Gén
SMAD3
SMAD family member 3
- HGNC 6769↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000166949↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 4088↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 15q22.33
- Koordináták
- 15. kromoszóma: 67 065 602–67 195 169 (GRCh38)
- Exonok
- 9 exon, összesen 129,6 kb
- Fehérje
- 425 aminosav
- Más néven ismert
- JV15-2, HsT17436
- Korábbi jelölések
- MADH3
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000327367.9NM_005902.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/smad3.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a SMAD3-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Loeys-Dietz Syndrome
- Autoszomális domináns
Loeys-Dietz syndrome is a rare genetic connective tissue disorder characterized by a broad spectrum of craniofacial, vascular and skeletal manifestations with five genetic subtypes described forming a clinical continuum.
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
- Szerepel az ACMG másodlagos leletek listáján
Marfan Like Syndromes
- Loeys-Dietz SyndromeAutoszomális domináns
Loeys-Dietz syndrome is a rare genetic connective tissue disorder characterized by a broad spectrum of craniofacial, vascular and skeletal manifestations with five genetic subtypes described forming a clinical continuum.
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
- Szerepel az ACMG másodlagos leletek listáján
A SMAD3 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
- Oldallal rendelkező variánsok
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 129,6 kb-jából 6,5 kb-ot tesznek ki; ezek közül 1278 bázis kódolja a fehérjét.
SMAD3 szekvenálása
3Könnyű
Mennyire nehéz a SMAD3 szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-ból
0 · Könnyű100 · Nehéz
A SMAD3 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.
Ami tovább nehezíti: a SMAD3 exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így a hívás ott hiányozhat vagy hibás lehet. Súly: 100%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genom más helyein lévő másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 60%.0%
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Súly: 60%.0%
- Referencia-lefedettségA közeli referencia-összeszerelés hiányai, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok igazodhatnának. Súly: 50%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló ismétlések, amelyeken az olvasatok megcsúsznak, és amelyeket esetleg nem fognak át. Súly: 30%.3%
- GC-tartalomOlyan szakaszok, ahol a G és C bázisok aránya 25% alatti vagy 65% feletti, és amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 20%.11%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein nyugszik, a nehezen szekvenálható régiókat mutatja be.Így számítjuk kiMinden oszlop a SMAD3 exonbázisainak azon arányát mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban van. Bármelyik típus önmagában is nehézzé teheti a gént, a további típusok azonban egyre kevesebbet adnak hozzá: 0, ha egy bázis sem esik egyik típusba sem, 100, ha minden bázis olyan helyen van, ahol az olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen.
54
a SMAD3 génben azok a pozíciók, ahol a ClinVar kórokozónak vagy valószínűleg kórokozónak minősít egy változást
Ezek közül egy sem esik olyan régióba, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genomszekvenálás a SMAD3 mind a 129,6 kb-os hosszát lefedi, beleértve az intronokat is, nem csak az exonok 6,5 kb-át.
Oldallal rendelkező variánsok (5)
Az itt található, oldallal rendelkező SMAD3 variánsok, a legtöbb csillaggal rendelkezők először. Minden oldal a variáns ClinVar nyilvános adatbázisbeli bejegyzését írja le, sosem egy eredményt.
| Variáns | HGVS c. | Exon vagy intron | Pozíció (GRCh38) | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|---|---|
| c.3G>A | 1. exon | 67 066 157 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás | |
| c.401-6G>A | 2. intron | 67 165 247 | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás | |
| R90C | c.268C>T | 2. exon | 67 164 956 | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| R287W | c.859C>T | 6. exon | 67 181 441 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| S423N | c.1268G>A | 9. exon | 67 190 526 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
ClinVar pathogenic variants (57)
The SMAD3 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 15
- Patogén/valószínűleg patogén 3
- Valószínűleg patogén 39
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_005902.4(SMAD3):c.401-6G>A | aneurysm-osteoarthritis syndrome and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_005902.4(SMAD3):c.3G>A (p.Met1Ile) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_005902.4(SMAD3):c.859C>T (p.Arg287Trp) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_005902.4(SMAD3):c.1268G>A (p.Ser423Asn) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_005902.4(SMAD3):c.268C>T (p.Arg90Cys) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_005902.4(SMAD3):c.1A>G (p.Met1Val) (opens in a new tab) | aortic aneurysm | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.75del (p.Gln26fs) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.93C>A (p.Cys31Ter) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.266GCC[3] (p.Arg90dup) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.277C>T (p.Arg93Ter) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.335C>T (p.Ala112Val) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.668del (p.Pro223fs) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.736del (p.Glu246fs) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.803G>A (p.Arg268His) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.860G>A (p.Arg287Gln) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.871+1G>A (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.874del (p.Arg292fs) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.1102C>T (p.Arg368Ter) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.1153A>G (p.Arg385Gly) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.1A>C (p.Met1Leu) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.1A>T (p.Met1Leu) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.2T>C (p.Met1Thr) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.200T>G (p.Ile67Ser) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.206+1G>C (opens in a new tab) | Loeys-Dietz syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_005902.4(SMAD3):c.220C>T (p.Arg74Trp) (opens in a new tab) | aneurysm-osteoarthritis syndrome | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
See all 57 with every other SMAD3 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- SMAD2SMAD family member 21 betegséget oszt meg
- TGFB2transforming growth factor beta 21 betegséget oszt meg
- TGFB3transforming growth factor beta 31 betegséget oszt meg
- TGFBR1transforming growth factor beta receptor 11 betegséget oszt meg
- TGFBR2transforming growth factor beta receptor 21 betegséget oszt meg
A(z) SMAD3 génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) SMAD3 gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Abnormality of the cardiovascular system
- Aneurysm
- Arterial dissection
- Arterial tortuosity
- Bulge in wall of large artery that carries blood away from heart
- Cutis marmorata
- Dilatation of the sinus of Valsalva
- Mucoid extracellular matrix accumulation
- Patent ductus arteriosus
Még 32 tulajdonság megjelenítése
- Tear in inner wall of large artery that carries blood away from heart
- Abnormal left ventricular function
- Aortic regurgitation
- Aortic tortuosity
- Ascending aortic dissection
- Brain aneurysm
- Descending aortic dissection
- Enlarged heart
- High blood pressure
- Mitral regurgitation
- Plaque build-up in arteries supplying blood to heart
- Thoracic aortic aneurysm
- Twisted cerebral arteries
- Varicose veins
- Abdominal aortic aneurysm
- Abnormality of the heart
- Aortic valve has two leaflets rather than three
- Bulge in wall of root of large artery that carries blood away from heart
- Carotid artery dilatation
- Depleted blood volume
- Descending thoracic aorta aneurysm
- Heart stops beating
- Ischemic stroke
- Left ventricular hypertrophy
- Mini stroke
- Mitral valve prolapse
- Narrowing of pulmonic valve
- Peripheral arterial stenosis
- Quivering upper heart chambers resulting in irregular heartbeat
- Stroke
- Ventricular hypertrophy
- An opening in the wall separating the top two chambers of the heart
Abnormality of head or neck
- Bad bite
- Bifid uvula
- Cleft of the mouth
- Cleft palate
- Deformity of the skull
- High forehead
- High palate
- Little lower jaw
Még 5 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-18 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.18-8b139e39.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). SMAD3 gén: SMAD family member 3. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/smad3
Dante Labs. SMAD3 gén: SMAD family member 3 [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/smad3
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt