Gen
POMGNT1
protein O-linked mannose N-acetylglucosaminyltransferase 1 (beta 1,2-)
- HGNC 19139↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000085998↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 55624↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 1p34.1
- Koordinater
- Kromosom 1: 46.188.683–46.198.434 (GRCh38)
- Exoner
- 22 exoner fordelt over 9,8 kb
- Protein
- 660 aminosyrer
- Også kendt som
- FLJ20277, MGAT1.2, LGMD2O
- Tidligere symboler
- MEB
- MANE Select-transkript
- ENST00000371984.8NM_017739.4
- Lokustype
- Proteinkodende
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/pomgnt1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs POMGNT1 og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurerede rapporter relevant for dette gen
Medfødte muskeldystrofier
- Medfødt muskeldystrofi
En gruppe muskeldystrofier med debut ved fødslen eller i spædbarnsalderen, herunder dystroglykanopatier (såsom former relateret til FKRP, FKTN og POMT1/2).
- 5 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
Gördelmuskeldystrofi (Limb-Girdle Muscular Dystrophy)
Gördelmuskeldystrofi (Limb-Girdle Muscular Dystrophy) defineres som en samling af en lang række undertyper med forskellige arvemønstre (og med varierende grad af diagnostisk sikkerhed). Bærere af varianter, der er relateret til sygdommen, bør søge vejledning hos en specialist i muskel- og skeletsygdomme for at få en endelig diagnose.
- 1 GenCC-indsender vurderer den som definitiv eller stærk
Bredere grupperinger
Medfødte glykosyleringsforstyrrelser
- Medfødte glykosyleringsforstyrrelser (CDG)
Et af 98 gener, der er knyttet til det
En stor gruppe arvelige tilstande, hvor sukkerkæder (glykaner) ikke dannes eller sættes korrekt på proteiner og lipider. De rammer ofte hjernen, leveren, blodets evne til at størkne, væksten og mange andre organsystemer. De fleste nedarves autosomalt recessivt, men nogle er X-bundne eller autosomalt dominante.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 7 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
Retinitis pigmentosa
Et af 77 gener, der er knyttet til det
En gruppe arvelige retinale dystrofier med progressivt tab af stave og derefter tappe i fotoreceptorerne, som giver nattblindhed og gradvist tab af perifert syn.
- 1 GenCC-indsender vurderer den som definitiv eller stærk
Sådan er POMGNT1 opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Kendte sygdomsfremkaldende steder
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 2,7 kb af genets 9,8 kb; 1.983 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af POMGNT1
1Let
Hvor svær POMGNT1 er at sekventere med korte reads, ud af 100
0 · Let100 · Svær
Næsten alle POMGNT1s exons ligger, hvor korte reads kan kortlægges tydeligt.
Det, der lægger oven i: andelen af POMGNT1s exons i hver type svær region
- KortlægbarhedStrækninger, hvor 100 eller 250 bp reads ikke kan placeres entydigt, så et kald der kan mangle eller være forkert. Vægt 35 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Vægt 30 %.0 %
- GentagelserTandem-gentagelser og serier af én base, som reads glider på og måske ikke spænder over. Vægt 15 %.1,6 %
- GC-indholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker tyndt. Vægt 10 %.3,6 %
- ReferencedækningHuller i den nærliggende referencesamling, hvor der ikke findes nogen sekvens, som reads kan alignes til. Vægt 10 %.0 %
En Dante Labs-score baseret på vores egen forskning, bygget på NIST's Genome in a Bottle-kort over svært sekventerbare regioner.Sådan scores detHver søjle er andelen af POMGNT1s exon-baser i den pågældende type svær region. Én type kan alene gøre et gen svært, og hver ekstra type tilføjer mindre: 0, når ingen base er i nogen, 100, når alle baser er der, hvor reads ikke kan placeres entydigt.
234
positioner i POMGNT1, hvor ClinVar klassificerer en ændring som patogen eller sandsynligvis patogen
Ingen af dem ligger i en region, som korte reads har svært ved at finde.
En hel genomsekventering dækker alle 9,8 kb af POMGNT1, inklusive introns, og ikke kun de 2,7 kb af exons.
ClinVar pathogenic variants (263)
The POMGNT1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 118
- Patogen/sandsynligvis patogen 13
- Sandsynligvis patogen 132
| Variant | Conditions | ClinVar-klassifikation | Gennemgangsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1895+1G>A (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1895+1G>T (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 6 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1814G>C (p.Arg605Pro) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1814G>A (p.Arg605His) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 5 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1769G>A (p.Trp590Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 5 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1759_1763del (p.Phe587fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 3 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1539+1G>A (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy and 8 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1469G>A (p.Cys490Tyr) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 5 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1462C>T (p.Arg488Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1325G>A (p.Arg442His) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy and 6 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1324C>T (p.Arg442Cys) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy and 7 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.931C>T (p.Arg311Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.643C>T (p.Arg215Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 5 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.636C>T (p.Phe212=) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy and 6 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.187C>T (p.Arg63Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1876del (p.Val626fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 6 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1694_1695del (p.Ser565fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 3 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1686dup (p.Glu563Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 3 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1556del (p.Lys519fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1489C>T (p.Arg497Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 5 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1342G>C (p.Gly448Arg) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 4 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1080del (p.Ile361fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 3 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.1001_1002del (p.Thr334fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 3 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.880-1G>C (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 6 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_017739.4(POMGNT1):c.751+1G>A (opens in a new tab) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2O and 3 others | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
See all 263 with every other POMGNT1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Gener knyttet til de samme sygdomme
- DAG1dystroglycan 1Deler 3 sygdomme
- FKRPfukutin related proteinDeler 3 sygdomme
- FKTNfukutinDeler 3 sygdomme
- GMPPBGDP-mannose pyrophosphorylase BDeler 3 sygdomme
- COL6A1collagen type VI alpha 1 chainDeler 2 sygdomme
- COL6A2collagen type VI alpha 2 chainDeler 2 sygdomme
- COL6A3collagen type VI alpha 3 chainDeler 2 sygdomme
- CRPPACDP-L-ribitol pyrophosphorylase ADeler 2 sygdomme
- DHDDSdehydrodolichyl diphosphate synthase subunitDeler 2 sygdomme
- DPM2dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 2, regulatoryDeler 2 sygdomme
- DPM3dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 3, regulatoryDeler 2 sygdomme
- LAMA2laminin subunit alpha 2Deler 2 sygdomme
Træk knyttet til POMGNT1
Human Phenotype Ontology angiver disse som kendetegn ved de sjældne tilstande, POMGNT1 kan forårsage. Hvert træks side viser de andre gener, der er knyttet til det.
Abnormality of the eye
- Close sighted
- Decreased clarity of vision
- Difficulties with night vision
- Glaucoma
- Limited peripheral vision
- Retinal dysplasia
- Retinal thinning
- Severe near sightedness
Vis 47 træk mere
- Abnormal electroretinogram
- Abnormal retinal pigmentation
- Blindness
- Breakdown of light-sensitive cells in back of eye
- Chorioretinal dysplasia
- Cross-eyed
- Extreme sensitivity of the eyes to light
- Involuntary, rapid, rhythmic eye movements
- Optic atrophy
- Optic nerve issue
- Progressive night blindness
- Retina degeneration
- Retinal detachment
- Spicular pigmentation of the retina
- Visual impairment
- Abnormal central response of multifocal electroretinogram
- Abnormal full-field electroretinogram
- Abnormally small eyeball
- Absence of eyeballs
- Bulging cornea
- Clouding of the lens of the eye
- Corneal opacity
- Cystoid macular edema
- Eye muscle paralysis
- Loss of peripheral vision
- Optic disc drusen
- Optic disc pallor
- Peripapillary atrophy
- Photoreceptor outer segment loss on macular OCT
- Posterior subcapsular cataract
- Retinal atrophy
- Tigroid fundus
- Abnormal color vision
- Abnormality of the iris
- Cat eye
- Cornea of eye less than 10mm in diameter
- Enlarged cornea
- Notched pupil
- Optic nerve hypoplasia
- Photopsia
- Decreased light- and dark-adapted electroretinogram amplitude
- Enlarged eyeball
- Enlarged flash visual evoked potentials
- Hyperautofluorescent macular lesion
- Opacification of the corneal stroma
- Uncontrolled eye movements
- Undetectable electroretinogram
Abnormality of the nervous system
- Global developmental delay
- Too much cerebrospinal fluid in the brain
- Abnormal cerebellar vermis morphology
- Abnormal cortical gyration
- Abnormal gait
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of neuronal migration
- Absent reflexes
Vis 42 træk mere
- Cognitive impairment
- Decreased reflex response
- EEG abnormality
- Fewer and broader ridges in brain
- Fewer or absent grooves in brain
- Intellectual disability
- More grooves in brain
- Small cerebellum
- Specific learning disability
- Ventriculomegaly
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal shape of brain
- Abnormal shape of brainstem
- Abnormality of movement
- Abnormality of the cerebellum
- Absent septum pellucidum
- Agenesis of corpus callosum
- Diffuse white matter abnormalities
- Dilated fourth ventricle
- Epilepsy
- Gray matter heterotopia
- Small brainstem
- Type II lissencephaly
- Absent/small cerebellum
- Cerebellar cyst
- Clonus
- Decreased thalamic volume
- Fusion of the cerebellar hemispheres
- Holoprosencephaly
- Hypoplasia of the pons
- Increased reflexes
- Intellectual disability, mild
- Meningocele
- Motor delay
- Olivopontocerebellar hypoplasia
- Paralysis or weakness of one side of body
- Aplasia/Hypoplasia of the corpus callosum
- Cerebellar dysplasia
- Intellectual disability, severe
- IQ less than 20
- Jerking
- Severe global developmental delay
Abnormality of the musculoskeletal system
- Generalized decreased muscle tone
- Gowers sign
- Increased endomysial connective tissue
- Increased variability in muscle fiber diameter
- Muscular dystrophy
- Prominent swayback
- Proximal neurogenic muscle weakness
- Absent/small skeletal muscles
Vis 14 træk mere
- EMG abnormality
- Hypoglycosylation of alpha-dystroglycan
- Low muscle tone
- Muscle degeneration
- Muscle tissue disease
- Muscle weakness
- Reduced muscle fiber alpha dystroglycan
- Excessive inward curvature of lower spine
- Increased skeletal muscle cells
- Spasticity and rigidity of muscles
- Difficulty walking up stairs
- Generalized muscle weakness
- Involuntary muscle stiffness, contraction, or spasm
- Severely decreased muscle tone
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- GenCC og ClinGen, udgivet 2026-10-17: hvilke tilstande genet er forbundet med, og hvor stærkt.
- ACMG-listen over sekundære fund, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifikationerne: kendte sygdomsfremkaldende steder og de regioner, som korte læsninger har svært ved.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: de træk, der er knyttet til genet. Læs mere på hpo.jax.org.
- Dataudgivelse 2026.10.17-8666dff2.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). POMGNT1-genet: protein O-linked mannose N-acetylglucosaminyltransferase 1 (beta 1,2-). Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/pomgnt1
Dante Labs. POMGNT1-genet: protein O-linked mannose N-acetylglucosaminyltransferase 1 (beta 1,2-) [Internet]. [citeret 18. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/pomgnt1
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger