Gen
CHEK2
checkpoint kinase 2
- HGNC 16627↗(otwiera się w nowej karcie)
- Gen Ensembl ENSG00000183765↗(otwiera się w nowej karcie)
- NCBI Gene 11200↗(otwiera się w nowej karcie)
Podsumowanie
- Lokalizacja cytogenetyczna
- 22q12.1
- Współrzędne
- Chromosom 22: 28 687 743–28 741 820 (GRCh38)
- Eksony
- 15 eksonów na odcinku 54,1 kb
- Białko
- 543 aminokwasów, 60,9 kDa
- Znany również jako
- CDS1, CHK2, HuCds1, PP1425, bA444G7
- Poprzednie symbole
- RAD53
- Transkrypt MANE Select
- ENST00000404276.6NM_007194.4
- Typ locus
- Kodujące białko
- Bardzo wysoka
- Pewna
- Niska
- Bardzo niska
Udostępnij tę stronę
Ta strona jako dane
Dodaj .json na końcu adresu strony lub zażądaj application/json, aby odczytać ją jako JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/chek2.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOdczytaj CHEK2 oraz resztę swojego genomu dzięki jednemu badaniu.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni
Zamawiam Genome TestWyselekcjonowany raport dotyczący tego genu
Geny raka piersi i jajnika inne niż BRCA1/2
- Predyspozycja do nowotworów związana z CHEK2Autosomalne dominujące
Warianty w CHEK2, które umiarkowanie zwiększają ryzyko raka piersi, a być może także niektórych innych nowotworów.
- ClinGen: definitywneClinGen ocenia powiązanie jako definitywne
- GenCC 22 podmiotów zgłaszających w GenCC ocenia go jako pewny lub silny
▶Działalność kliniczna
Zazwyczaj zaleca się rozszerzone badania przesiewowe piersi, często obejmujące coroczne badanie MRI.
- Dziedziczny rak piersiAutosomalne dominujące
Dziedziczna podatność na raka piersi spowodowana wariantami w jednym z kilku genów.
- GenCC 11 podmiot zgłaszający w GenCC ocenia go jako pewny lub silny
▶Działalność kliniczna
W zależności od genu może być zalecane wcześniejsze i bardziej intensywne badanie przesiewowe piersi, w tym badanie MRI.
Odczytaj CHEK2 oraz resztę swojego genomu dzięki jednemu badaniu.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni
Zamawiam Genome TestBudowa genu CHEK2
- Sekwencja kodująca
- Region nieulegający translacji
- Intron
- Kierunek transkrypcji
- Znane miejsca powodujące choroby
- Odcinki, z którymi krótkie odczyty mają trudność
- Warianty z podstroną
Eksony transkryptu MANE Select genu (wydanie v1.5) z NCBI i EMBL-EBI, na referencyjnym genomie GRCh38.
Prążki chromosomowe z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Pobliskie geny z wydania Ensembl 116, na GRCh38.
Eksony stanowią 1,8 kb z 54,1 kb genu; 1632 z tych zasad kodują białko.
Sekwencjonowanie CHEK2
51Trudno
Jak trudno zsekwencjonować CHEK2 krótkimi odczytami, w skali do 100
0 · Łatwo100 · Trudno
Duża część CHEK2 znajduje się w miejscach, gdzie krótkie odczyty mogą przeoczyć zmianę lub błędnie ją umiejscowić.
Co na to wpływa: udział eksonów CHEK2 w każdym rodzaju trudnego regionu
- MapowalnośćOdcinki, w których odczytów 100 lub 250 bp nie da się jednoznacznie umieścić, więc wywołanie wariantu może tam brakować lub być błędne. Gen położony w całości w tego rodzaju regionie sam w sobie otrzymałby wynik 100.35%
- HomologiaDuplikacje segmentalne: kopie w innych miejscach genomu, takie jak paralogi i pseudogeny, o zgodności 90% lub więcej. Gen położony w całości w tego rodzaju regionie sam w sobie otrzymałby wynik 60.37%
- Wspólne z chrYRegiony pseudoautosomalne i region X-transpozycji, w których chrX i chrY mają tę samą lub niemal tę samą sekwencję, dlatego odczyt z jednego może zostać przypisany do drugiego. Gen położony w całości w tego rodzaju regionie sam w sobie otrzymałby wynik 60.0%
- Pokrycie sekwencji referencyjnejLuki w pobliskim składzie sekwencji referencyjnej, w których nie ma sekwencji, do której odczyty mogłyby się dopasować. Gen położony w całości w tego rodzaju regionie sam w sobie otrzymałby wynik 50.0%
- PowtórzeniaPowtórzenia tandemowe i ciągi jednej zasady, na których odczyty się ślizgają i których mogą nie obejmować. Gen położony w całości w tego rodzaju regionie sam w sobie otrzymałby wynik 30.3,5%
- Zawartość GCOkna z poniżej 25% lub powyżej 65% G i C, które przygotowanie biblioteki pokrywa słabo. Gen położony w całości w tego rodzaju regionie sam w sobie otrzymałby wynik 20.5,6%
Wynik Dante Labs z naszych własnych badań, oparty na mapach trudnych do zsekwencjonowania regionów Genome in a Bottle z NIST.Jak obliczany jest wynikKażdy słupek to udział zasad eksonów CHEK2 w danym rodzaju trudnego regionu. Każdy rodzaj może sam w sobie uczynić gen trudnym, a każdy kolejny dodaje coraz mniej: 0, gdy żadna zasada nie znajduje się w żadnym z nich, 100, gdy każda zasada leży tam, gdzie odczytów nie da się jednoznacznie umieścić.
731
pozycje w CHEK2, w których ClinVar klasyfikuje zmianę jako patogenną lub prawdopodobnie patogenną
212 z nich (29%) przypada na regiony, z którymi krótkie odczyty mają trudności.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (187 miejsc)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (212 miejsc)
Genom w całości obejmuje wszystkie 54,1 kb genu CHEK2, łącznie z intronami, a nie tylko 1,8 kb eksonów.
Warianty z podstroną (323)
Warianty CHEK2 z podstronami tutaj, najpierw te z największą liczbą gwiazdek recenzji. Każda podstrona opisuje publiczny zapis ClinVar dotyczący wariantu, a nie wynik.
| Wariant | HGVS c. | Ekson lub intron | Pozycja (GRCh38) | Klasyfikacja ClinVar | Status recenzji |
|---|---|---|---|---|---|
| A91Cfs*17 | c.269dup | Ekson 2 | 28 734 452 | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| A98Pfs*12 | c.292del | Ekson 2 | 28 734 429 | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| c.98C>G | Ekson 2 | 28 734 624 | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.276del | Ekson 2 | 28 734 445 | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.278G>A | Ekson 2 | 28 734 444 | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.319+1G>A | Intron 2 | 28 734 402 | Patogenny/prawdopodobnie patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.319+1G>C | Intron 2 | 28 734 402 | Prawdopodobnie patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.319+1G>T | Intron 2 | 28 734 402 | Prawdopodobnie patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.319+2T>A | Intron 2 | 28 734 401 | Patogenny/prawdopodobnie patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów | |
| c.320-1G>T | Intron 2 | 28 725 368 | Patogenny/prawdopodobnie patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
Patogenne warianty ClinVar (1043)
Warianty CHEK2, które ClinVar klasyfikuje jako patogenne lub prawdopodobnie patogenne w odniesieniu do dowolnej choroby, zweryfikowane przez co najmniej jednego zgłaszającego według kryteriów, oraz te spośród nich, które zostały najczęściej zweryfikowane. Jest to publiczny zapis ClinVar dotyczący genu, a nie wynik badania.
- Patogenny 741
- Patogenny/prawdopodobnie patogenny 63
- Prawdopodobnie patogenny 239
| Wariant | Choroby | Klasyfikacja ClinVar | Status recenzji |
|---|---|---|---|
| NM_007194.4(CHEK2):c.1502_1503dup (p.Glu502fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1486C>T (p.Gln496Ter) | hereditary breast carcinoma i 2 innych | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1465G>T (p.Glu489Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1459C>T (p.Gln487Ter) | CHEK2-related cancer predisposition i 2 innych | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1455dup (p.Leu486fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1454G>A (p.Trp485Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1451del (p.Pro484fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1434del (p.Glu479fs) | breast cancer i 2 innych | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1435G>T (p.Glu479Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1432G>T (p.Glu478Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1415del (p.Lys472fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400del (p.Leu467fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400T>A (p.Leu467Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1393A>T (p.Lys465Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1371_1372del (p.Lys458fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1368dup (p.Glu457fs) | CHEK2-related cancer predisposition i 4 innych | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1369G>T (p.Glu457Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1367C>G (p.Ser456Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1356G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1355G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1348G>T (p.Glu450Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1344del (p.Pro449fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1341del (p.Phe447fs) | hereditary breast carcinoma | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1337del (p.Asn446fs) | hereditary breast carcinoma i 1 inna choroba | Patogenny | ★★★★2 gwiazdek z 4 podano kryteria, wielu zgłaszających, bez konfliktów |
Zobacz wszystkie 1043 razem z każdym innym wariantem CHEK2 w ClinVar → (otwiera się w nowej karcie)
Geny powiązane z tymi samymi schorzeniami
Cechy powiązane z genem CHEK2
Human Phenotype Ontology wymienia te cechy jako objawy rzadkich schorzeń, które może wywoływać CHEK2. Na stronie każdej cechy znajdują się inne geny z nią powiązane.
Abnormality of the nervous system
- Glioblastoma multiforme
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Depression
- Epilepsy
- Irritability
- Migraine
Pokaż jeszcze 22 cech
- Rise in pressure inside skull
- Abnormal gait
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal speech pattern
- Astrocytoma
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Choroid plexus carcinoma
- Difficulty articulating speech
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Ependymoma
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Tumors of the central nervous system
- Medulloblastoma
- Glioma
- Noncancerous growth of membranes covering brain
Linki zewnętrzne
Rekordy genów
Transkrypt
Białko
Skąd pochodzą te dane
- HGNC: symbol genu, nazwa, inne symbole i położenie.
- MANE Select v1.5, z NCBI i EMBL-EBI: transkrypt, jego eksony i sekwencja kodująca.
- GenCC i ClinGen, wydanie 2026-10-23: jakie choroby są powiązane z genem i jak silne jest to powiązanie.
- Lista ACMG dodatkowych wyników, SF v3.2.
- ClinVar i stratyfikacje GIAB: znane miejsca powodujące choroby oraz regiony, które krótkie odczyty trudno pokryć.
- Stratyfikacje genomu Genome in a Bottle z NIST: wskaźnik trudności sekwencjonowania.
- Human Phenotype Ontology, wersja 2026-09-01: cechy powiązane z genem. Więcej informacji znajdą Państwo na hpo.jax.org.
- Model AlphaFold DB AF-O96017-F1, wersja 6, z Google DeepMind i EMBL-EBI (CC BY 4.0): struktura białka przewidziana przez AlphaFold, a nie zmierzona, oraz jej wiarygodność dla poszczególnych fragmentów.
- Wydanie danych 2026.10.23-dc0c0517.
Cytuj tę stronę
Dante Labs. (b.d.). Gen CHEK2: checkpoint kinase 2. Pobrano 23 października 2026, z https://dantelabs.com/pl/genes/chek2
Dante Labs. Gen CHEK2: checkpoint kinase 2 [Internet]. [cytowano 23 października 2026]. Dostępne w: https://dantelabs.com/pl/genes/chek2
Jeden test. Odpowiedzi na całe życie.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni