12 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
| NM_152296.5(ATP1A3):c.2771T>C (p.Leu924Pro) (opens in a new tab) | dystonia 12 | Pathogène | ★★★★1 étoile sur 4 critères fournis, un seul soumetteur |
See all 151 with every other ATP1A3 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Gènes liés aux mêmes affections
- AFG3L2AFG3 like matrix AAA peptidase subunit 2Partage 3 affections
- CACNA1Acalcium voltage-gated channel subunit alpha1 APartage 3 affections
- PNKPpolynucleotide kinase 3'-phosphatasePartage 3 affections
- PUM1pumilio RNA binding family member 1Partage 3 affections
- ZFHX3zinc finger homeobox 3Partage 3 affections
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Partage 2 affections
- ACO2aconitase 2Partage 2 affections
- ATN1atrophin 1Partage 2 affections
- ATXN1ataxin 1Partage 2 affections
- ATXN10ataxin 10Partage 2 affections
- ATXN2ataxin 2Partage 2 affections
- ATXN3ataxin 3Partage 2 affections
Traits associés à ATP1A3
L'Human Phenotype Ontology répertorie ces traits comme caractéristiques des maladies rares que ATP1A3 peut provoquer. La page de chaque trait indique les autres gènes qui lui sont associés.
Abnormality of the nervous system
- Absent reflexes
- Arm dystonia
- Ataxia
- Balance impairment
- Disturbances of consciousness
- Episodic ataxia
- Slow movements
- Weakness of one side of body
Afficher 83 traits supplémentaires
- Encephalopathy
- Episodic hemiplegia
- Global developmental delay
- Abnormal autonomic nervous system physiology
- Abnormal craniofacial muscle tone
- Abnormality of coordination
- Behavioral abnormality
- Bulbar signs
- Decreased reflex response
- Delayed speech and language development
- Difficulty articulating speech
- Dystonia
- EEG with multifocal slow activity
- Epilepsy
- Inability to coordinate movements when walking
- Inability to speak
- Intellectual disability
- Limb dystonia
- Loss of developmental milestones
- Motor delay
- Multifocal epileptiform discharges
- Neurodevelopmental delay
- Parkinsonism
- Perisylvian polymicrogyria
- Repeated seizures without recovery between them
- Seizure affecting one half of brain
- Tetraparesis
- Tremor
- Abnormal corpus callosum morphology
- Abnormal gait
- Abnormal myelination
- Abnormal pyramidal sign
- Aggressive behavior
- Anxiety
- Atrophy/Degeneration affecting the brainstem
- Attention deficit
- Autism
- Autism spectrum disorder
- Brain degeneration
- Brief seizures with staring spells
- Can't control feelings
- Chorea
- Choreoathetosis
- Cognitive impairment
- Degeneration of cerebellum
- Degeneration of cerebrum
- Delayed CNS myelination
- Depression
- Diminished deep tendon reflex
- Disorder of involuntary muscle movements
- Epileptic spasm
- Eyelid myoclonus
- Focal hemiclonic seizure
- Focal impaired awareness seizure
- Focal motor seizure
- Frontotemporal cerebral atrophy
- Grand mal seizures
- Headache
- Hypsarrhythmia
- Impulsivity
- Incoordination
- Increased reflexes
- Involuntary movements
- Jerking
- Lack of coordination of movement
- Mental deterioration
- Multifocal seizures
- Paroxysmal dyskinesia
- Peripheral axonal neuropathy
- Resting tremor
- Small hippocampus
- Thick corpus callosum
- Thin corpus callosum
- Tonic seizure
- Unsteady walk
- Ventriculomegaly
- Worsening neurological symptoms
- Brain imaging abnormality
- EEG abnormality
- Episodic quadriplegia
- Instability or lack of coordination of central trunk muscles
- Paralysis of all four limbs
- Paralysis on one side of body
Abnormality of head or neck
- Abnormally small head
- Decreased facial expressions
- Drooling
- Wry neck
- Decreased facial muscle tone
- Downturned corners of mouth
- Downward slanting of the opening between the eyelids
- Exaggerated cupid's bow
Afficher 3 traits supplémentaires
Abnormality of the digestive system
- Abnormality of the gastrointestinal tract
- Gastrointestinal dysmotility
- Abdominal bloating
- Anorexia
- Constipation
- Diarrhea
- Oral-pharyngeal dysphagia
- Poor swallowing
Afficher 3 traits supplémentaires
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- GenCC et ClinGen, publiés en 2026-10-19 : les maladies auxquelles le gène est associé et la solidité de ce lien.
- La liste ACMG des résultats secondaires, SF v3.2.
- ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus responsables de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
- L'Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01 : les traits associés au gène. Pour en savoir plus, rendez-vous sur hpo.jax.org.
- Version des données 2026.10.19-9814e911.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène ATP1A3 : ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 3. Consulté le 19 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/atp1a3
Dante Labs. Gène ATP1A3 : ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 3 [Internet]. [consulté le 19 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/atp1a3
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