Gene
CHST14
carbohydrate sulfotransferase 14
- HGNC 24464↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000169105↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 113189↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 15q15.1
- Coordinate
- Cromosoma 15: 40.470.984–40.473.158 (GRCh38)
- Esoni
- 1 esone su 2,2 kb
- Proteina
- 376 amminoacidi
- Noto anche come
- HD4ST, D4ST-1
- Simboli precedenti
- D4ST1
- Trascritto MANE Select
- ENST00000306243.7NM_130468.4
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Sindrome di Ehlers-Danlos
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 5 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Raggruppamenti più ampi
Glicosilazione congenita disturbata (CDG)
Uno di 98 geni collegati ad esso
Un ampio gruppo di condizioni ereditarie in cui le catene di zuccheri (glicani) non vengono costruite o attaccate correttamente a proteine e lipidi, con effetti spesso su cervello, fegato, coagulazione del sangue, crescita e molti altri sistemi dell'organismo. La maggior parte è autosomica recessiva, ma alcune sono legate al cromosoma X o autosomiche dominanti.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 5 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Struttura di CHST14
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 2,2 kb dei 2,2 kb del gene; 1131 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di CHST14
9Facile
Quanto è difficile sequenziare CHST14 con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Quasi tutti gli esoni di CHST14 si trovano in punti in cui le letture corte si allineano con chiarezza.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di CHST14 in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.0%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.8,5%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.32%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di CHST14 in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
28
posizioni in CHST14 in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse rientra in una regione che le letture corte faticano a sequenziare.
Un genoma intero copre tutti i 2,2 kb di CHST14, introni inclusi, e non solo i 2,2 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (28)
The CHST14 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 23
- Patogena/probabilmente patogena 1
- Probabilmente patogena 4
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_130468.4(CHST14):c.878A>G (p.Tyr293Cys) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_130468.4(CHST14):c.784G>A (p.Glu262Lys) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_130468.4(CHST14):c.53_57del (p.Leu18fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.88del (p.Ala30fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.156_166del (p.Ser53fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.160dup (p.Ser54fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.171del (p.Leu58fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.181G>T (p.Glu61Ter) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.201_202del (p.Glu67fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.264del (p.Lys89fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.315del (p.Gln106fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.486G>A (p.Trp162Ter) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.494del (p.Val165fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.527_530delinsGACAG (p.Val176fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.597dup (p.Arg200fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.610C>T (p.Gln204Ter) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.676_682delinsGCTATGGGGCT (p.Lys226fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.711T>A (p.Tyr237Ter) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type 1 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.730del (p.Arg244fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.755_851del (p.Ser252fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.783del (p.Glu262fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.797dup (p.Tyr266Ter) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.842C>T (p.Pro281Leu) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.922C>T (p.Gln308Ter) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type 1 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_130468.4(CHST14):c.85_95dup (p.Leu34fs) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, musculocontractural type 1 | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
See all 28 with every other CHST14 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Geni associati alle stesse condizioni
- B3GALT6beta-1,3-galactosyltransferase 6Condivide 2 condizioni
- DSEdermatan sulfate epimeraseCondivide 2 condizioni
- A4GALTalpha 1,4-galactosyltransferase (P1PK blood group)Condivide 1 condizione
- ADAMTS2ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 2Condivide 1 condizione
- AEBP1AE binding protein 1Condivide 1 condizione
- ALG1ALG1 chitobiosyldiphosphodolichol beta-mannosyltransferaseCondivide 1 condizione
- ALG11ALG11 alpha-1,2-mannosyltransferaseCondivide 1 condizione
- ALG12ALG12 alpha-1,6-mannosyltransferaseCondivide 1 condizione
- ALG13ALG13 UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunitCondivide 1 condizione
- ALG14ALG14 UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunitCondivide 1 condizione
- ALG2ALG2 alpha-1,3/1,6-mannosyltransferaseCondivide 1 condizione
- ALG3ALG3 alpha-1,3- mannosyltransferaseCondivide 1 condizione
Tratti collegati a CHST14
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che CHST14 può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the digestive system
- Constipation
- Colonic diverticula
- Abnormal mesentery morphology
- Inguinal hernia
- Malrotation of small bowel
- Abnormal duodenum morphology
- Gap between large left and right abdominal muscles
- Intestinal malrotation
Mostra altri 2 tratti
Abnormality of the eye
- Blue outer white part of eyeball
- Wide-set eyes
- Cross-eyed
- Astigmatism
- Close sighted
- Glaucoma
- High eye pressure
- Retinal detachment
Mostra altri 2 tratti
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-19: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.19-9814e911.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene CHST14: carbohydrate sulfotransferase 14. Consultato il 19 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/chst14
Dante Labs. Gene CHST14: carbohydrate sulfotransferase 14 [Internet]. [citato il 19 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/chst14
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