Gen
SCN5A
sodium voltage-gated channel alpha subunit 5
- HGNC 10593↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000183873↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 6331↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 3p22.2
- Souřadnice
- Chromozom 3: 38 548 062–38 649 687 (GRCh38)
- Exony
- 28 exonů na 101,6 kb
- Protein
- 2 015 aminokyselin
- Dědičnost
- Autozomálně dominantní
- Další názvy
- Nav1.5, LQT3, HB1, HBBD, PFHB1, IVF, HB2, HH1, SSS1, CDCD2, CMPD2, ICCD
- Předchozí symboly
- CMD1E
- Transkript MANE Select
- ENST00000423572.7NM_000335.5
- Typ lokusu
- gene with protein product
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Referenční genomGRCh38hg38
Pozice na stránkách genů a variant se řídí touto volbou v tomto prohlížeči.
Přečtěte si SCN5A i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Brugada Syndrome
A genetically heterogeneous condition characterized by complete or incomplete right bundle branch block accompanied by ST elevation in leads V1-V3. There is a high incidence of ventricular arrhythmia that may result in sudden death.
- 5 zadavatelů GenCC ji hodnotí jako definitivní nebo silnou
- V seznamu ACMG pro sekundární nálezy
Co přináší znalost
ICD placement, fever management, genetic counseling, avoidance of triggering drugs
Progressive Cardiac Conduction Disease & Sick Sinus Syndrome
- SCN5A-Related Cardiac Rhythm DisorderAutozomálně dominantní
A range of heart rhythm conditions caused by changes in SCN5A, including conduction disease, sick sinus syndrome, Brugada syndrome, long QT syndrome type 3 and atrial fibrillation, usually in a structurally normal heart.
- Hodnocení ClinGen pro tuto vazbu: definitivní
- 6 zadavatelů GenCC ji hodnotí jako definitivní nebo silnou
- V seznamu ACMG pro sekundární nálezy
Co přináší znalost
Knowing about it supports ECG monitoring, avoiding certain medicines, and ECG screening of relatives.
- Progressive Familial Heart BlockAutozomálně dominantní
An inherited conduction disorder, caused by changes in genes such as SCN5A and TRPM4, that can progress to complete heart block, causing dizziness, fainting or, rarely, sudden death.
- 1 zadavatel GenCC ji hodnotí jako definitivní nebo silnou
Co přináší znalost
Knowing about it supports regular ECG checks and timely pacemaker implantation.
- Familial Sick Sinus Syndrome
An inherited dysfunction of the heart's natural pacemaker, caused by changes in genes such as HCN4, SCN5A and MYH6, that causes slow or irregular heart rhythms.
- 1 zadavatel GenCC ji hodnotí jako definitivní nebo silnou
Co přináší znalost
Knowing about it supports monitoring for slow heart rhythms and a pacemaker if symptoms develop.
Dilated Cardiomyopathy
Enlargement and weakening of the left ventricle not explained by coronary artery or valve disease; inherited forms involve TTN, LMNA, RBM20, FLNC, BAG3, DSP, MYH7, TNNT2, DES, PLN and many other genes, and include Barth syndrome and the Emery-Dreifuss muscular dystrophies.
- Hodnocení ClinGen pro tuto vazbu: definitivní
- 4 zadavatelů GenCC ji hodnotí jako definitivní nebo silnou
- V seznamu ACMG pro sekundární nálezy
Co přináší znalost
Knowing a genetic cause supports earlier heart monitoring and family screening, and for genes with a high arrhythmia risk such as LMNA, FLNC and RBM20 it informs decisions about rhythm monitoring and implantable defibrillators.
Long QT Syndrome
A disorder of cardiac repolarisation marked by a prolonged QT interval and a risk of dangerous ventricular arrhythmias such as torsades de pointes.
- 3 zadavatelů GenCC ji hodnotí jako definitivní nebo silnou
- V seznamu ACMG pro sekundární nálezy
Co přináší znalost
Beta-blockers, ICD placement, activity restriction, genetic counseling
Dědičnost
- Autozomálně dominantní
- Stačí jedna změněná kopie od kteréhokoli z rodičů. Rodič, který ji má, ji předá každému dítěti s pravděpodobností jedna ku dvěma.
Jak je SCN5A uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
- Známá místa způsobující onemocnění
- Úseky, které krátká čtení obtížně zachycují
- Varianty se stránkou
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 8,5 kb z 101,6 kb genu; 6 048 těchto bází kódují protein.
Jak genetický test čte SCN5A
245
pozic v genu SCN5A, které ClinVar řadí mezi patogenní nebo pravděpodobně patogenní
Z nich 1 (0,4 %) leží v oblasti, kterou krátká čtení obtížně zachycují.
- Low mappability (1 místo)Regions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely.
Celý genom pokrývá všech 101,6 kb genu SCN5A, včetně intronů, nikoli jen 8,5 kb exonů.
Varianty se stránkou (47)
Varianty genu SCN5A se stránkou zde, nejdříve ty s nejvyšším počtem hvězdiček hodnocení. Každá stránka popisuje veřejný záznam ClinVar o variantě, nikoli výsledek.
| Varianta | HGVS c. | Exon nebo intron | Pozice (GRCh38) | Klasifikace ClinVar | Stav hodnocení |
|---|---|---|---|---|---|
| A997S | c.2989G>T | Exon 17 | 38 581 170 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| A1427S | c.4279G>T | Exon 24 | 38 557 248 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| c.611+1G>A | Intron 5 | 38 620 842 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.935-3C>G | Intron 7 | 38 608 217 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.1140+1G>A | Intron 9 | 38 606 668 | Patogenní/pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.1890G>A | Exon 12 | 38 603 712 | Patogenní/pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.4242+1G>C | Intron 23 | 38 560 146 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.4434+5G>A | Intron 25 | 38 556 436 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| D356N | c.1066G>A | Exon 9 | 38 606 743 | Patogenní/pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| D1274N | c.3820G>A | Exon 21 | 38 566 426 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
Geny spojené se stejnými onemocněními
- ABCC9ATP binding cassette subfamily C member 9Sdílí 1 onemocnění
- ACTC1actin alpha cardiac muscle 1Sdílí 1 onemocnění
- BAG3BAG cochaperone 3Sdílí 1 onemocnění
- BAG5BAG cochaperone 5Sdílí 1 onemocnění
- CACNA1Ccalcium voltage-gated channel subunit alpha1 CSdílí 1 onemocnění
- CALM1calmodulin 1Sdílí 1 onemocnění
- CALM2calmodulin 2Sdílí 1 onemocnění
- CALM3calmodulin 3Sdílí 1 onemocnění
- DESdesminSdílí 1 onemocnění
- DMDdystrophinSdílí 1 onemocnění
- DOLKdolichol kinaseSdílí 1 onemocnění
- EMDemerinSdílí 1 onemocnění
Rysy spojené s SCN5A
Human Phenotype Ontology uvádí tyto rysy jako příznaky vzácných onemocnění, která může způsobit SCN5A. Na stránce každého rysu najdete další geny, které jsou s ním spojené.
Abnormality of the cardiovascular system
- Prolonged QTc interval
- Torsade de pointes
- Tricuspid regurgitation
- Ventricular flutter
- Ventricular tachycardia
- Abnormal P wave
- Atrial standstill
- Cardiac conduction abnormality
Zobrazit ještě 51 rysů
- Left ventricular systolic dysfunction
- Palpitations
- Reduced left ventricular ejection fraction
- Slow heartbeats
- Stretched and thinned heart muscle
- Ventricular escape rhythm
- Abnormal heart rate
- Abnormality of the heart
- Bundle branch block
- Cardiac failure
- Complete right bundle branch block
- Fainting spell
- Heart block
- Heart stops beating
- Increased circulating troponin T concentration
- Left atrial enlargement
- Left ventricular noncompaction
- Paroxysmal atrial fibrillation
- Permanent atrial fibrillation
- Prolonged PR interval
- Quivering upper heart chambers resulting in irregular heartbeat
- Right ventricular dilatation
- Sick sinus syndrome
- ST segment elevation
- Stroke
- Sudden cardiac death
- Ventricular fibrillation
- Atrial flutter
- Disease of the heart muscle
- Elevated heart rate
- First degree atrioventricular block
- Heart attack
- Ischemic stroke
- Left anterior fascicular block
- Left posterior fascicular block
- Left ventricular hypertrophy
- Mobitz I atrioventricular block
- Paroxysmal ventricular tachycardia
- Supraventricular tachycardia
- Supraventricular tachycardia with an accessory connection mediated pathway
- Extra heart beat
- Left bundle branch block
- Trifascicular block
- Ventricular arrhythmia
- Absent P wave
- Complete heart block with broad QRS complexes
- Interruption of electrical communication between upper and lower chambers of heart
- Premature atrial contractions
- Prolonged QT interval
- Reduced systolic function
- Sinus bradycardia
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud údaje pocházejí
- HGNC: symbol genu, název, další symboly a umístění.
- MANE Select v1.5, z NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- GenCC a ClinGen, vydání 2026-10-16: s jakými onemocněními je gen spojen a jak silná je tato souvislost.
- Seznam sekundárních nálezů ACMG, SF v3.2.
- ClinVar a stratifikace GIAB: známá místa způsobující onemocnění a oblasti, které krátká čtení obtížně zachycují.
- Human Phenotype Ontology, verze 2026-09-01: rysy spojené s tímto genem. Více informací najdete na hpo.jax.org.
- Vydání dat 2026.10.16-c6eea6bf.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen SCN5A: sodium voltage-gated channel alpha subunit 5. Staženo 17. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/scn5a
Dante Labs. Gen SCN5A: sodium voltage-gated channel alpha subunit 5 [Internet]. [citováno 17. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/scn5a
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů