Γονίδιο
PTPN11
protein tyrosine phosphatase non-receptor type 11
- HGNC 9644↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- Γονίδιο Ensembl ENSG00000179295↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- NCBI Gene 5781↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
Σύνοψη
- Κυτογενετική θέση
- 12q24.13
- Συντεταγμένες
- Χρωμόσωμα 12: 112.418.947–112.509.918 (GRCh38)
- Εξόνια
- 16 έξώνια σε 91 kb
- Πρωτεΐνη
- 593 αμινοξέα
- Γνωστό επίσης ως
- BPTP3, SH-PTP2, SHP-2, PTP2C, SHP2
- Προηγούμενα σύμβολα
- NS1
- Μεταγράφημα MANE Select
- ENST00000351677.7NM_002834.5
- Τύπος locus
- Κωδικοποιητικά πρωτεΐνες
- Πολύ υψηλή
- Υψηλή
- Χαμηλή
- Πολύ χαμηλή
Αυτή η σελίδα ως δεδομένα
Προσθέστε .json στη διεύθυνση της σελίδας ή ζητήστε application/json, για να τη διαβάσετε ως JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/ptpn11.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameΔιαβάστε το PTPN11, και το υπόλοιπο γονιδίωμά σας, με μία εξέταση.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες
Αποκτήστε το Genome Test σαςΕπιμελημένες αναφορές που σχετίζονται με αυτό το γονίδιο
Σύνδρομο Noonan
- Αυτοσωμικός επικρατής
Το σύνδρομο Noonan (NS) χαρακτηρίζεται από χαμηλό ανάστημα, τυπικά χαρακτηριστικά του προσώπου και συγγενείς καρδιακές ανωμαλίες.
- Η ClinGen αξιολογεί τη σύνδεση ως οριστική
- 6 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
▶Δυνατότητα δράσης
Καρδιακή παρακολούθηση, υποστήριξη ανάπτυξης, θεραπεία με αυξητική ορμόνη, γενετική συμβουλευτική, κλινικές δοκιμές με αναστολείς MEK
- Σύνδρομο Noonan και σύνδρομα σχετιζόμενα με το Noonan
Μια ομάδα παθήσεων της οδού RAS, που περιλαμβάνουν τα σύνδρομα Noonan, Costello, καρδιοφακιοδερματικό και Legius, με μεταβλητές καρδιακές ανωμαλίες, χαμηλό ανάστημα και χαρακτηριστικά προσωπικά γνωρίσματα.
- Η ClinGen αξιολογεί τη σύνδεση ως οριστική
- 6 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
▶Δυνατότητα δράσης
Η γνώση αυτής της κατάστασης βοηθά στην παρακολούθηση της καρδιάς, της ανάπτυξης και της ψυχοκινητικής εξέλιξης.
Ευρύτερες ομάδες
Υπερτροφική Καρδιομυοπάθεια
- Αυτοσωμικός επικρατής
Ένα από τα 62 γονίδια που συνδέονται με αυτό
Πάθηση κατά την οποία ο μυοκάρδιο υπερτροφεί χωρίς προφανή αιτία. Η υπερτροφία είναι γενικά ασύμμετρη και ενδέχεται να συνδέεται με απόφραξη της εκροής της κοιλίας.
- Η ClinGen αξιολογεί τη σύνδεση ως οριστική
- 6 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
▶Δυνατότητα δράσης
Β-αναστολείς, ανασταλτές διαύλων ασβεστίου μη διϋδροπυριδινικής κατηγορίας, περιορισμός της δραστηριότητας, γενετικός συμβουλευτικός έλεγχος
Πώς είναι διαταγμένο το PTPN11
- Κωδικοποιούσα αλληλουχία
- Μη μεταφραζόμενη περιοχή
- Ιντρόνιο
- Κατεύθυνση μεταγραφής
- Γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο
- Περιοχές που τα σύντομα αναγνώσματα βρίσκουν δύσκολες
- Παραλλαγές με σελίδα
Εξόνια του μεταγράφηματος MANE Select του γονιδίου (έκδοση v1.5), από τα NCBI και το EMBL-EBI, στο γονιδίωμα αναφοράς GRCh38.
Ζώνες χρωμοσωμάτων από το ιδεόγραμμα GRCh38 του UCSC (2022-10-29).
Γειτονικά γονίδια από την έκδοση 116 του Ensembl, στο GRCh38.
Τα εξόνια αποτελούν 6,1 kb από τα 91 kb του γονιδίου· 1.782 από αυτές τις βάσεις κωδικοποιούν την πρωτεΐνη.
Αλληλούχιση PTPN11
23Μέτριο
Πόσο δύσκολο είναι να αλληλουχηθεί το PTPN11 με σύντομες αναγνώσεις, σε κλίμακα από 0 έως 100
0 · Εύκολο100 · Δύσκολο
Κάποια από τα εξόνια του PTPN11 βρίσκονται σε σημεία όπου οι σύντομες αναγνώσεις μπορεί να χάσουν ή να τοποθετήσουν λανθασμένα μια μεταβολή.
Με ό,τι προστίθεται: το ποσοστό των εξονίων του PTPN11 σε κάθε είδος δύσκολης περιοχής
- Δυνατότητα τοποθέτησηςΤμήματα όπου αναγνώσεις 100 ή 250 bp δεν μπορούν να τοποθετηθούν μοναδικά, οπότε μια κλήση εκεί μπορεί να λείπει ή να είναι λανθασμένη. Βάρος 35%.4,1%
- ΟμολογίαΤμηματικές διπλασιάσεις: αντίγραφα αλλού στο γονιδίωμα, όπως παράλογα γονίδια και ψευδογονίδια, με ταυτότητα 90% ή μεγαλύτερη. Βάρος 30%.67%
- ΕπαναλήψειςΔιαδοχικές επαναλήψεις και σειρές από μία βάση, πάνω στις οποίες οι αναγνώσεις γλιστρούν και ίσως δεν τις καλύπτουν πλήρως. Βάρος 15%.4,2%
- Περιεκτικότητα σε GCΠαράθυρα με λιγότερο από 25% ή περισσότερο από 65% G και C, τα οποία η προετοιμασία της βιβλιοθήκης καλύπτει ελλιπώς. Βάρος 10%.3%
- Κάλυψη αναφοράςΚενά στο κοντινό τμήμα του συναρμολογημένου γονιδιώματος αναφοράς, όπου δεν υπάρχει αλληλουχία με την οποία να ευθυγραμμίζονται οι αναγνώσεις. Βάρος 10%.0%
Βαθμολογία της Dante Labs από δική μας έρευνα, βασισμένη στους χάρτες NIST Genome in a Bottle για δύσκολα προς αλληλούχιση περιοχές.Πώς υπολογίζεταιΚάθε μπάρα είναι το ποσοστό των βάσεων των εξονίων του PTPN11 που βρίσκονται σε αυτό το είδος δύσκολης περιοχής. Κάθε μεμονωμένο είδος μπορεί από μόνο του να κάνει ένα γονίδιο δύσκολο, και κάθε επιπλέον είδος προσθέτει λιγότερο: 0 όταν καμία βάση δεν ανήκει σε κάποιο, 100 όταν κάθε βάση βρίσκεται σε περιοχή όπου οι αναγνώσεις δεν μπορούν να τοποθετηθούν μοναδικά.
127
θέσεις στο PTPN11 όπου το ClinVar κατατάσσει μια μεταβολή ως παθογόνες ή πιθανώς παθογόνες
1 από αυτές (0,8%) βρίσκονται σε περιοχή που οι σύντομες αναγνώσεις δυσκολεύονται να καλύψουν.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (1 θέση)
Ένα πλήρες γονιδίωμα καλύπτει και τα 91 kb του PTPN11, συμπεριλαμβανομένων των ιντρονίων, και όχι μόνο τα 6,1 kb των εξονίων.
Παραλλαγές με σελίδα (8)
Οι παραλλαγές του PTPN11 με σελίδα εδώ, με τα περισσότερα αστέρια αξιολόγησης πρώτα. Κάθε σελίδα περιγράφει το δημόσιο αρχείο της ClinVar για την παραλλαγή, ποτέ ένα αποτέλεσμα.
| Παραλλαγή | HGVS c. | Εξόνιο ή ιντρόνιο | Θέση (GRCh38) | Ταξινόμηση ClinVar | Κατάσταση αξιολόγησης |
|---|---|---|---|---|---|
| E139D | c.417G>C | Εξόνιο 4 | 112.453.279 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| I56T | c.167T>C | Εξόνιο 3 | 112.450.347 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| I56V | c.166A>G | Εξόνιο 3 | 112.450.346 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| M504V | c.1510A>G | Εξόνιο 13 | 112.489.086 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| N308D | c.922A>G | Εξόνιο 8 | 112.477.719 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| Q510P | c.1529A>C | Εξόνιο 13 | 112.489.105 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| T468M | c.1403C>T | Εξόνιο 12 | 112.488.466 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| Y63C | c.188A>G | Εξόνιο 3 | 112.450.368 | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
ClinVar pathogenic variants (178)
The PTPN11 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Παθογόνο 121
- Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο 8
- Πιθανώς παθογόνο 49
| Παραλλαγή | Conditions | Ταξινόμηση ClinVar | Κατάσταση αξιολόγησης |
|---|---|---|---|
| NM_002834.5(PTPN11):c.155C>T (p.Thr52Ile) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.166A>G (p.Ile56Val) | Noonan syndrome and Noonan-related syndrome | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.184T>G (p.Tyr62Asp) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.188A>G (p.Tyr63Cys) | Noonan syndrome | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.205G>C (p.Glu69Gln) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.209A>G (p.Lys70Arg) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.417G>C (p.Glu139Asp) | Noonan syndrome | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.781C>T (p.Leu261Phe) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.794G>A (p.Arg265Gln) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.836A>G (p.Tyr279Cys) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.922A>G (p.Asn308Asp) | Noonan syndrome | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1381G>A (p.Ala461Thr) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1391G>C (p.Gly464Ala) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1403C>T (p.Thr468Met) | Noonan syndrome with multiple lentigines | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1510A>G (p.Met504Val) | Noonan syndrome | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1517A>C (p.Gln506Pro) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1529A>C (p.Gln510Pro) | Noonan syndrome with multiple lentigines | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.1530G>C (p.Gln510His) (opens in a new tab) | RASopathy | Παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.167T>C (p.Ile56Thr) | Noonan syndrome and Noonan-related syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.782T>A (p.Leu261His) (opens in a new tab) | RASopathy | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★3 αστέρια από 4 ελέγχθηκε από ομάδα εμπειρογνωμόνων |
| NM_002834.5(PTPN11):c.5C>T (p.Thr2Ile) (opens in a new tab) | LEOPARD syndrome 1 and 5 others | Παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_002834.5(PTPN11):c.124A>G (p.Thr42Ala) (opens in a new tab) | LEOPARD syndrome 1 and 6 others | Παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_002834.5(PTPN11):c.172A>C (p.Asn58His) (opens in a new tab) | Noonan syndrome and 2 others | Παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_002834.5(PTPN11):c.172A>G (p.Asn58Asp) (opens in a new tab) | LEOPARD syndrome 1 and 6 others | Παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_002834.5(PTPN11):c.174C>A (p.Asn58Lys) (opens in a new tab) | LEOPARD syndrome 1 and 7 others | Παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
See all 178 with every other PTPN11 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Γονίδια που σχετίζονται με τις ίδιες παθήσεις
- BRAFB-Raf proto-oncogene, serine/threonine kinaseΜοιράζεται 3 παθήσεις
- ERFETS2 repressor factorΜοιράζεται 3 παθήσεις
- KRASKRas proto-oncogene, GTPaseΜοιράζεται 3 παθήσεις
- LZTR1leucine zipper like post translational regulator 1Μοιράζεται 3 παθήσεις
- MAPK1mitogen-activated protein kinase 1Μοιράζεται 3 παθήσεις
- MRASmuscle RAS oncogene homologΜοιράζεται 3 παθήσεις
- NRASNRAS proto-oncogene, GTPaseΜοιράζεται 3 παθήσεις
- PPP1CBprotein phosphatase 1 catalytic subunit betaΜοιράζεται 3 παθήσεις
- RAF1Raf-1 proto-oncogene, serine/threonine kinaseΜοιράζεται 3 παθήσεις
- RIT1Ras like without CAAX 1Μοιράζεται 3 παθήσεις
- RRAS2RAS related 2Μοιράζεται 3 παθήσεις
- SHOC2SHOC2 leucine rich repeat scaffold proteinΜοιράζεται 3 παθήσεις
Χαρακτηριστικά που συνδέονται με το PTPN11
Το Human Phenotype Ontology καταγράφει αυτά ως χαρακτηριστικά των σπάνιων παθήσεων που μπορεί να προκαλέσει το PTPN11. Η σελίδα κάθε χαρακτηριστικού εμφανίζει τα άλλα γονίδια που συνδέονται με αυτό.
Abnormality of the musculoskeletal system
- Multiple enchondromatosis
- Multiple exostoses
- Abnormal shape of end part of bone
- Bone pain
- Death of bone due to decreased blood supply
- Double-Jointed
- Formation of new noncancerous bone on top of existing bone
- Funnel chest
Εμφάνιση 17 ακόμη χαρακτηριστικών
- Muscle weakness
- Pigeon chest
- Wide rib cage
- Delayed bone maturation
- High shoulder blade
- Low muscle tone
- Scoliosis
- Abnormality of the sternum
- Osteopenia
- Abnormal shape of joints
- Kyphoscoliosis
- Missing ribs
- Multiple digital exostoses
- Pectus excavatum of inferior sternum
- Shield chest
- Superior pectus carinatum
- Synovitis
Abnormality of the cardiovascular system
- Abnormal cardiovascular system morphology
- Abnormal EKG
- Abnormal heart rate
- Abnormal pulmonary valve morphology
- Abnormality of lung artery
- Bundle branch block
- Enlarged and thickened heart muscle
- Narrowing of lung artery
Εμφάνιση 16 ακόμη χαρακτηριστικών
- Narrowing of pulmonic valve
- Abnormal mitral valve morphology
- Abnormality of the lymphatic system
- Abnormality of the spleen
- An opening in the wall separating the top two chambers of the heart
- Hole in center of heart
- Mitral valve prolapse
- Abnormal endocardium morphology
- Aneurysm
- Complete atrioventricular canal defect
- Heart attack
- Narrowing of aorta
- Narrowing of blood vessel below aortic heart valve
- Hole in heart wall separating two lower heart chambers
- Patent ductus arteriosus
- Complete heart block
Abnormality of the integument
- Birthmark
- Liver spots
- Beauty mark
- Freckling
- Hyperelastic skin
- Abnormal fingerprints
- Abnormal hair quantity
- Coarse hair
Εμφάνιση 4 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormality of the reproductive system
- Undescended testes
- Decreased fertility
- Abnormal localisation of kidneys
- Dilatation of the renal pelvis
- Hypospadias
- Absent kidney on one side
- Absent ovary
Εμφάνιση 3 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of limbs
- Abnormality of the wide portion of a long bone
- Winged shoulder blade
- Curvature of little finger
- Fused forearm bones
- Outward turned elbows
- Short fingers or toes
- Bowing of the long bones
- Curvature of digit
Εμφάνιση 2 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of the nervous system
- Abnormal speech pattern
- Cranial nerve paralysis
- Difficulty articulating speech
- Neurodevelopmental delay
- Cancer of early nerve cells
- Global developmental delay
- Intellectual disability
- Intellectual disability, mild
Εμφάνιση 2 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Abnormal platelet function
- Abnormality of coagulation
- Bleeding tendency
- Bruising susceptibility
- Juvenile myelomonocytic leukemia
- Myelodysplasia
- Amegakaryocytic thrombocytopenia
- Reduced factor XII activity
Εμφάνιση 1 ακόμη χαρακτηριστικού
Εξωτερικοί σύνδεσμοι
Εγγραφές γονιδίου
Μεταγράφημα
Πρωτεΐνη
Από πού προέρχονται αυτά
- HGNC: το σύμβολο, το όνομα, τα άλλα σύμβολα και η θέση του γονιδίου.
- MANE Select v1.5, από NCBI και EMBL-EBI: το μεταγράφημα, τα εξόνιά του και η κωδικοποιούσα αλληλουχία.
- GenCC και ClinGen, έκδοση 2026-10-18: ποιες παθήσεις συνδέονται με το γονίδιο και πόσο ισχυρή είναι αυτή η σύνδεση.
- Η λίστα δευτερευόντων ευρημάτων του ACMG, SF v3.2.
- ClinVar και οι στρωματοποιήσεις GIAB: γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο, και οι περιοχές που οι βραχείες αναγνώσεις βρίσκουν δύσκολες.
- Οι στρωματοποιήσεις γονιδιώματος Genome in a Bottle, από το NIST: η βαθμολογία δυσκολίας αλληλούχισης.
- Το Human Phenotype Ontology, έκδοση 2026-09-01: τα χαρακτηριστικά που συνδέονται με το γονίδιο. Μάθετε περισσότερα στο hpo.jax.org.
- Έκδοση δεδομένων 2026.10.18-8b139e39.
Παραπομπή σε αυτή τη σελίδα
Dante Labs. (χ.η.). Γονίδιο PTPN11: protein tyrosine phosphatase non-receptor type 11. Ανάκτηση 18 Οκτωβρίου 2026, από https://dantelabs.com/el/genes/ptpn11
Dante Labs. Γονίδιο PTPN11: protein tyrosine phosphatase non-receptor type 11 [Internet]. [ανακτήθηκε 18 Οκτωβρίου 2026]. Διαθέσιμο από: https://dantelabs.com/el/genes/ptpn11
Ένα τεστ. Απαντήσεις για όλη τη ζωή.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες