Gén
PNKP
polynucleotide kinase 3'-phosphatase
- HGNC 9154↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000039650↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 11284↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 19q13.33
- Koordináták
- 19. kromoszóma: 49 861 204–49 867 576 (GRCh38)
- Exonok
- 17 exon, összesen 6,4 kb
- Fehérje
- 521 aminosav
- Más néven ismert
- PNK
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000322344.8NM_007254.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/pnkp.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a PNKP-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Dystonia, Myotonia, Paroxysmal Dyskinesia
- Inherited Dystonia
Umbrella term covering inherited dystonias, including DYT-TOR1A early-onset generalized dystonia, DYT-THAP1, myoclonus-dystonia (SGCE) and KMT2B-related dystonia.
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
Átfogóbb csoportosítások
Autosomal Recessive Cerebellar Ataxias (incl. CANVAS and AVED)
- Autosomal Recessive Cerebellar AtaxiaAutoszomális recesszív
A 57 hozzá kapcsolódó gén egyike
A group of recessively inherited ataxias caused by biallelic variants in genes such as RFC1, FXN, SACS, TTPA, SETX, APTX, PNKP, ANO10 and SYNE1.
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Ataxia with vitamin E deficiency (TTPA) is treatable with vitamin E supplements; other forms are managed with physiotherapy and symptom care, and relatives can be offered carrier testing.
Epilepsy (Full Panel)
- Epilepsy
A 171 hozzá kapcsolódó gén egyike
A brain disorder characterized by episodes of abnormally increased neuronal discharge resulting in transient episodes of sensory or motor neurological dysfunction, or psychic dysfunction. These episodes may or may not be associated with loss of consciousness or convulsions.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 4 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
Inherited Neurodegenerative Disorders
- KIF5A-Related Neurodegenerative DisorderAutoszomális domináns
A 372 hozzá kapcsolódó gén egyike
Caused by changes in one copy of KIF5A, which encodes a motor protein with a cargo-binding tail. Different types of change lead to different conditions: hereditary spastic paraplegia type 10, an axonal form of Charcot-Marie-Tooth disease and amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Care is symptomatic and depends on the presentation, including physiotherapy, antispasticity medicines and multidisciplinary ALS care. Each child of an affected person has a 1 in 2 chance of inheriting the change; genetic counselling helps families understand this.
Rare Hereditary Peripheral Neuropathies
- Hereditary Peripheral Neuropathy
A 233 hozzá kapcsolódó gén egyike
Caused by changes in one of many genes needed to keep long nerve fibres healthy. In this report these include IGHMBP2 and PLEKHG5, which are recessive.
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Physiotherapy, orthoses and occupational therapy help maintain mobility, with surgery for foot deformities when needed. Some forms need breathing monitoring. Genetic counselling guides family testing according to the inheritance pattern of the gene involved.
A PNKP felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 6,4 kb-jából 1,7 kb-ot tesznek ki; ezek közül 1566 bázis kódolja a fehérjét.
PNKP szekvenálása
41
a PNKP génben azok a pozíciók, ahol a ClinVar kórokozónak vagy valószínűleg kórokozónak minősít egy változást
Ezek közül egy sem esik olyan régióba, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genomszekvenálás a PNKP mind a 6,4 kb-os hosszát lefedi, beleértve az intronokat is, nem csak az exonok 1,7 kb-át.
ClinVar pathogenic variants (41)
The PNKP variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 23
- Patogén/valószínűleg patogén 1
- Valószínűleg patogén 17
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_007254.4(PNKP):c.1295_1298+6del (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_007254.4(PNKP):c.1253_1269dup (p.Thr424fs) (opens in a new tab) | Charcot-Marie-Tooth disease type 2B2 and 2 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_007254.4(PNKP):c.1123G>T (p.Gly375Trp) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 and 1 other | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_007254.4(PNKP):c.1029+2T>C (opens in a new tab) | Charcot-Marie-Tooth disease type 2B2 and 2 others | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_007254.4(PNKP):c.1510del (p.Arg504fs) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1448G>A (p.Arg483Lys) (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1386+49_1387-33del (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1299-5_1303del (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1288_1298+3delinsGCTCGCG (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1288_1294del (p.Ser430fs) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1286_1287insTAAGC (p.Ser430fs) (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1261_1262insGGGTCGCCATCGACAAC (p.Ile421fs) (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1227_1228del (p.Cys409_Glu410delinsTer) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1221_1223del (p.Thr408del) (opens in a new tab) | Charcot-Marie-Tooth disease type 2B2 and 2 others | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1207C>T (p.Gln403Ter) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1126+1G>C (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1116_1123del (p.Phe373fs) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.814C>T (p.Gln272Ter) (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.636+1G>T (opens in a new tab) | Charcot-Marie-Tooth disease type 2B2 and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.394_395del (p.Asp132fs) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.337G>T (p.Glu113Ter) (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.199-10_203delinsTCTGAGGGGT (opens in a new tab) | Charcot-Marie-Tooth disease type 2B2 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.148C>G (p.Gln50Glu) (opens in a new tab) | ataxia - oculomotor apraxia type 4 and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.63dup (p.Ile22fs) (opens in a new tab) | microcephaly, seizures, and developmental delay | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_007254.4(PNKP):c.1485dup (p.Ser496fs) (opens in a new tab) | Charcot-Marie-Tooth disease type 2B2 and 2 others | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
See all 41 with every other PNKP variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 13 betegséget oszt meg
- ATP1A3ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 33 betegséget oszt meg
- COQ8Acoenzyme Q8A3 betegséget oszt meg
- CYP27A1cytochrome P450 family 27 subfamily A member 13 betegséget oszt meg
- MECRmitochondrial trans-2-enoyl-CoA reductase3 betegséget oszt meg
- MTTPmicrosomal triglyceride transfer protein3 betegséget oszt meg
- PEX6peroxisomal biogenesis factor 63 betegséget oszt meg
- RFC1replication factor C subunit 13 betegséget oszt meg
- RUBCNrubicon autophagy regulator3 betegséget oszt meg
- SETXsenataxin3 betegséget oszt meg
- SPTAN1spectrin alpha, non-erythrocytic 13 betegséget oszt meg
- TDP1tyrosyl-DNA phosphodiesterase 13 betegséget oszt meg
A(z) PNKP génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) PNKP gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Abnormality of the nervous system
- Absent reflexes
- Ataxia
- Degeneration of cerebellum
- Epilepsy
- Global developmental delay
- More active than typical
- Peripheral neuropathy
- Ventriculomegaly
Még 53 tulajdonság megjelenítése
- Epileptic encephalopathy
- Focal motor seizure
- Generalized myoclonic seizure
- Intellectual disability
- Cognitive impairment
- Difficulty sleeping
- Dystonia
- EEG abnormality
- EEG with burst suppression
- Focal tonic seizure
- Hypsarrhythmia
- Impaired vibratory sensation
- Increased reflexes
- Lethargy
- Abnormal pyramidal sign
- Atrophy/Degeneration affecting the brainstem
- Autism spectrum disorder
- Balance impairment
- Brief seizures with staring spells
- Choreoathetosis
- Decreased reflex response
- Delayed myelination
- Difficulty articulating speech
- Difficulty making arithmetical calculations
- Diffuse cerebral atrophy
- Diffuse white matter abnormalities
- Disorder of involuntary muscle movements
- EEG with spike-wave complexes
- Episodic ataxia
- Febrile seizure (within the age range of 3 months to 6 years)
- Fewer and broader ridges in brain
- Generalized clonic seizure
- Generalized tonic seizure
- Grand mal seizures
- Infantile spasms
- Jerking
- Loss of developmental milestones
- Nerve damage causing decreased feeling and movement
- Reading disability
- Seizure affecting one half of brain
- Self-injurious behavior
- Short attention span
- Somatic sensory dysfunction
- Sudden loss of muscle tone
- Tremor
- Underdevelopment of part of brain called corpus callosum
- Uni- and bilateral multifocal epileptiform discharges
- Decreased motor nerve conduction velocity
- Decreased sensation in extremities
- Intellectual disability, severe
- Motor delay
- Paralysis of all four limbs
- Simplified gyral pattern
Abnormality of the musculoskeletal system
- Decreased muscle tone in infant
- Poor head control
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Kyphoscoliosis
- Muscular dystrophy
- Progressive distal muscular atrophy
- Distal muscle wasting
- Low muscle tone
Még 2 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-18 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.18-8b139e39.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). PNKP gén: polynucleotide kinase 3'-phosphatase. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/pnkp
Dante Labs. PNKP gén: polynucleotide kinase 3'-phosphatase [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/pnkp
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt