Gene
SMPD1
sphingomyelin phosphodiesterase 1
- HGNC 11120↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000166311↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 6609↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 11p15.4
- Coordinate
- Cromosoma 11: 6.390.474–6.394.996 (GRCh38)
- Esoni
- 6 esoni su 4,5 kb
- Proteina
- 631 amminoacidi
- Noto anche come
- ASM
- Trascritto MANE Select
- ENST00000342245.9NM_000543.5
- Tipo di locus
- Protein-coding
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Deficit di sfingomielinasi acida (malattia di Niemann-Pick di tipo A e B)
- Malattia di Niemann-Pick di tipo A (ASMD neurovisceral infantile)Autosomica recessiva
Ingrossamento di fegato e milza nell'infanzia, con difficoltà nell'alimentazione e rapido declino neurologico, causato da una perdita quasi completa di sfingomielinasi acida.
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
- Malattia di Niemann-Pick di tipo B (ASMD viscerale cronica)Autosomica recessiva
Ingrossamento di fegato e milza, piastrine basse, lipidi ematici alterati e malattia polmonare interstiziale con esordio in età infantile o adulta, di solito senza coinvolgimento cerebrale.
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
La terapia enzimatica sostitutiva (olipudasi alfa) tratta le manifestazioni non neurologiche dell'ASMD.
- Deficit di sfingomielinasi acida, altre formeAutosomica recessiva
Comprende la forma neurovisceral cronica intermedia, con caratteristiche intermedie tra i tipi A e B.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 6 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Raggruppamenti più ampi
Malattia da accumulo lisosomiale
- Malattia da accumulo lisosomiale (altri tipi e tipo non specificato)
Uno di 59 geni collegati ad esso
Copre le malattie da accumulo lisosomiale senza un referto dedicato, come la malattia di Farber e altre patologie correlate ad ASAH1, le deficienze di prosaposina (PSAP), la deficienza multipla di solfatasi, le mucopolisaccaridosi di tipo IX e X e la malattia di Dorfman-Chanarin; l'ereditarietà varia a seconda del sottotipo, più spesso autosomica recessiva.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 7 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Struttura di SMPD1
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 2,4 kb dei 4,5 kb del gene; 1896 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di SMPD1
349
posizioni in SMPD1 in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di queste ricade in una regione che le letture corte faticano a leggere.
Un genoma intero copre tutti i 4,5 kb di SMPD1, introni compresi, non solo i 2,4 kb di esoni.
Geni associati alle stesse condizioni
- ABHD5abhydrolase domain containing 5, lysophosphatidic acid acyltransferaseCondivide 1 condizione
- AGAaspartylglucosaminidaseCondivide 1 condizione
- AP5Z1adaptor related protein complex 5 subunit zeta 1Condivide 1 condizione
- ARSAarylsulfatase ACondivide 1 condizione
- ARSBarylsulfatase BCondivide 1 condizione
- ARSKarylsulfatase family member KCondivide 1 condizione
- ASAH1N-acylsphingosine amidohydrolase 1Condivide 1 condizione
- CLCN6Cl-/H+ antiporter 6Condivide 1 condizione
- CLN3CLN3 lysosomal/endosomal transmembrane protein, batteninCondivide 1 condizione
- CLN5CLN5 lysosomal BMP synthaseCondivide 1 condizione
- CLN6CLN6 transmembrane ER proteinCondivide 1 condizione
- CLN8CLN8 transmembrane ER and ERGIC proteinCondivide 1 condizione
Tratti collegati a SMPD1
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che SMPD1 può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Delayed CNS myelination
- Global developmental delay
- Inability to walk
- Irritability
- Loss of developmental milestones
- Ataxia
- Developmental stagnation
- Mental deterioration
Mostra altri 22 tratti
- Motor delay
- Worsening neurological symptoms
- Abnormality of extrapyramidal motor function
- Abnormality of the nervous system
- Delayed motor skills
- Dementia
- Difficulty sleeping
- Epilepsy
- Intellectual disability
- Intellectual disability, mild
- Neurodevelopmental delay
- Peripheral neuropathy
- Abnormality of the cerebellum
- Apraxia
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Bipolar disorder
- Brief seizures with staring spells
- Depression
- Specific learning disability
- Decreased reflex response
- Involuntary writhing movements in fingers, hands, toes, and feet
Laboratory abnormality
- Decreased acid sphingomyelinase activity
- Elevated circulating alanine aminotransferase concentration
- Elevated circulating aspartate aminotransferase concentration
- Decreased circulating high-density lipoprotein cholesterol
- Elevated tissue sphingomyelin concentration
- High liver enzymes
- Increased plasma triglycerides
- Abnormal circulating lipid concentration
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Abnormality of the coagulation cascade
- Low number of red blood cells or hemoglobin
- Low platelet count
- Acute promyelocytic leukemia
- Autoimmune thrombocytopenia
- Bleeding tendency
- Bone-marrow foam cells
- Microcytic anemia
Mostra altri 1 tratto
Abnormality of the musculoskeletal system
- Muscle degeneration
- Delayed bone maturation
- Low muscle tone
- Osteopenia
- Osteoporosis
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Spontaneous fracture
- Muscle weakness
Mostra altri 1 tratto
Abnormality of the respiratory system
- Abnormality in area between air sacs in lung
- Abnormal blood gas level
- Decreased DLCO
- Interstitial pneumonitis
- Progressive pulmonary function impairment
- Respiratory failure
- Respiratory failure requiring assisted ventilation
- Breathing difficulty
Mostra altri 1 tratto
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati 2026-10-16: a quali condizioni è associato il gene e con quale forza.
- La lista ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: siti noti associati a malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili da analizzare.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.16-c6eea6bf.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene SMPD1: sphingomyelin phosphodiesterase 1. Consultato il 17 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/smpd1
Dante Labs. Gene SMPD1: sphingomyelin phosphodiesterase 1 [Internet]. [citato il 17 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/smpd1
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