Gén
ATP7B
ATPase copper transporting beta
- HGNC 870↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000123191↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 540↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 13q14.3
- Koordináták
- 13. kromoszóma: 51 932 669–52 011 450 (GRCh38)
- Exonok
- 21 exon, összesen 78,8 kb
- Fehérje
- 1465 aminosav
- Korábbi jelölések
- WND
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000242839.10NM_000053.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/atp7b.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a ATP7B-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Disorder of Copper Metabolism
An inherited metabolic disease that is has its basis in the disruption of cellular copper ion homeostasis.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 4 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
- Szerepel az ACMG másodlagos leletek listáján
Wilson Disease
- Autoszomális recesszív
A very rare inherited multisystemic disease presenting non-specific neurological, hepatic, psychiatric or osseo-muscular manifestations due to excessive copper deposition in the body.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 4 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
- Szerepel az ACMG másodlagos leletek listáján
▶Beavatkozhatóság
Copper chelation therapy, zinc acetate, dietary copper restriction, liver transplantation for fulminant hepatic failure
A ATP7B felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
- Oldallal rendelkező variánsok
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 78,8 kb-jából 6,6 kb-ot tesznek ki; ezek közül 4398 bázis kódolja a fehérjét.
ATP7B szekvenálása
2Könnyű
Mennyire nehéz a ATP7B rövid olvasatokkal történő szekvenálása, 100-ból
0 · Könnyű100 · Nehéz
A ATP7B exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.
Ehhez hozzájárul: a ATP7B exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így a hívás ott hiányozhat vagy hibás lehet. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 100 pontot kapna.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genomban máshol található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 60 pontot kapna.0%
- Közös a chrY-nalA pszeudoautoszomális régiók és az X-transzponált régió, ahol a chrX és a chrY azonos vagy szinte azonos szekvenciát hordoz, így az egyikről származó olvasat a másikra kerülhet. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 60 pontot kapna.0%
- Referencia-lefedettségA referencia-összeszerelésben a közelben lévő hiányok, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok igazodhatnának. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 50 pontot kapna.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló szakaszok, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket nem biztos, hogy teljes egészükben át tudnak fogni. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 30 pontot kapna.2,5%
- GC-tartalom25% alatti vagy 65% feletti G- és C-tartalmú ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 20 pontot kapna.4,6%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein alapul, a nehezen szekvenálható régiókról.Így számítjuk kiMinden oszlop a ATP7B exonbázisainak azon részét mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban van. Bármelyik típus önmagában nehezíthet egy gént, és minden további típus egyre kevesebbet ad hozzá: 0, ha egyetlen bázis sincs ilyen régióban, 100, ha minden bázis olyan helyen van, ahol az olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen.
730
a ATP7B azon pozíciói, ahol a ClinVar kórokozónak vagy valószínűleg kórokozónak minősíti a változást
Ezek közül egy sem olyan régióban van, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genom a ATP7B mind a 78,8 kb-ját lefedi, az intronokat is beleértve, nem csak az 6,6 kb exont.
Oldallal rendelkező variánsok (396)
Az itt található, oldallal rendelkező ATP7B variánsok, a legtöbb csillaggal rendelkezők először. Minden oldal a variáns ClinVar nyilvános adatbázisbeli bejegyzését írja le, sosem egy eredményt.
| Variáns | HGVS c. | Exon vagy intron | Pozíció (GRCh38) | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|---|---|
| A32Sfs*9 | c.92dup | 2. exon | 51 975 127 | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A38Cfs*3 | c.111dup | 2. exon | 51 975 108 | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A98Cfs*65 | c.291dup | 2. exon | 51 974 928 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A399Lfs*2 | c.1195_1205del | 2. exon | 51 974 014 | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A629Vfs*19 | c.1886del | 6. exon | 51 961 896 | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A803T | c.2407G>A | 9. exon | 51 957 556 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A1003V | c.3008C>T | 13. exon | 51 946 336 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A1063G | c.3188C>G | 14. exon | 51 944 164 | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A1074T | c.3220G>A | 14. exon | 51 944 132 | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| A1135Qfs*13 | c.3402del | 15. exon | 51 942 395 | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
ClinVar pathogenic variants (849)
The ATP7B variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 336
- Patogén/valószínűleg patogén 224
- Valószínűleg patogén 289
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_000053.4(ATP7B):c.4374_4375del (p.Arg1459fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.4114C>T (p.Gln1372Ter) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.4088C>T (p.Ser1363Phe) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.4051C>T (p.Gln1351Ter) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.4022G>T (p.Gly1341Val) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.4006del (p.Ile1336fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3974del (p.Leu1325fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3955C>T (p.Arg1319Ter) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3904-2A>G | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3845dup (p.Ala1283fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3843dup (p.Val1282fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3772A>T (p.Lys1258Ter) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3766_3767dup (p.Gln1256fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3766C>T (p.Gln1256Ter) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3741_3742dup (p.Lys1248fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3700del | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3588dup (p.Ala1197fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3472_3482del (p.Gly1158fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3449del (p.Asn1150fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3402del (p.Ala1135fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3361_3364del (p.Ser1121fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3350_3353del (p.Glu1117fs) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3263T>A (p.Leu1088Ter) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3207C>A (p.His1069Gln) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000053.4(ATP7B):c.3206A>G (p.His1069Arg) | Wilson disease | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
See all 849 with every other ATP7B variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
A(z) ATP7B génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) ATP7B gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Abnormality of the nervous system
- Abnormality of extrapyramidal motor function
- Decreased muscle movement
- Decreased nerve conduction velocity
- Face of the giant panda sign
- Hand tremor
- Limb dystonia
- Parkinsonism with favorable response to dopaminergic medication
- Tremor
Még 22 tulajdonság megjelenítése
- Aggressive behavior
- Amplification of sexual behavior
- Clumsiness
- Depression
- Difficulty articulating speech
- Intellectual disability
- Abnormal gait
- Chorea
- Difficulty staying or falling asleep
- Dystonia
- Numbness
- Personality changes
- Anxiety
- Epilepsy
- Focal T2 hyperintense brainstem lesion
- Hallucinations
- Peripheral nerve disease
- Psychosis
- Coma
- Dementia
- Incoordination
- Mixed demyelinating and axonal polyneuropathy
Laboratory abnormality
- Decreased serum ceruloplasmin
- Elevated circulating copper concentration
- Fatty infiltration of liver
- Fluid retention
- High blood bilirubin levels
- High nonceruloplasmin-bound serum copper
- Increased urinary copper concentration
- Low albumin
Még 10 tulajdonság megjelenítése
- Low blood uric acid levels
- Elevated circulating alanine aminotransferase concentration
- Elevated circulating aspartate aminotransferase concentration
- High liver enzymes
- Joint swelling
- Abnormal urinary amino-acid findings
- Elevated urine calcium levels
- Glucose in urine
- High urine phosphate levels
- High urine protein levels
Abnormality of the musculoskeletal system
- Rigidity
- Arthritis
- Back pain
- Bone pain
- Spontaneous fracture
- Osteoporosis
- Calcium deposits in joints
- Degenerative joint disease
Még 2 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-19 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.19-9814e911.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). ATP7B gén: ATPase copper transporting beta. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/atp7b
Dante Labs. ATP7B gén: ATPase copper transporting beta [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/atp7b
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt