Gene
PNKP
polynucleotide kinase 3'-phosphatase
- HGNC 9154↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000039650↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 11284↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 19q13.33
- Coordinate
- Cromosoma 19: 49.861.204–49.867.576 (GRCh38)
- Esoni
- 17 esoni su 6,4 kb
- Proteina
- 521 amminoacidi
- Ereditarietà
- Autosomica recessiva
- Noto anche come
- PNK
- Trascritto MANE Select
- ENST00000322344.8NM_007254.4
- Tipo di locus
- gene with protein product
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
Genoma di riferimentoGRCh38hg38
Le posizioni nelle pagine di geni e varianti seguono questa scelta, in questo browser.
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Distonia, miotonia, discinesia parossistica
- Distonia ereditaria
Termine generico che comprende le distonie ereditarie, tra cui la distonia generalizzata a esordio precoce DYT-TOR1A, DYT-THAP1, la mioclono-distonia (SGCE) e la distonia correlata a KMT2B.
- 3 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
Raggruppamenti più ampi
Atassie cerebellari autosomiche recessive (incluse CANVAS e AVED)
- Atassia cerebellare autosomica recessivaAutosomica recessiva
Uno di 57 geni collegati ad esso
Un gruppo di atassie a trasmissione recessiva causate da varianti bialleliche in geni come RFC1, FXN, SACS, TTPA, SETX, APTX, PNKP, ANO10 e SYNE1.
- 3 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
Cosa cambia sapendolo
L'atassia con deficit di vitamina E (TTPA) è trattabile con integratori di vitamina E; le altre forme sono gestite con fisioterapia e cure sintomatiche, e ai familiari può essere proposto il test di portatore.
Epilessia (Pannello completo)
- Epilessia
Uno di 171 geni collegati ad esso
Un disturbo cerebrale caratterizzato da episodi di scarica neuronale eccessiva e anomala, che causano manifestazioni transitorie di disfunzione neurologica sensoriale, motoria o psichica. Questi episodi possono o meno essere accompagnati da perdita di coscienza o convulsioni.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 4 segnalatori GenCC lo valutano come definitivo o forte
Ereditarietà
- Autosomica recessiva
- Occorre una copia modificata da ciascun genitore. Con una sola si è portatori e di solito non si manifesta la condizione; quando entrambi i genitori sono portatori, ogni figlio ha una probabilità su quattro di ereditarne due.
Struttura di PNKP
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 1,7 kb dei 6,4 kb del gene; 1566 di queste basi codificano la proteina.
Come un test genomico legge PNKP
41
posizioni in PNKP in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse si trova in una regione che le letture brevi faticano a leggere.
Un genoma intero copre tutti i 6,4 kb di PNKP, introni inclusi, non solo i 1,7 kb di esoni.
Geni associati alle stesse condizioni
- ATP1A3ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 3Condivide 2 condizioni
- PRRT2proline rich transmembrane protein 2Condivide 2 condizioni
- RUBCNrubicon autophagy regulatorCondivide 2 condizioni
- SLC2A1solute carrier family 2 member 1Condivide 2 condizioni
- TDP2tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2Condivide 2 condizioni
- WWOXWW domain containing oxidoreductaseCondivide 2 condizioni
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Condivide 1 condizione
- ABAT4-aminobutyrate aminotransferaseCondivide 1 condizione
- ACTBactin betaCondivide 1 condizione
- ACTL6Bactin like 6BCondivide 1 condizione
- ADAM22ADAM metallopeptidase domain 22Condivide 1 condizione
- AHI1Abelson helper integration site 1Condivide 1 condizione
Tratti collegati a PNKP
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che PNKP può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Absent reflexes
- Ataxia
- Degeneration of cerebellum
- Epilepsy
- Global developmental delay
- More active than typical
- Peripheral neuropathy
- Ventriculomegaly
Mostra altri 53 tratti
- Epileptic encephalopathy
- Focal motor seizure
- Generalized myoclonic seizure
- Intellectual disability
- Cognitive impairment
- Difficulty sleeping
- Dystonia
- EEG abnormality
- EEG with burst suppression
- Focal tonic seizure
- Hypsarrhythmia
- Impaired vibratory sensation
- Increased reflexes
- Lethargy
- Abnormal pyramidal sign
- Atrophy/Degeneration affecting the brainstem
- Autism spectrum disorder
- Balance impairment
- Brief seizures with staring spells
- Choreoathetosis
- Decreased reflex response
- Delayed myelination
- Difficulty articulating speech
- Difficulty making arithmetical calculations
- Diffuse cerebral atrophy
- Diffuse white matter abnormalities
- Disorder of involuntary muscle movements
- EEG with spike-wave complexes
- Episodic ataxia
- Febrile seizure (within the age range of 3 months to 6 years)
- Fewer and broader ridges in brain
- Generalized clonic seizure
- Generalized tonic seizure
- Grand mal seizures
- Infantile spasms
- Jerking
- Loss of developmental milestones
- Nerve damage causing decreased feeling and movement
- Reading disability
- Seizure affecting one half of brain
- Self-injurious behavior
- Short attention span
- Somatic sensory dysfunction
- Sudden loss of muscle tone
- Tremor
- Underdevelopment of part of brain called corpus callosum
- Uni- and bilateral multifocal epileptiform discharges
- Decreased motor nerve conduction velocity
- Decreased sensation in extremities
- Intellectual disability, severe
- Motor delay
- Paralysis of all four limbs
- Simplified gyral pattern
Abnormality of the musculoskeletal system
- Decreased muscle tone in infant
- Poor head control
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Kyphoscoliosis
- Muscular dystrophy
- Progressive distal muscular atrophy
- Distal muscle wasting
- Low muscle tone
Mostra altri 2 tratti
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati 2026-10-16: a quali condizioni è associato il gene e con quale forza.
- La lista ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: siti noti associati a malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili da analizzare.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.16-c6eea6bf.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene PNKP: polynucleotide kinase 3'-phosphatase. Consultato il 17 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/pnkp
Dante Labs. Gene PNKP: polynucleotide kinase 3'-phosphatase [Internet]. [citato il 17 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/pnkp
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