Gène
SCN5A
sodium voltage-gated channel alpha subunit 5
- HGNC 10593↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000183873↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 6331↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 3p22.2
- Coordonnées
- Chromosome 3 : 38 548 062–38 649 687 (GRCh38)
- Exons
- 28 exons sur 101,6 kb
- Protéine
- 2 015 acides aminés
- Hérédité
- Autosomique dominant
- Aussi appelé
- Nav1.5, LQT3, HB1, HBBD, PFHB1, IVF, HB2, HH1, SSS1, CDCD2, CMPD2, ICCD
- Symboles précédents
- CMD1E
- Transcrit MANE Select
- ENST00000423572.7NM_000335.5
- Type de locus
- gene with protein product
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
Génome de référenceGRCh38hg38
Les positions sur les pages de gènes et de variants suivent ce choix, dans ce navigateur.
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Obtenir mon Genome TestRapports d'expertise pertinents pour ce gène
Syndrome de Brugada
Une affection génétiquement hétérogène caractérisée par un bloc de branche droit complet ou incomplet, associé à un sus-décalage du segment ST dans les dérivations V1 à V3. Elle s'accompagne d'une incidence élevée d'arythmies ventriculaires pouvant entraîner une mort subite.
- 5 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Sur la liste ACMG des résultats secondaires
Ce que la connaissance change
Implantation d'un DCI, prise en charge de la fièvre, conseil génétique, éviction des médicaments déclencheurs
Maladie cardiaque conductrice progressive et syndrome du nœud sinusal malade
- Trouble du rythme cardiaque lié à SCN5AAutosomique dominant
Ensemble de troubles du rythme cardiaque causés par des modifications de SCN5A, notamment maladie de conduction, syndrome du nœud sinusal malade, syndrome de Brugada, syndrome du QT long de type 3 et fibrillation auriculaire, généralement en présence d'un cœur structurellement normal.
- ClinGen classe ce lien comme définitif
- 6 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Sur la liste ACMG des résultats secondaires
Ce que la connaissance change
Le fait de connaître cette affection permet d'assurer un suivi par ECG, d'éviter certains médicaments et de proposer un dépistage par ECG aux membres de la famille.
- Bloc cardiaque familial progressifAutosomique dominant
Trouble de la conduction héréditaire, causé par des modifications de gènes tels que SCN5A et TRPM4, pouvant évoluer vers un bloc cardiaque complet, entraînant des étourdissements, des malaises ou, très rarement, une mort subite.
- 1 soumetteur GenCC le classe comme définitif ou fort
Ce que la connaissance change
Le fait de connaître cette affection permet d'assurer des contrôles ECG réguliers et une implantation de stimulateur cardiaque en temps utile.
- Syndrome du nœud sinusal malade familial
Dysfonctionnement héréditaire du stimulateur naturel du cœur, causé par des modifications de gènes tels que HCN4, SCN5A et MYH6, entraînant des rythmes cardiaques lents ou irréguliers.
- 1 soumetteur GenCC le classe comme définitif ou fort
Ce que la connaissance change
Le fait de connaître cette affection permet de surveiller les rythmes cardiaques lents et, si des symptômes apparaissent, de recourir à un stimulateur cardiaque.
Cardiomyopathie dilatée
Élargissement et affaiblissement du ventricule gauche non expliqués par une maladie coronarienne ou valvulaire ; les formes héréditaires impliquent TTN, LMNA, RBM20, FLNC, BAG3, DSP, MYH7, TNNT2, DES, PLN et de nombreux autres gènes, et comprennent le syndrome de Barth et les dystrophies musculaires d'Emery-Dreifuss.
- ClinGen classe ce lien comme définitif
- 4 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Sur la liste ACMG des résultats secondaires
Ce que la connaissance change
Connaître une cause génétique permet d'instaurer plus tôt une surveillance cardiaque et un dépistage familial. Pour les gènes à risque élevé d'arythmie, tels que LMNA, FLNC et RBM20, elle éclaire les décisions concernant la surveillance du rythme et les défibrillateurs implantables.
Syndrome du QT long
Un trouble de la repolarisation cardiaque caractérisé par un intervalle QT prolongé et un risque d'arythmies ventriculaires graves telles que des torsades de pointes.
- 3 soumetteurs GenCC le classent comme définitif ou fort
- Sur la liste ACMG des résultats secondaires
Ce que la connaissance change
Bêtabloquants, pose d'un DAI, limitation des activités physiques, conseil génétique
Transmission
- Autosomique dominant
- Une copie modifiée, provenant de l'un ou l'autre parent, suffit. Un parent qui en porte une la transmet à chacun de ses enfants avec une probabilité de une sur deux.
Structure de SCN5A
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Sites connus associés à une maladie
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
- Variants avec une page
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 8,5 kb sur les 101,6 kb du gène ; 6 048 de ces bases codent pour la protéine.
Comment un test génomique lit SCN5A
245
positions dans SCN5A où ClinVar classe une modification comme pathogène ou probablement pathogène
1 d'entre elles (0,4 %) se situe dans une région que les lectures courtes peinent à analyser.
- Low mappability (1 site)Regions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely.
Un génome entier couvre les 101,6 kb de SCN5A, introns compris, et pas seulement les 8,5 kb d'exons.
Variants avec une page (47)
Les variants SCN5A disposant d'une page ici, ceux avec le plus d'étoiles de révision en premier. Chaque page décrit le dossier public de ClinVar sur le variant, jamais un résultat.
| Variant | HGVS c. | Exon ou intron | Position (GRCh38) | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|---|---|
| A997S | c.2989G>T | Exon 17 | 38 581 170 | Probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| A1427S | c.4279G>T | Exon 24 | 38 557 248 | Probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| c.611+1G>A | Intron 5 | 38 620 842 | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit | |
| c.935-3C>G | Intron 7 | 38 608 217 | Probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit | |
| c.1140+1G>A | Intron 9 | 38 606 668 | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit | |
| c.1890G>A | Exon 12 | 38 603 712 | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit | |
| c.4242+1G>C | Intron 23 | 38 560 146 | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit | |
| c.4434+5G>A | Intron 25 | 38 556 436 | Probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit | |
| D356N | c.1066G>A | Exon 9 | 38 606 743 | Pathogène/probablement pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
| D1274N | c.3820G>A | Exon 21 | 38 566 426 | Pathogène | ★★★★2 étoiles sur 4 critères fournis, plusieurs soumetteurs, sans conflit |
Gènes liés aux mêmes affections
- ABCC9ATP binding cassette subfamily C member 9Partage 1 affection
- ACTC1actin alpha cardiac muscle 1Partage 1 affection
- BAG3BAG cochaperone 3Partage 1 affection
- BAG5BAG cochaperone 5Partage 1 affection
- CACNA1Ccalcium voltage-gated channel subunit alpha1 CPartage 1 affection
- CALM1calmodulin 1Partage 1 affection
- CALM2calmodulin 2Partage 1 affection
- CALM3calmodulin 3Partage 1 affection
- DESdesminPartage 1 affection
- DMDdystrophinPartage 1 affection
- DOLKdolichol kinasePartage 1 affection
- EMDemerinPartage 1 affection
Traits associés à SCN5A
L'Human Phenotype Ontology répertorie ces traits comme caractéristiques des maladies rares que SCN5A peut provoquer. La page de chaque trait indique les autres gènes qui lui sont associés.
Abnormality of the cardiovascular system
- Prolonged QTc interval
- Torsade de pointes
- Tricuspid regurgitation
- Ventricular flutter
- Ventricular tachycardia
- Abnormal P wave
- Atrial standstill
- Cardiac conduction abnormality
Afficher 51 traits supplémentaires
- Left ventricular systolic dysfunction
- Palpitations
- Reduced left ventricular ejection fraction
- Slow heartbeats
- Stretched and thinned heart muscle
- Ventricular escape rhythm
- Abnormal heart rate
- Abnormality of the heart
- Bundle branch block
- Cardiac failure
- Complete right bundle branch block
- Fainting spell
- Heart block
- Heart stops beating
- Increased circulating troponin T concentration
- Left atrial enlargement
- Left ventricular noncompaction
- Paroxysmal atrial fibrillation
- Permanent atrial fibrillation
- Prolonged PR interval
- Quivering upper heart chambers resulting in irregular heartbeat
- Right ventricular dilatation
- Sick sinus syndrome
- ST segment elevation
- Stroke
- Sudden cardiac death
- Ventricular fibrillation
- Atrial flutter
- Disease of the heart muscle
- Elevated heart rate
- First degree atrioventricular block
- Heart attack
- Ischemic stroke
- Left anterior fascicular block
- Left posterior fascicular block
- Left ventricular hypertrophy
- Mobitz I atrioventricular block
- Paroxysmal ventricular tachycardia
- Supraventricular tachycardia
- Supraventricular tachycardia with an accessory connection mediated pathway
- Extra heart beat
- Left bundle branch block
- Trifascicular block
- Ventricular arrhythmia
- Absent P wave
- Complete heart block with broad QRS complexes
- Interruption of electrical communication between upper and lower chambers of heart
- Premature atrial contractions
- Prolonged QT interval
- Reduced systolic function
- Sinus bradycardia
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où viennent ces informations
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, de NCBI et EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- GenCC et ClinGen, publiés le 2026-10-16 : les affections auxquelles le gène est associé, et le niveau de solidité de ce lien.
- La liste ACMG des résultats secondaires, SF v3.2.
- ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus responsables de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- L'Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01 : les traits associés au gène. Pour en savoir plus, rendez-vous sur hpo.jax.org.
- Version des données 2026.10.16-c6eea6bf.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène SCN5A : sodium voltage-gated channel alpha subunit 5. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/scn5a
Dante Labs. Gène SCN5A : sodium voltage-gated channel alpha subunit 5 [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/scn5a
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