Γονίδιο
NEK1
NIMA related kinase 1
- HGNC 7744↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- Γονίδιο Ensembl ENSG00000137601↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- NCBI Gene 4750↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
Σύνοψη
- Κυτογενετική θέση
- 4q33
- Συντεταγμένες
- Χρωμόσωμα 4: 169.392.809–169.612.583 (GRCh38)
- Εξόνια
- 36 έξώνια σε 219,8 kb
- Πρωτεΐνη
- 1.286 αμινοξέα
- Γνωστό επίσης ως
- NY-REN-55, KIAA1901
- Μεταγράφημα MANE Select
- ENST00000507142.6NM_001199397.3
- Τύπος locus
- Κωδικοποιητικά πρωτεΐνες
- Πολύ υψηλή
- Υψηλή
- Χαμηλή
- Πολύ χαμηλή
Αυτή η σελίδα ως δεδομένα
Προσθέστε .json στη διεύθυνση της σελίδας ή ζητήστε application/json, για να τη διαβάσετε ως JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/nek1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameΔιαβάστε το NEK1, και το υπόλοιπο γονιδίωμά σας, με μία εξέταση.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες
Αποκτήστε το Genome Test σαςΕπιμελημένη αναφορά που σχετίζεται με αυτό το γονίδιο
Προδιάθεση για Αμυοτροφική Πλάγια Σκλήρυνση 24 (NEK1)
- Αυτοσωμικός επικρατής
Αλλαγές απώλειας λειτουργίας σε ένα αντίγραφο του NEK1 εντοπίζονται συχνότερα σε άτομα με ALS σε σύγκριση με μάρτυρες. Δρουν ως παράγοντες κινδύνου, και οι αλλαγές απώλειας λειτουργίας συνεπάγονται μεγαλύτερο κίνδυνο από τις αλλαγές τύπου missense.
- Η ClinGen αξιολογεί τη σύνδεση ως οριστική
- 3 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
▶Δυνατότητα δράσης
Τα άτομα με συμπτώματα ωφελούνται από έγκαιρη εξειδικευμένη αξιολόγηση και πολυεπιστημονική φροντίδα, συμπεριλαμβανομένης της διατροφικής υποστήριξης και της υποστήριξης της αναπνοής. Η γενετική συμβουλευτική είναι σημαντική πριν από τον έλεγχο συγγενών.
Πώς είναι διαταγμένο το NEK1
- Κωδικοποιούσα αλληλουχία
- Μη μεταφραζόμενη περιοχή
- Ιντρόνιο
- Κατεύθυνση μεταγραφής
- Γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο
- Περιοχές που τα σύντομα αναγνώσματα βρίσκουν δύσκολες
Εξόνια του μεταγράφηματος MANE Select του γονιδίου (έκδοση v1.5), από τα NCBI και το EMBL-EBI, στο γονιδίωμα αναφοράς GRCh38.
Ζώνες χρωμοσωμάτων από το ιδεόγραμμα GRCh38 του UCSC (2022-10-29).
Γειτονικά γονίδια από την έκδοση 116 του Ensembl, στο GRCh38.
Τα εξόνια αποτελούν 6,1 kb από τα 219,8 kb του γονιδίου· 3.861 από αυτές τις βάσεις κωδικοποιούν την πρωτεΐνη.
Αλληλούχιση NEK1
4Εύκολο
Πόσο δύσκολο είναι να αλληλουχηθεί το NEK1 με σύντομες αναγνώσεις, σε κλίμακα από 0 έως 100
0 · Εύκολο100 · Δύσκολο
Σχεδόν όλα τα εξόνια του NEK1 βρίσκονται σε σημεία όπου οι σύντομες αναγνώσεις αντιστοιχίζονται καθαρά.
Με ό,τι προστίθεται: το ποσοστό των εξονίων του NEK1 σε κάθε είδος δύσκολης περιοχής
- Δυνατότητα τοποθέτησηςΤμήματα όπου αναγνώσεις 100 ή 250 bp δεν μπορούν να τοποθετηθούν μοναδικά, οπότε μια κλήση εκεί μπορεί να λείπει ή να είναι λανθασμένη. Βάρος 100%.0%
- ΟμολογίαΤμηματικές διπλασιάσεις: αντίγραφα αλλού στο γονιδίωμα, όπως παράλογα γονίδια και ψευδογονίδια, με ταυτότητα 90% ή μεγαλύτερη. Βάρος 60%.0%
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Βάρος 60%.0%
- Κάλυψη αναφοράςΚενά στο κοντινό τμήμα του συναρμολογημένου γονιδιώματος αναφοράς, όπου δεν υπάρχει αλληλουχία με την οποία να ευθυγραμμίζονται οι αναγνώσεις. Βάρος 50%.0%
- ΕπαναλήψειςΔιαδοχικές επαναλήψεις και σειρές από μία βάση, πάνω στις οποίες οι αναγνώσεις γλιστρούν και ίσως δεν τις καλύπτουν πλήρως. Βάρος 30%.2,7%
- Περιεκτικότητα σε GCΠαράθυρα με λιγότερο από 25% ή περισσότερο από 65% G και C, τα οποία η προετοιμασία της βιβλιοθήκης καλύπτει ελλιπώς. Βάρος 20%.14%
Βαθμολογία της Dante Labs από δική μας έρευνα, βασισμένη στους χάρτες NIST Genome in a Bottle για δύσκολα προς αλληλούχιση περιοχές.Πώς υπολογίζεταιΚάθε μπάρα είναι το ποσοστό των βάσεων των εξονίων του NEK1 που βρίσκονται σε αυτό το είδος δύσκολης περιοχής. Κάθε μεμονωμένο είδος μπορεί από μόνο του να κάνει ένα γονίδιο δύσκολο, και κάθε επιπλέον είδος προσθέτει λιγότερο: 0 όταν καμία βάση δεν ανήκει σε κάποιο, 100 όταν κάθε βάση βρίσκεται σε περιοχή όπου οι αναγνώσεις δεν μπορούν να τοποθετηθούν μοναδικά.
81
θέσεις στο NEK1 όπου το ClinVar κατατάσσει μια μεταβολή ως παθογόνες ή πιθανώς παθογόνες
Καμία από αυτές δεν βρίσκεται σε περιοχή που οι σύντομες αναγνώσεις δυσκολεύονται να καλύψουν.
Ένα πλήρες γονιδίωμα καλύπτει και τα 219,8 kb του NEK1, συμπεριλαμβανομένων των ιντρονίων, και όχι μόνο τα 6,1 kb των εξονίων.
ClinVar pathogenic variants (85)
The NEK1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Παθογόνο 42
- Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο 3
- Πιθανώς παθογόνο 40
| Παραλλαγή | Conditions | Ταξινόμηση ClinVar | Κατάσταση αξιολόγησης |
|---|---|---|---|
| NM_001199397.3(NEK1):c.1957C>T (p.Arg653Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to, 24 and 1 other | Παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_001199397.3(NEK1):c.3107C>G (p.Ser1036Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to, 24 and 1 other | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2241del (p.Ala750fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_001199397.3(NEK1):c.1226G>A (p.Trp409Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2588-2A>G (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to, 24 and 1 other | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_001199397.3(NEK1):c.1020+1G>A (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_001199397.3(NEK1):c.3726del (p.Asp1243fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.3584-10T>A (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.3581C>A (p.Ser1194Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.3337G>T (p.Glu1113Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.3191C>G (p.Ser1064Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2991_2992insG (p.Ser998fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2972_2973del (p.Ile991fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2807del (p.Gly936fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2650_2651insCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACAATGTA (p.Cys883_Ile884insThrCysAsnProSerThrLeuGlyGlyArgGlyGlyArgIleThrArgSerGlyAspArgAspHisProXaaXaaXaaXaaLysLysLysLysLysLysLysLysLysValGlnCys) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2492G>A (p.Trp831Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2339C>G (p.Ser780Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2282_2283dup (p.Asp762fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2231T>G (p.Leu744Ter) (opens in a new tab) | amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to, 24 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2190del (p.Asn731fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2089C>T (p.Gln697Ter) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.2010_2011del (p.Leu670fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.1984dup (p.Glu662fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.1945_1951del (p.Lys648_Glu649insTer) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_001199397.3(NEK1):c.1859_1860del (p.Gln620fs) (opens in a new tab) | short-rib thoracic dysplasia 6 with or without polydactyly | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
See all 85 with every other NEK1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Χαρακτηριστικά που συνδέονται με το NEK1
Το Human Phenotype Ontology καταγράφει αυτά ως χαρακτηριστικά των σπάνιων παθήσεων που μπορεί να προκαλέσει το NEK1. Η σελίδα κάθε χαρακτηριστικού εμφανίζει τα άλλα γονίδια που συνδέονται με αυτό.
Abnormality of head or neck
- Cleft palate
- Abnormal oral frenulum morphology
- Absent central incisor
- Accessory oral frenulum
- Broad nasal tip
- Bumpy tongue
- Central cleft upper lip
- Cleft nasal tip
Εμφάνιση 26 ακόμη χαρακτηριστικών
- Cleft tongue
- Corners of eye widely separated
- Decreased salivary flow
- Decreased size of maxilla
- Decreased size of teeth
- Depressed nasal bridge
- Drooling
- Hamartoma of tongue
- High palate
- Little lower jaw
- Submucous cleft soft palate
- Tongue nodules
- Wasting of the tongue
- Wide nasal bridge
- Zygomatic flattening
- Abnormally small tongue
- Broad head shape
- Central retinal vessel vascular tortuosity
- Extra bones within cranial sutures
- Extra cusp on inside of front tooth
- Peg-shaped maxillary lateral incisors
- Taurodontia
- Tongue twitching
- Unilateral alveolar cleft of maxilla
- Velopharyngeal incompetence
- Born with teeth
Abnormality of the nervous system
- Increased reflexes
- Lou Gehrig's disease
- Motor neuron atrophy
- Ongoing loss of nerve cells
- Anxiety
- Babinski sign
- Behavioral abnormality
- Bulbar signs
Εμφάνιση 25 ακόμη χαρακτηριστικών
- Can't control feelings
- Caudate atrophy
- Cognitive impairment
- Depression
- Difficulty articulating speech
- Hippocampal atrophy
- Hoffmann sign
- Muscle twitch
- Paralysis
- Tetraparesis
- Cavity within brain
- Cerebellar vermis hypoplasia
- Difficulty sleeping
- Fewer and broader ridges in brain
- Fluid-filled sac located in membrane surrounding brain or spinal cord
- Frontotemporal dementia
- Global developmental delay
- High stepping
- Jaw hyperreflexia
- Language impairment
- Lateral ventricle dilatation
- Too much cerebrospinal fluid in the brain
- Delayed speech and language development
- Grand mal seizures
- Motor delay
Abnormality of limbs
- Broad big toe
- Complete duplication of big toe bones
- Curvature of finger
- Curvature of little finger
- Decreased arm strength
- Extra little finger
- Extra thumb
- Extra toe attached near the little toe
Εμφάνιση 23 ακόμη χαρακτηριστικών
- Finger syndactyly
- Flared wide portion of long bone
- Irregular wide portion of a long bone
- Lower limb muscle weakness
- Preaxial foot polydactyly
- Short fingers or toes
- Wide 1st long bone of foot
- Y-shaped long bone of hand
- Cone-shaped end part of finger bones
- Extra finger
- Foot drop
- Limb undergrowth
- Mesomelic leg shortening
- Polysyndactyly of hallux
- Short shinbone
- Webbed fingers or toes
- Absent fingers or toes
- Bilateral postaxial polydactyly
- Disproportionate shortening of the shankbone
- Disproportionately short middle portion of limb
- Partial duplication of big toe
- Postaxial polysyndactyly of foot
- Short palm
Abnormality of the respiratory system
- Abnormality on pulmonary function testing
- Breathing difficulty
- Respiratory failure
- Respiratory function loss
- Apnea
- Hypoplasia of the epiglottis
- Increased respiratory rate or depth of breathing
- Orthopnea
Εμφάνιση 3 ακόμη χαρακτηριστικών
Εξωτερικοί σύνδεσμοι
Εγγραφές γονιδίου
Μεταγράφημα
Πρωτεΐνη
Από πού προέρχονται αυτά
- HGNC: το σύμβολο, το όνομα, τα άλλα σύμβολα και η θέση του γονιδίου.
- MANE Select v1.5, από NCBI και EMBL-EBI: το μεταγράφημα, τα εξόνιά του και η κωδικοποιούσα αλληλουχία.
- GenCC και ClinGen, έκδοση 2026-10-19: ποιες παθήσεις συνδέονται με το γονίδιο και πόσο ισχυρή είναι αυτή η σύνδεση.
- Η λίστα δευτερευόντων ευρημάτων του ACMG, SF v3.2.
- ClinVar και οι στρωματοποιήσεις GIAB: γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο, και οι περιοχές που οι βραχείες αναγνώσεις βρίσκουν δύσκολες.
- Οι στρωματοποιήσεις γονιδιώματος Genome in a Bottle, από το NIST: η βαθμολογία δυσκολίας αλληλούχισης.
- Το Human Phenotype Ontology, έκδοση 2026-09-01: τα χαρακτηριστικά που συνδέονται με το γονίδιο. Μάθετε περισσότερα στο hpo.jax.org.
- Έκδοση δεδομένων 2026.10.19-9814e911.
Παραπομπή σε αυτή τη σελίδα
Dante Labs. (χ.η.). Γονίδιο NEK1: NIMA related kinase 1. Ανάκτηση 19 Οκτωβρίου 2026, από https://dantelabs.com/el/genes/nek1
Dante Labs. Γονίδιο NEK1: NIMA related kinase 1 [Internet]. [ανακτήθηκε 19 Οκτωβρίου 2026]. Διαθέσιμο από: https://dantelabs.com/el/genes/nek1
Ένα τεστ. Απαντήσεις για όλη τη ζωή.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες