Gen
SLC25A20
solute carrier family 25 member 20
- HGNC 1421↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000178537↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 788↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 3p21.31
- Koordinater
- Kromosom 3: 48 856 926–48 898 882 (GRCh38)
- Eksoner
- 9 eksoner over 42 kb
- Protein
- 301 aminosyrer
- Også kjent som
- CAC
- Tidligere symboler
- CACT
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000319017.5NM_000387.6
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/slc25a20.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes SLC25A20 og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuratert rapport som er relevant for dette genet
Fettsyreoksidasjons- og karnitinsyklusforstyrrelser
- Forstyrrelser i fettsyreoksidasjon og ketogeneseAutosomal recessiv
En gruppe defekter i enzymer og transportører, blant annet MCAD-, VLCAD-, LCHAD-, SCAD- og HADH-mangel, primær karnitinmangel og karnitin-acylkarnitin-translokasemangel, som kan gi lavt blodsukker, muskelnedbrytning samt hjerte- og leverproblemer under perioder med faste eller sykdom.
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 5 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Når du vet om tilstanden, kan du unngå langvarige faste og ha en beredskapsplan for sykdom, og der det er relevant kan karnitin- eller kostfettendringer bidra til å forebygge livstruende episoder.
Slik er SLC25A20 bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Kjente sykdomsfremkallende posisjoner
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 1,8 kb av genets 42 kb, og 906 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av SLC25A20
3Lett
Hvor vanskelig SLC25A20 er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Nesten alle eksonene til SLC25A20 ligger der korte leser kartlegges godt.
Det som bidrar: andelen av eksonene til SLC25A20 i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, slik at en påvisning der kan mangle eller være feil. Vekt 100 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Vekt 60 %.0 %
- ReferansedekningHull i den nærliggende referanseassembleringen, der det ikke finnes sekvens for leser å justere mot. Vekt 50 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser kan glippe på og kanskje ikke spenner over. Vekt 30 %.3,5 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som bibliotekforberedelsen dekker tynt. Vekt 20 %.11 %
En Dante Labs-score basert på egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over vanskelig sekvenserbare områder.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbaser i SLC25A20 i den typen vanskelig område. Én type kan i seg selv gjøre et gen vanskelig, og hver ekstra type bidrar mindre: 0 når ingen baser er i noen, 100 når alle baser ligger der leser ikke kan plasseres entydig.
74
posisjoner i SLC25A20 der ClinVar klassifiserer en endring som patogen eller sannsynlig patogen
Ingen av dem ligger i et område som korte leser har problemer med.
En helgenomsekvensering dekker alle 42 kb av SLC25A20, inkludert introner, ikke bare de 1,8 kb med eksoner.
ClinVar pathogenic variants (75)
The SLC25A20 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 32
- Patogen/sannsynligvis patogen 11
- Sannsynligvis patogen 32
| Variant | Conditions | ClinVar-klassifisering | Vurderingsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_000387.6(SLC25A20):c.897dup (p.Asn300fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.804del (p.Phe269fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.718+1G>C (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.713A>G (p.Gln238Arg) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.706C>T (p.Arg236Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.532C>T (p.Arg178Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.528del (p.Met177fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.496C>T (p.Arg166Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.326+1del (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.301C>T (p.Gln101Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.270del (p.Phe91fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.199-10T>G (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.191_192del (p.Leu63_Phe64insTer) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.84del (p.His29fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.824G>A (p.Arg275Gln) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.823C>T (p.Arg275Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.691G>C (p.Asp231His) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.645dup (p.Gly216fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.542del (p.Pro181fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.397C>T (p.Arg133Trp) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.244del (p.Val82fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.125del (p.Pro42fs) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.121C>T (p.Gln41Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.109C>T (p.Arg37Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
| NM_000387.6(SLC25A20):c.10C>T (p.Gln4Ter) (opens in a new tab) | carnitine-acylcarnitine translocase deficiency | Patogen/sannsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner av 4 kriterier oppgitt, flere innsendere, ingen konflikter |
See all 75 with every other SLC25A20 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Gener knyttet til de samme tilstandene
- ACAD9acyl-CoA dehydrogenase family member 9Deler 1 tilstand
- ACADMacyl-CoA dehydrogenase medium chainDeler 1 tilstand
- ACADSacyl-CoA dehydrogenase short chainDeler 1 tilstand
- ACADVLacyl-CoA dehydrogenase very long chainDeler 1 tilstand
- ETFAelectron transfer flavoprotein subunit alphaDeler 1 tilstand
- ETFBelectron transfer flavoprotein subunit betaDeler 1 tilstand
- ETFDHelectron transfer flavoprotein dehydrogenaseDeler 1 tilstand
- HADHhydroxyacyl-CoA dehydrogenaseDeler 1 tilstand
- HADHAhydroxyacyl-CoA dehydrogenase trifunctional multienzyme complex subunit alphaDeler 1 tilstand
- HMGCL3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyaseDeler 1 tilstand
- HMGCS23-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 2Deler 1 tilstand
- SLC22A5solute carrier family 22 member 5Deler 1 tilstand
Egenskaper knyttet til SLC25A20
The Human Phenotype Ontology lister disse som kjennetegn ved de sjeldne tilstandene SLC25A20 kan forårsake. Hver egenskaps side viser de andre genene som er knyttet til den.
Laboratory abnormality
- Fatty infiltration of liver
- Low blood sugar in newborn
- Reduced circulating 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity
- Reduced tissue carnitine-acylcarnitine translocase activity
- Elevated circulating fatty acylcarnitine concentration
- Elevated creatine kinase after exercise
- Elevated urinary dicarboxylic acid level
- High blood ammonia levels
Abnormality of the cardiovascular system
- Heart stops beating
- Abnormal heart rate
- Disease of the heart muscle
- Low blood pressure
- Ventricular tachycardia
- Extra heart beat
- Interruption of electrical communication between upper and lower chambers of heart
- Slow heartbeats
Vis 1 egenskap til
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- GenCC og ClinGen, utgitt 2026-10-19: hvilke tilstander genet er knyttet til, og hvor sterkt.
- ACMGs liste over sekundære funn, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifiseringene: kjente sykdomsfremkallende steder, og regionene som korte leser finner vanskelige.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
- The Human Phenotype Ontology, versjon 2026-09-01: egenskapene knyttet til genet. Les mer på hpo.jax.org.
- Datautgave 2026.10.19-9814e911.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). SLC25A20-genet: solute carrier family 25 member 20. Hentet 19. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/slc25a20
Dante Labs. SLC25A20-genet: solute carrier family 25 member 20 [Internett]. [sitert 19. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/slc25a20
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker