Gen
SMPD1
sphingomyelin phosphodiesterase 1
- HGNC 11120↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000166311↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 6609↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 11p15.4
- Koordinater
- Kromosom 11: 6.390.474–6.394.996 (GRCh38)
- Exoner
- 6 exoner fordelt over 4,5 kb
- Protein
- 631 aminosyrer
- Også kendt som
- ASM
- MANE Select-transkript
- ENST00000342245.9NM_000543.5
- Lokustype
- Protein-coding
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/smpd1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs SMPD1 og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurerede rapporter relevant for dette gen
Syre-sfingomyelinasemangel (Niemann-Pick type A og B)
- Niemann-Pick type A (infantil neurovisceral ASMD)Autosomal recessiv
Forstørret lever og milt i spædbarnsalderen med spisevanskeligheder og hurtig neurologisk forværring, forårsaget af næsten fuldstændigt tab af syre sfingomyelinase.
- 3 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
- Niemann-Pick type B (kronisk viscerale ASMD)Autosomal recessiv
Forstørret lever og milt, lave blodplader, unormale blodfedtstoffer og interstitiel lungesygdom, som begynder i barndommen eller voksenlivet, typisk uden involvering af hjernen.
- 3 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Enzymerstatningsbehandling (olipudase alfa) behandler de ikke-neurologiske symptomer ved ASMD.
- Syre-sfingomyelinasemangel, andre formerAutosomal recessiv
Omfatter den intermediære kroniske neurovisceral form, med træk mellem type A og B.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 6 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
Bredere grupperinger
Lysosomal lagringssygdom
- Lysosomal lagringssygdom (andre og ikke-specificerede typer)
Et af 59 gener, der er knyttet til det
Dækker lysosomale lagringssygdomme uden særskilt rapport, såsom Farbers sygdom og andre ASAH1-relaterede lidelser, mangel på prosaposin (PSAP), multipel sulfatasemangel, mucopolysaccharidose type IX og X samt Dorfman-Chanarins sygdom; arvegangen varierer efter undertype, oftest autosomal recessiv.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 7 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
Sådan er SMPD1 opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Kendte sygdomsfremkaldende steder
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 2,4 kb af genets 4,5 kb; 1.896 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af SMPD1
349
positioner i SMPD1, hvor ClinVar klassificerer en ændring som patogen eller sandsynligvis patogen
Ingen af dem ligger i en region, som korte læsninger har svært ved at dække.
En helgenomsanalyse dækker alle 4,5 kb af SMPD1, inklusive introner, og ikke kun de 2,4 kb eksoner.
Gener knyttet til de samme sygdomme
- ABHD5abhydrolase domain containing 5, lysophosphatidic acid acyltransferaseDeler 1 sygdom
- AGAaspartylglucosaminidaseDeler 1 sygdom
- AP5Z1adaptor related protein complex 5 subunit zeta 1Deler 1 sygdom
- ARSAarylsulfatase ADeler 1 sygdom
- ARSBarylsulfatase BDeler 1 sygdom
- ARSKarylsulfatase family member KDeler 1 sygdom
- ASAH1N-acylsphingosine amidohydrolase 1Deler 1 sygdom
- CLCN6Cl-/H+ antiporter 6Deler 1 sygdom
- CLN3CLN3 lysosomal/endosomal transmembrane protein, batteninDeler 1 sygdom
- CLN5CLN5 lysosomal BMP synthaseDeler 1 sygdom
- CLN6CLN6 transmembrane ER proteinDeler 1 sygdom
- CLN8CLN8 transmembrane ER and ERGIC proteinDeler 1 sygdom
Træk knyttet til SMPD1
Human Phenotype Ontology angiver disse som kendetegn ved de sjældne tilstande, SMPD1 kan forårsage. Hvert træks side viser de andre gener, der er knyttet til det.
Abnormality of the nervous system
- Delayed CNS myelination
- Global developmental delay
- Inability to walk
- Irritability
- Loss of developmental milestones
- Ataxia
- Developmental stagnation
- Mental deterioration
Vis 22 træk mere
- Motor delay
- Worsening neurological symptoms
- Abnormality of extrapyramidal motor function
- Abnormality of the nervous system
- Delayed motor skills
- Dementia
- Difficulty sleeping
- Epilepsy
- Intellectual disability
- Intellectual disability, mild
- Neurodevelopmental delay
- Peripheral neuropathy
- Abnormality of the cerebellum
- Apraxia
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Bipolar disorder
- Brief seizures with staring spells
- Depression
- Specific learning disability
- Decreased reflex response
- Involuntary writhing movements in fingers, hands, toes, and feet
Laboratory abnormality
- Decreased acid sphingomyelinase activity
- Elevated circulating alanine aminotransferase concentration
- Elevated circulating aspartate aminotransferase concentration
- Decreased circulating high-density lipoprotein cholesterol
- Elevated tissue sphingomyelin concentration
- High liver enzymes
- Increased plasma triglycerides
- Abnormal circulating lipid concentration
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Abnormality of the coagulation cascade
- Low number of red blood cells or hemoglobin
- Low platelet count
- Acute promyelocytic leukemia
- Autoimmune thrombocytopenia
- Bleeding tendency
- Bone-marrow foam cells
- Microcytic anemia
Vis 1 træk mere
Abnormality of the musculoskeletal system
- Muscle degeneration
- Delayed bone maturation
- Low muscle tone
- Osteopenia
- Osteoporosis
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Spontaneous fracture
- Muscle weakness
Vis 1 træk mere
Abnormality of the respiratory system
- Abnormality in area between air sacs in lung
- Abnormal blood gas level
- Decreased DLCO
- Interstitial pneumonitis
- Progressive pulmonary function impairment
- Respiratory failure
- Respiratory failure requiring assisted ventilation
- Breathing difficulty
Vis 1 træk mere
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor oplysningerne kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- GenCC og ClinGen, udgivet 2026-10-16: hvilke sygdomme genet er knyttet til, og hvor stærkt.
- ACMG-listen over sekundære fund, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifikationerne: kendte sygdomsfremkaldende positioner og de regioner, som korte læsninger har svært ved at aflæse.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: de træk, der er knyttet til genet. Læs mere på hpo.jax.org.
- Dataudgivelse 2026.10.16-c6eea6bf.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). SMPD1-genet: sphingomyelin phosphodiesterase 1. Hentet 17. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/smpd1
Dante Labs. SMPD1-genet: sphingomyelin phosphodiesterase 1 [Internet]. [citeret 17. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/smpd1
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger