Gen
OPN1MW
opsin 1, medium wave sensitive
- HGNC 4206↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000268221↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 2652↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- Xq28
- Coördinaten
- Chromosoom X: 154.182.596–154.196.861 (GRCh38)
- Exons
- 6 exons over 14,3 kb
- Eiwit
- 364 aminozuren
- Ook bekend als
- OPN1MW1, COD5
- Eerdere symbolen
- GCP, CBBM, CBD
- MANE Select-transcript
- ENST00000595290.6NM_000513.2
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Share this page
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/opn1mw.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees OPN1MW en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Achromatopsie
Achromatopsie (ACHM) is een zeldzame autosomaal recessieve netvliesaandoening, gekenmerkt door kleurenblindheid, nystagmus, fotofobie en een sterk verminderde gezichtsscherpte als gevolg van het ontbreken of verminderd functioneren van de kegeltjes.
- 1 GenCC-indiener beoordeelt het als definitief of sterk
Kleurenzienigheid
- Rood-groene kleurenzienigheidX-gebonden recessief
Een X-gebonden afwijking in het kleurenzien, veroorzaakt door veranderingen in de genen OPN1LW en OPN1MW, die coderen voor de kleurgevoelige konuspigmenten voor rood en groen.
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 2 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
▶Actionability
Als u hiervan op de hoogte bent, kan dat helpen bij keuzes over opleiding en beroep, omdat sommige beroepen een normaal kleurenzien vereisen.
- Blauwe-konusmonochromasieX-gebonden recessief
Een zeldzame X-gebonden aandoening waarbij zowel de rode als de groene konussen niet werken, wat vanaf de zuigelingenleeftijd leidt tot verminderd zicht, nystagmus en een zeer slecht kleurenzien.
- 1 GenCC-indiener beoordeelt het als definitief of sterk
▶Actionability
Ondersteuning bij slechtziendheid en getinte glazen kunnen helpen, en vrouwelijke familieleden kunnen worden aangeboden om te worden getest op dragerschap.
Opbouw van OPN1MW
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Bekende ziekteveroorzakende posities
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 2 kb van de 14,3 kb van het gen; 1.095 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van OPN1MW
100Moeilijk
Hoe moeilijk OPN1MW is te sequencen met korte reads, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Een groot deel van OPN1MW ligt op plaatsen waar korte reads een wijziging kunnen missen of verkeerd kunnen plaatsen.
Wat dit verergert: het aandeel van de exonen van OPN1MW in elk type moeilijke regio
- MapbaarheidStukken waar reads van 100 of 250 bp niet op één unieke plaats kunnen worden geplaatst, waardoor een call daar ontbrekend of onjuist kan zijn. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 100 krijgen.100%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 60 krijgen.100%
- Gedeeld met chrYDe pseudoautosomale regio's en de X-getransponeerde regio, waar chrX en chrY dezelfde of bijna dezelfde sequentie bevatten, zodat een read van de ene op de andere kan worden geplaatst. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 60 krijgen.0%
- ReferentiedekkingHiaten in de nabijgelegen referentie-assemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen worden uitgelijnd. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 50 krijgen.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die ze mogelijk niet overspannen. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 30 krijgen.2,9%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die bij de bibliotheekvoorbereiding slechts dun worden gedekt. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 20 krijgen.0%
Een Dante Labs-score op basis van ons eigen onderzoek, gebouwd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Zo wordt er gescoordElke balk is het aandeel van de exonbasen van OPN1MW in dat type moeilijke regio. Elk type kan op zichzelf een gen moeilijk maken, en elk extra type voegt steeds minder toe: 0 wanneer geen enkele base in een moeilijke regio ligt, 100 wanneer elke base ligt waar reads niet op één unieke plaats kunnen worden geplaatst.
1
positie in OPN1MW waar ClinVar een wijziging als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen classificeert
1 ervan (100%) valt in een regio die korte reads moeilijk vinden.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (1 locatie)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (1 locatie)
Een heel genoom dekt alle 14,3 kb van OPN1MW, inclusief de introns, en niet alleen de 2 kb aan exonen.
ClinVar-pathogene varianten (1)
De OPN1MW-varianten die ClinVar als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen classificeert voor een willekeurige aandoening, beoordeeld door ten minste één indiener met criteria, en de meest beoordeelde daarvan. Het is het openbare ClinVar-register van het gen, nooit een resultaat.
- Pathogeen 1
| Variant | Aandoeningen | ClinVar-classificatie | Reviewstatus |
|---|---|---|---|
| NM_000513.2(OPN1MW):c.807_948del (p.Met269fs) (opent in een nieuw tabblad) | achromatopsia | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
Genen die aan dezelfde aandoeningen zijn gekoppeld
- OPN1LWopsin 1, long wave sensitiveDeelt 2 aandoeningen
- ATF6activating transcription factor 6Deelt 1 aandoening
- CNGA3cyclic nucleotide gated channel subunit alpha 3Deelt 1 aandoening
- CNGB3cyclic nucleotide gated channel subunit beta 3Deelt 1 aandoening
- GNAT2G protein subunit alpha transducin 2Deelt 1 aandoening
- PDE6Hphosphodiesterase 6HDeelt 1 aandoening
Kenmerken gekoppeld aan OPN1MW
De Human Phenotype Ontology vermeldt deze als kenmerken van de zeldzame aandoeningen die OPN1MW kan veroorzaken. Op de pagina van elk kenmerk staan de andere genen die ermee verband houden.
Abnormality of the eye
- Abnormal retinal pigmentation
- Blue cone monochromacy
- Difficulties with night vision
- Extreme sensitivity of the eyes to light
- Abnormal color vision
- Abnormal full-field electroretinogram
- Blind spot located at fixation point
- Close sighted
Toon 17 kenmerken meer
- Color blindness
- Eccentric visual fixation
- Involuntary, rapid, rhythmic eye movements
- Optic disc pallor
- Progressive loss of vision
- Reduced OCT-measured foveal thickness
- Retinal atrophy
- Spicular pigmentation of the retina
- Abnormal electroretinogram
- Abnormal macular pigmentation
- Corneal dystrophy
- Farsightedness
- Metamorphopsia
- Visual impairment
- Decreased clarity of vision
- Green-weak
- Pendular nystagmus
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- GenCC en ClinGen, uitgebracht in 2026-10-19: welke aandoeningen aan het gen zijn gekoppeld en hoe sterk die koppeling is.
- De ACMG-lijst met secundaire bevindingen, SF v3.2.
- ClinVar en de GIAB-stratificaties: bekende ziekteveroorzakende posities en de regio's die short reads moeilijk vinden.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
- De Human Phenotype Ontology, versie 2026-09-01: de kenmerken die aan het gen zijn gekoppeld. Meer informatie vindt u op hpo.jax.org.
- Gegevensrelease 2026.10.19-9814e911.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). OPN1MW-gen: opsin 1, medium wave sensitive. Geraadpleegd op 20 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/opn1mw
Dante Labs. OPN1MW-gen: opsin 1, medium wave sensitive [Internet]. [geraadpleegd 20 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/opn1mw
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken