Gene
RNASEH2A
ribonuclease H2 subunit A
- HGNC 18518↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000104889↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 10535↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 19p13.13
- Coordinate
- Cromosoma 19: 12.806.584–12.813.640 (GRCh38)
- Esoni
- 8 esoni su 7,1 kb
- Proteina
- 299 amminoacidi
- Noto anche come
- RNASEHI, RNHIA, RNHL, AGS4
- Trascritto MANE Select
- ENST00000221486.6NM_006397.3
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Sindrome di Aicardi-Goutières
- Interferonopatia di tipo 1 correlata a RNASEH2AAutosomica recessiva
Varianti di RNASEH2A che causano la sindrome di Aicardi-Goutières.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 4 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
- Autosomica recessiva
La sindrome di Aicardi-Goutières (AGS) è un'encefalopatia subacuta ereditaria caratterizzata dalla presenza congiunta di calcificazioni dei gangli della base, leucodistrofia e linfocitosi nel liquido cerebrospinale (CSF).
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Malattie autoinfiammatorie monogeniche rare
- Autoinfiammazione e autoimmunità correlate a PTPN2Autosomica dominante
Malattia infiammatoria e autoimmune a esordio precoce, inclusi colite e artrite, causata da varianti in PTPN2.
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Raggruppamenti più ampi
Altri errori innati dell'immunità
- Immunodeficienza primaria
Uno di 114 geni collegati ad esso
Malattie ereditarie del sistema immunitario causate da alterazioni di singoli geni, che influiscono sul modo in cui l'organismo combatte le infezioni o regola l'infiammazione.
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Malattie neurodegenerative ereditarie
- Malattia neurodegenerativa correlata a KIF5AAutosomica dominante
Uno di 372 geni collegati ad esso
Causata da alterazioni in una copia di KIF5A, che codifica una proteina motrice con una coda di legame per il carico. Tipi diversi di alterazione danno origine a condizioni diverse: paraplegia spastica ereditaria di tipo 10, una forma assonale della malattia di Charcot-Marie-Tooth e la sclerosi laterale amiotrofica (SLA).
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
La cura è sintomatica e dipende dal quadro clinico, e include fisioterapia, farmaci antispastici e un'assistenza multidisciplinare per la SLA. Ogni figlio di una persona affetta ha una probabilità su 2 di ereditare l'alterazione; la consulenza genetica aiuta le famiglie a comprendere questo rischio.
Altre leucodistrofie ereditarie
- Leucodistrofia (altri tipi e tipo non specificato)
Uno di 80 geni collegati ad esso
Patologie ereditarie che danneggiano o impediscono la normale formazione della mielina, la sostanza bianca del cervello e del midollo spinale. A seconda del gene coinvolto, i diversi tipi seguono un'ereditarietà autosomica recessiva, autosomica dominante o legata al cromosoma X.
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
Conoscere la specifica causa genetica può porre fine a una ricerca diagnostica, guidare le cure di supporto e il monitoraggio, indicare se esiste un trattamento specifico e consentire il test dei familiari.
Struttura di RNASEH2A
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 1,2 kb dei 7,1 kb del gene; 900 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di RNASEH2A
4Facile
Quanto è difficile sequenziare RNASEH2A con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Quasi tutti gli esoni di RNASEH2A si trovano in regioni in cui le letture corte si allineano in modo chiaro.
A ciò si aggiunge: la quota di esoni di RNASEH2A in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata lì può essere mancante o errata. Peso 100%.0%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Peso 60%.0%
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Peso 60%.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Peso 50%.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e sequenze di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Peso 30%.0,6%
- Contenuto GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Peso 20%.19%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe delle regioni difficili da sequenziare di NIST Genome in a Bottle.Come viene calcolatoOgni barra indica la quota di basi degli esoni di RNASEH2A in quel tipo di regione difficile. Ogni tipo, da solo, può rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo aggiunge sempre meno: 0 quando nessuna base è in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova dove le letture non possono essere collocate in modo univoco.
36
posizioni in RNASEH2A in cui ClinVar classifica una variazione come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse ricade in una regione che le letture corte faticano a leggere.
Un genoma intero copre tutti i 7,1 kb di RNASEH2A, introni inclusi, non solo i 1,2 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (41)
The RNASEH2A variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 17
- Patogena/probabilmente patogena 5
- Probabilmente patogena 19
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.69G>A (p.Val23=) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.206dup (p.Thr70fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome and 2 others | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.229del (p.Glu77fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.556C>T (p.Arg186Trp) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.557G>A (p.Arg186Gln) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.199+1G>C (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.704G>A (p.Arg235Gln) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome and 1 other | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.13G>T (p.Glu5Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.87C>A (p.Cys29Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.160del (p.Leu54fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.205_208del (p.Lys69fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.223G>T (p.Glu75Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.238_241del (p.Phe80fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.263_267dup (p.Gly90fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.339_343dup (p.Ser115Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.346del (p.Leu116fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.403_406dup (p.Thr136fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.447C>A (p.Tyr149Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.447C>G (p.Tyr149Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.471dup (p.Pro158fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.543_544del (p.Ala182fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.589del (p.Glu197fs) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.657G>A (p.Trp219Ter) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.859T>C (p.Tyr287His) (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_006397.3(RNASEH2A):c.127+1G>C (opens in a new tab) | Aicardi-Goutieres syndrome 4 | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
See all 41 with every other RNASEH2A variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Geni associati alle stesse condizioni
- ADARadenosine deaminase RNA specificCondivide 5 condizioni
- IFIH1interferon induced with helicase C domain 1Condivide 5 condizioni
- RNASEH2Bribonuclease H2 subunit BCondivide 5 condizioni
- RNASEH2Cribonuclease H2 subunit CCondivide 5 condizioni
- RNU7-1RNA, U7 small nuclear 1Condivide 5 condizioni
- SAMHD1SAM and HD domain containing deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase 1Condivide 5 condizioni
- TREX1three prime repair exonuclease 1Condivide 5 condizioni
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Condivide 2 condizioni
- AARS2alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrialCondivide 2 condizioni
- ABCD1ATP binding cassette subfamily D member 1Condivide 2 condizioni
- ACER3alkaline ceramidase 3Condivide 2 condizioni
- AIMP1aminoacyl tRNA synthetase complex interacting multifunctional protein 1Condivide 2 condizioni
Tratti collegati a RNASEH2A
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che RNASEH2A può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Arrhinencephaly
- Cavity within brain
- Global developmental delay
- IQ less than 20
- Multifocal cerebral white matter abnormalities
- Abnormal gait
- Abnormality of extrapyramidal motor function
- Brain degeneration
Mostra altri 20 tratti
- Chronic CSF lymphocytosis
- Dystonia
- Epilepsy
- Irritability
- Leukodystrophy
- Loss of developmental milestones
- Loss of speech
- Paralysis or weakness of one side of body
- Underdevelopment of part of brain called corpus callosum
- Ventriculomegaly
- Abnormal pyramidal sign
- Demyelinating peripheral neuropathy
- Headache
- Tremor
- Degeneration of the striatum
- CSF lymphocytic pleiocytosis
- Degeneration of cerebellum
- Degeneration of cerebrum
- Severe global developmental delay
- Too much cerebrospinal fluid in the brain
Abnormality of the cardiovascular system
- Enlarged liver and spleen
- Cutis marmorata
- Enlarged heart
- Raynaud phenomenon
- Bulge in wall of large artery that carries blood away from heart
- Calcification of the aorta
- Enlarged and thickened heart muscle
- Moyamoya phenomenon
Mostra altri 1 tratto
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-19: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.19-9814e911.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene RNASEH2A: ribonuclease H2 subunit A. Consultato il 19 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/rnaseh2a
Dante Labs. Gene RNASEH2A: ribonuclease H2 subunit A [Internet]. [citato il 19 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/rnaseh2a
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