Gene
SETX
senataxin
- HGNC 445↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000107290↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 23064↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 9q34.13
- Coordinate
- Cromosoma 9: 132.261.356–132.354.986 (GRCh38)
- Esoni
- 26 esoni su 93,6 kb
- Proteina
- 2677 amminoacidi
- Noto anche come
- KIAA0625, AOA2, Sen1, STEX
- Simboli precedenti
- ALS4, SCAR1
- Trascritto MANE Select
- ENST00000224140.6NM_015046.7
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Sclerosi Laterale Amiotrofica (SLA)
- Sclerosi laterale amiotrofica
Una malattia neurodegenerativa dei motoneuroni superiori e inferiori, che si manifesta in forma sporadica e familiare.
- 2 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
Tofersen (Qalsody, FDA 2023) per la SLA correlata a SOD1; sperimentazioni cliniche con ASO per C9orf72 e FUS; riluzolo; edaravone; AMX0035 (fenilbutirrato di sodio-taurursodiolo); presa in carico multidisciplinare presso centri SLA specializzati; supporto respiratorio; consulenza genetica per i familiari
Malattia di Charcot-Marie-Tooth
- Neuropatia motoria ereditaria distale
Neuropatie ereditarie che interessano principalmente i nervi motori, provocando debolezza e atrofia delle mani e dei piedi, inclusa la neuropatia correlata a SORD.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 1 submitter GenCC lo valuta come definitivo o forte
Malattia della riparazione del DNA
- Autosomica recessiva
Una patologia che ha origine dall'alterazione dei meccanismi di riparazione del DNA.
- 2 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Raggruppamenti più ampi
Atassie cerebellari autosomiche recessive (incluse CANVAS e AVED)
- Atassia cerebellare autosomica recessivaAutosomica recessiva
Uno di 57 geni collegati ad esso
Un gruppo di atassie a trasmissione recessiva causate da varianti bialleliche in geni come RFC1, FXN, SACS, TTPA, SETX, APTX, PNKP, ANO10 e SYNE1.
- 2 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
L'atassia con deficit di vitamina E (TTPA) è trattabile con integratori di vitamina E; le altre forme sono gestite con fisioterapia e cure sintomatiche, e ai familiari può essere proposto il test di portatore.
Malattie neurodegenerative ereditarie
- Malattia neurodegenerativa correlata a KIF5AAutosomica dominante
Uno di 372 geni collegati ad esso
Causata da alterazioni in una copia di KIF5A, che codifica una proteina motrice con una coda di legame per il carico. Tipi diversi di alterazione danno origine a condizioni diverse: paraplegia spastica ereditaria di tipo 10, una forma assonale della malattia di Charcot-Marie-Tooth e la sclerosi laterale amiotrofica (SLA).
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
La cura è sintomatica e dipende dal quadro clinico, e include fisioterapia, farmaci antispastici e un'assistenza multidisciplinare per la SLA. Ogni figlio di una persona affetta ha una probabilità su 2 di ereditare l'alterazione; la consulenza genetica aiuta le famiglie a comprendere questo rischio.
Neuropatie periferiche ereditarie rare
- Neuropatia periferica ereditaria
Uno di 233 geni collegati ad esso
Causata da alterazioni di uno dei numerosi geni necessari a mantenere sane le lunghe fibre nervose. In questo referto vi rientrano IGHMBP2 e PLEKHG5, che sono recessivi.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
Fisioterapia, ortesi e terapia occupazionale aiutano a mantenere la mobilità, con interventi chirurgici per le deformità del piede quando necessario. Alcune forme richiedono il monitoraggio della respirazione. La consulenza genetica guida i test sui familiari in base al tipo di ereditarietà del gene coinvolto.
Struttura di SETX
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 11,1 kb dei 93,6 kb del gene; 8034 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di SETX
86
posizioni in SETX in cui ClinVar classifica una variazione come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse ricade in una regione che le letture corte faticano a leggere.
Un genoma intero copre tutti i 93,6 kb di SETX, introni inclusi, non solo i 11,1 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (86)
The SETX variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 41
- Patogena/probabilmente patogena 11
- Probabilmente patogena 34
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_015046.7(SETX):c.6996_7002del (p.Asp2332fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5264del (p.Thr1755fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.4853C>G (p.Ser1618Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.4816C>T (p.Arg1606Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.4087C>T (p.Arg1363Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.2387_2390del (p.Lys796fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.1166T>C (p.Leu389Ser) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.331C>T (p.Arg111Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.6897dup (p.Phe2300fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.6848_6851del (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.6422dup (p.Ser2142fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5821_5830del (p.Ala1941fs) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5825T>C (p.Ile1942Thr) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5591_5592del (p.Gln1864fs) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5332C>T (p.Arg1778Ter) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5308_5311del (p.Glu1770fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis and 3 others | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5243dup (p.Leu1750fs) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.5083C>T (p.Gln1695Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.2332C>T (p.Arg778Ter) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.6843-3_6843-1del (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.6038T>G (p.Val2013Gly) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.994C>T (p.Arg332Trp) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_015046.7(SETX):c.7292dup (p.Asn2431fs) (opens in a new tab) | spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_015046.7(SETX):c.7151del (p.Cys2384fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_015046.7(SETX):c.7121_7122del (p.Val2374fs) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis type 4 and 1 other | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
See all 86 with every other SETX variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Geni associati alle stesse condizioni
- DCTN1dynactin subunit 1Condivide 4 condizioni
- SIGMAR1sigma receptor chaperone 1Condivide 4 condizioni
- TDP1tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1Condivide 4 condizioni
- ATP7AATPase copper transporting alphaCondivide 3 condizioni
- BSCL2BSCL2 lipid droplet biogenesis associated, seipinCondivide 3 condizioni
- CHCHD10coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 10Condivide 3 condizioni
- COA7cytochrome c oxidase assembly factor 7Condivide 3 condizioni
- COQ7coenzyme Q7, hydroxylaseCondivide 3 condizioni
- COQ8Acoenzyme Q8ACondivide 3 condizioni
- CYP27A1cytochrome P450 family 27 subfamily A member 1Condivide 3 condizioni
- DNAJB2DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B2Condivide 3 condizioni
- DYNC1H1dynein cytoplasmic 1 heavy chain 1Condivide 3 condizioni
Tratti collegati a SETX
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che SETX può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Degeneration of anterior horn cells
- Degeneration of cerebellum
- Degeneration of the spinal cord
- Difficulty articulating speech
- Diminished deep tendon reflex
- Impaired proprioception
- Peripheral axonal neuropathy
- Absent reflexes
Mostra altri 34 tratti
- Ataxia
- Cerebellar vermis atrophy
- Inability to coordinate movements when walking
- Nerve damage causing decreased feeling and movement
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormality of balance
- Babinski sign
- Decreased touch sensation in extremities
- Somatic sensory dysfunction
- Tremor
- Abnormal gait
- Chorea
- Choreoathetosis
- Clonus
- Decreased reflex response
- Dystonia
- Head tremor
- Postural tremor
- Abnormal lower motor neuron morphology
- Axonal degeneration
- Chronic axonal neuropathy
- Decreased compound muscle action potential amplitude
- Decreased motor nerve conduction velocity
- Diffuse axonal swelling
- Impaired distal vibration sensation
- Increased reflexes
- Limb ataxia
- Lou Gehrig's disease
- Pallor of dorsal columns of the spinal cord
- Peripheral axonal degeneration
- Peripheral nerve disease
- Pontocerebellar atrophy
- Progressive gait ataxia
- Twitching
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-18: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.18-8b139e39.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene SETX: senataxin. Consultato il 18 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/setx
Dante Labs. Gene SETX: senataxin [Internet]. [citato il 18 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/setx
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