Genă
CHEK2
checkpoint kinase 2
- HGNC 16627↗(se deschide într-un tab nou)
- Genă Ensembl ENSG00000183765↗(se deschide într-un tab nou)
- NCBI Gene 11200↗(se deschide într-un tab nou)
Rezumat
- Localizare citogenetică
- 22q12.1
- Coordonate
- Cromozomul 22: 28.687.743–28.741.820 (GRCh38)
- Exoni
- 15 de exoni pe 54,1 kb
- Proteină
- 543 de aminoacizi, 60,9 kDa
- Denumiri alternative
- CDS1, CHK2, HuCds1, PP1425, bA444G7
- Simboluri anterioare
- RAD53
- Transcriptul MANE Select
- ENST00000404276.6NM_007194.4
- Tip de locus
- Care codifică proteine
- Foarte ridicată
- Ridicată
- Scăzută
- Foarte scăzută
Distribuie această pagină
Această pagină ca date
Adăugați .json la adresa paginii sau solicitați application/json, pentru a o citi ca JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/chek2.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameCitiți CHEK2 și restul genomului dumneavoastră cu un singur test.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni
Comandați Genome Test-ul meuRaport curatoriat relevant pentru această genă
Gene pentru cancer mamar și ovarian, altele decât BRCA1/2
- Predispoziție la cancer asociată cu CHEK2Autozomal dominantă
Variante ale genei CHEK2 care cresc moderat riscul de cancer mamar și, posibil, al unor alte tipuri de cancer.
- ClinGen definitivăClinGen evaluează legătura ca fiind definitivă
- GenCC 22 de eksperți GenCC îl evaluează drept definitiv sau puternic
▶Acționabilitate
În general, se recomandă un screening mamar intensificat, adesea incluzând RMN anual.
- Cancer mamar ereditarAutozomal dominantă
Predispoziție ereditară la cancer mamar, cauzată de variante ale uneia dintre mai multe gene.
- GenCC 11 eksperți GenCC îl evaluează drept definitiv sau puternic
▶Acționabilitate
În funcție de genă, poate fi recomandată o screening mamar mai precoce și mai intensiv, inclusiv RMN.
Citiți CHEK2 și restul genomului dumneavoastră cu un singur test.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni
Comandați Genome Test-ul meuStructura genei CHEK2
- Secvență codificatoare
- Regiune netranslată
- Intron
- Sensul transcripției
- Situri cunoscute asociate bolilor
- Regiuni pe care citirile scurte le găsesc dificile
- Variante cu pagină
Exonii transcriptului MANE Select al genei (versiunea v1.5), din NCBI și EMBL-EBI, pe genomul de referință GRCh38.
Benzile cromozomale din ideograma GRCh38 a UCSC (2022-10-29).
Genele din apropiere, din Ensembl, versiunea 116, pe GRCh38.
Exonii reprezintă 1,8 kb din cei 54,1 kb ai genei; 1.632 dintre aceste baze codifică proteina.
Secvențiere CHEK2
51Greu
Cât de greu este de secvențiat CHEK2 cu citiri scurte, din 100
0 · Ușor100 · Greu
O mare parte din CHEK2 se află în zone în care citirile scurte pot rata sau plasa greșit o modificare.
Ce adaugă: ponderea exonilor lui CHEK2 din fiecare tip de regiune dificilă
- MapabilitatePorțiuni în care citirile de 100 sau 250 pb nu pot fi plasate unic, astfel încât un apel de acolo poate lipsi sau fi greșit. Luată singură, o genă situată în întregime în acest tip de regiune ar primi scorul 100.35 %
- OmologieDuplicări segmentare: copii în alte părți ale genomului, precum paralogi și pseudogene, cu identitate de 90% sau mai mare. Luată singură, o genă situată în întregime în acest tip de regiune ar primi scorul 60.37 %
- Comună cu chrYRegiunile pseudoautozomale și regiunea transpusă X, unde chrX și chrY conțin aceeași secvență sau una aproape identică, astfel încât o citire de pe unul poate fi plasată pe celălalt. Luată singură, o genă situată în întregime în acest tip de regiune ar primi scorul 60.0 %
- Acoperire de referințăGoluri din apropiere în asamblarea de referință, unde nu există secvență cu care citirile să se alinieze. Luată singură, o genă situată în întregime în acest tip de regiune ar primi scorul 50.0 %
- RepetițiiRepetiții în tandem și secvențe de o singură bază, pe care citirile alunecă și pe care s-ar putea să nu le acopere integral. Luată singură, o genă situată în întregime în acest tip de regiune ar primi scorul 30.3,5 %
- Conținut GCFerestre cu sub 25% sau peste 65% G și C, pe care pregătirea bibliotecii le acoperă slab. Luată singură, o genă situată în întregime în acest tip de regiune ar primi scorul 20.5,6 %
Un scor Dante Labs din propriile noastre cercetări, construit pe hărțile regiunilor greu de secvențiat Genome in a Bottle ale NIST.Cum se calculează scorulFiecare bară reprezintă ponderea bazelor exonice ale lui CHEK2 aflate în acel tip de regiune dificilă. Fiecare tip poate face singur o genă greu de analizat, iar fiecare tip suplimentar adaugă mai puțin: 0 când nicio bază nu se află în niciunul, 100 când fiecare bază se află acolo unde citirile nu pot fi plasate unic.
731
poziții în CHEK2 unde ClinVar clasifică o modificare drept patogenă sau probabil patogenă
212 dintre ele (29 %) se află în regiuni în care citirile scurte întâmpină dificultăți.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (187 de situri)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (212 de situri)
Un genom complet acoperă toți cei 54,1 kb ai CHEK2, inclusiv intronii, nu doar cei 1,8 kb de exoni.
Variante cu pagină (323)
Variantele CHEK2 cu pagină aici, cu cele mai multe stele de revizuire primele. Fiecare pagină descrie înregistrarea publică a ClinVar despre variantă, niciodată un rezultat.
| Variantă | HGVS c. | Exon sau intron | Poziție (GRCh38) | Clasificare ClinVar | Stare de revizuire |
|---|---|---|---|---|---|
| A91Cfs*17 | c.269dup | Exon 2 | 28.734.452 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| A98Pfs*12 | c.292del | Exon 2 | 28.734.429 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| c.98C>G | Exon 2 | 28.734.624 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.276del | Exon 2 | 28.734.445 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.278G>A | Exon 2 | 28.734.444 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.319+1G>A | Intron 2 | 28.734.402 | Patogenă/probabil patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.319+1G>C | Intron 2 | 28.734.402 | Probabil patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.319+1G>T | Intron 2 | 28.734.402 | Probabil patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.319+2T>A | Intron 2 | 28.734.401 | Patogenă/probabil patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte | |
| c.320-1G>T | Intron 2 | 28.725.368 | Patogenă/probabil patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
Variante patogene ClinVar (1.043)
Variantele CHEK2 pe care ClinVar le clasifică drept patogene sau probabil patogene pentru orice afecțiune, evaluate de cel puțin un contribuitor cu criterii, și cele mai bine evaluate dintre acestea. Este înregistrarea publică a genei din ClinVar, niciodată un rezultat.
- Patogenă 741
- Patogenă/probabil patogenă 63
- Probabil patogenă 239
| Variantă | Afecțiuni | Clasificare ClinVar | Stare de revizuire |
|---|---|---|---|
| NM_007194.4(CHEK2):c.1502_1503dup (p.Glu502fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1486C>T (p.Gln496Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 2 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1465G>T (p.Glu489Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1459C>T (p.Gln487Ter) | CHEK2-related cancer predisposition și încă 2 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1455dup (p.Leu486fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1454G>A (p.Trp485Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1451del (p.Pro484fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1434del (p.Glu479fs) | breast cancer și încă 2 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1435G>T (p.Glu479Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1432G>T (p.Glu478Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1415del (p.Lys472fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400del (p.Leu467fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400T>A (p.Leu467Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1393A>T (p.Lys465Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1371_1372del (p.Lys458fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1368dup (p.Glu457fs) | CHEK2-related cancer predisposition și încă 4 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1369G>T (p.Glu457Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1367C>G (p.Ser456Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1356G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1355G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1348G>T (p.Glu450Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1344del (p.Pro449fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1341del (p.Phe447fs) | hereditary breast carcinoma | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1337del (p.Asn446fs) | hereditary breast carcinoma și încă 1 | Patogenă | ★★★★2 stele din 4 criterii furnizate, mai mulți depunători, fără conflicte |
Gene asociate acelorași afecțiuni
- ATMATM serine/threonine kinaseAre 1 afecțiune în comun
- BARD1BRCA1 associated RING domain 1Are 1 afecțiune în comun
- BRIP1BRCA1 interacting DNA helicase 1Are 1 afecțiune în comun
- CDH1cadherin 1Are 1 afecțiune în comun
- CTNNA1catenin alpha 1Are 1 afecțiune în comun
- PALB2partner and localizer of BRCA2Are 1 afecțiune în comun
Trăsături asociate cu CHEK2
Human Phenotype Ontology le enumeră drept caracteristici ale afecțiunilor rare pe care le poate provoca CHEK2. Pagina fiecărei trăsături enumeră celelalte gene asociate cu aceasta.
Abnormality of the nervous system
- Glioblastoma multiforme
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Depression
- Epilepsy
- Irritability
- Migraine
Afișați încă 22 de trăsături
- Rise in pressure inside skull
- Abnormal gait
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal speech pattern
- Astrocytoma
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Choroid plexus carcinoma
- Difficulty articulating speech
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Ependymoma
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Tumors of the central nervous system
- Medulloblastoma
- Glioma
- Noncancerous growth of membranes covering brain
Legături externe
Înregistrări ale genei
Transcript
Proteină
De unde provin aceste informații
- HGNC: simbolul genei, denumirea, alte simboluri și localizarea.
- MANE Select v1.5, de la NCBI și EMBL-EBI: transcriptul, exonii și secvența codificatoare.
- GenCC și ClinGen, publicate în 2026-10-23: ce afecțiuni sunt asociate genei și cât de puternică este această asociere.
- Lista ACMG de descoperiri secundare, SF v3.2.
- ClinVar și stratificările GIAB: locurile cunoscute asociate bolilor și regiunile pe care secvențierea cu citiri scurte le întâmpină greu.
- Stratificările genomului din Genome in a Bottle, de la NIST: scorul dificultății de secvențiere.
- Human Phenotype Ontology, versiunea 2026-09-01: trăsăturile asociate genei. Aflați mai multe la hpo.jax.org.
- Modelul AlphaFold DB AF-O96017-F1, versiunea 6, de la Google DeepMind și EMBL-EBI (CC BY 4.0): structura proteinei așa cum o prezice AlphaFold, nu așa cum a fost măsurată, și nivelul de încredere pentru fiecare parte.
- Versiunea de date 2026.10.23-dc0c0517.
Citează această pagină
Dante Labs. (s.a.). Gena CHEK2: checkpoint kinase 2. Accesat 23 octombrie 2026, de la https://dantelabs.com/ro/genes/chek2
Dante Labs. Gena CHEK2: checkpoint kinase 2 [Internet]. [citat 23 octombrie 2026]. Disponibil la: https://dantelabs.com/ro/genes/chek2
Un test. Răspunsuri pentru o viață.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni