PMS2-genen — Lynchs syndrom orsakat av PMS2 har lägre penetrans för cancer än MLH1 eller MSH2, men pseudogenen PMS2CL gör standardmässiga genetiska tester opålitliga, och helgenomsekvensering (WGS) ger en mer exakt bedömning.
Hela genomsekvensering utvärderar PMS2 med högre noggrannhet än paneltestning genom att analysera det komplexa PMS2/PMS2CL-pseudogenområdet – och därmed skilja verkliga patogena varianter från pseudogensekvenser.
PMS2-genen — Lynchs syndrom
PMS2 (kromosom 7p22.1) kodar för ett protein som medverkar i reparationen av DNA-mismatch. Patogena PMS2-varianter orsakar Lynchs syndrom med lägre penetrans än MLH1/MSH2 — cirka 15–20 % livstidsrisk för kolorektal cancer och 15 % risk för livmodercancer (jämfört med 50–80 % för kolorektal cancer vid MLH1/MSH2). Trots lägre penetrans medför PMS2-Lynch fortfarande en kliniskt signifikant cancerrisk som kräver förstärkt övervakning.
PMS2 medför en unik utmaning vid testning – pseudogenen PMS2CL har en sekvensidentitet på över 98 % med PMS2-exonerna 1–5, vilket leder till felaktig klassificering av varianter i standardpaneler för nästa generations sekvensering. Varianter i pseudogenen kan felaktigt identifieras som patogena PMS2-varianter (falska positiva), eller så kan äkta PMS2-varianter avfärdas som artefakter från pseudogenen (falska negativa). Långdistans-PCR, genspecifik amplifiering eller helgenom-metoder förbättrar noggrannheten.
Behandlingen av PMS2-Lynch omfattar koloskopi vartannat år från 25–30 års ålder (senare än vid MLH1/MSH2 på grund av lägre penetrans), övervakning av livmodercancer hos kvinnliga bärare samt övervägande av kemoprevention med aspirin. Immunterapi för PMS2-defekta cancerformer är mycket effektiv – tumörer med hög MSI/dMMR svarar dramatiskt på pembrolizumab oavsett vilket MMR-gen som är defekt.
Pseudogenen PMS2CL försvårar standardmässiga genetiska tester. Variationer klassificeras ofta felaktigt. Om du har fått resultat som ”VUS” eller ”patogent” för PMS2 vid paneltestning rekommenderas bekräftelse genom helgenomsekvensering (WGS).
PMS2 är det Lynch-gen som är svårast att testa med hög precision på grund av dess pseudogen. WGS ger en bättre utvärdering genom att analysera hela det genomiska sammanhanget, vilket minskar antalet falska positiva och negativa resultat som orsakas av pseudogenens inverkan.
Pseudogeninterferens orsakar falska positiva och negativa resultat för PMS2 – helgenomsekvensering (WGS) klargör oklarheterna
Standardpaneler för NGS klassificerar ofta varianter felaktigt mellan PMS2 och PMS2CL. En patient som får besked om att hen har en patogen PMS2-variant kan i själva verket ha en godartad pseudogenvariant (falskt positivt resultat → onödig uppföljning). Omvänt kan en äkta PMS2-variant filtreras bort som pseudogenbrus (falskt negativt resultat → missad Lynch-diagnos). WGS avläser hela det genomiska sammanhanget, vilket förbättrar noggrannheten vid klassificeringen av varianter.
PMS2-Lynch-relaterade cancerformer svarar på immunterapi – dMMR-status möjliggör behandling med pembrolizumab oavsett vilket specifikt MMR-gen det rör sig om
Tumörer med PMS2-brist uppvisar hög MSI-status och svarar på immuncheckpoint-hämmare. Pembrolizumab är godkänt av FDA för alla cancerformer med hög MSI-status/dMMR, oavsett vilken vävnad de härstammar från. En bekräftelse av PMS2-status i könscellerna identifierar den molekylära mekanismen bakom den höga MSI-statusen och utlöser vidare familjetestning.
Hela din DNA (inte bara en del av den)
Traditionella genetiska tester undersöker endast begränsade genuppsättningar, vilket innebär att de flesta delar av ditt genom utelämnas. Vi sekvenserar hela ditt genom – varje gen och varje område mellan generna.
Omfattande insikter och specialiserade rapporter
Lättläst och med svar som du och din läkare kan agera utifrån. Inget dokument som måste tolkas – över 200 kliniska rapporter, indelade efter kategori.
Ditt prov blir mer värdefullt för varje år
Ditt DNA förändras inte, men genomforskningen går allt snabbare. Varje månad upptäcks nya samband mellan varianter och sjukdomar. Vi granskar dessa resultat och uppdaterar dina rapporter automatiskt. Ditt test blir mer värdefullt för varje år.
De resultat som läkarna uppnår i sina svåraste fall.
Fyrtio år av ovisshet. Ett enda prov.
En patient hade tillbringat årtionden inom den brittiska sjukvården utan att få någon diagnos. Data från Dante, som godkänts av NHS:s kliniska team vid Queen Elizabeth University Hospital i Glasgow, identifierade Noonans syndrom och en RUNX1-variant kopplad till leukemi som tidigare hade förblivit oupptäckt. Efter 40 år fick de äntligen ett svar.
En fullständig genomläsning ger en fullständig bild.
En patient kom till Dante för att undersöka periodisk förlamning. Genom att analysera hela genomet upptäcktes ett samtidigt ärftligt hjärtproblem – Brugadas syndrom – vilket patientens läkare bekräftade med ett EKG. Resultatet förklarade också en familjemedlems tidigare oklar hjärthistoria. Ett enda test. Alla svar finns där.
Sekvenserades 2019. Data bearbetades 2021.
Jennifer sekvenserade sitt genom med hjälp av Dante två år innan hon fick sin bröstcancerdiagnos. När behandlingen inleddes visade Dantes farmakogenomiska data att den kemoterapi som hade ordinerats henne skulle orsaka allvarliga biverkningar. Hennes läkare valde ett alternativ – och hon kunde påbörja en effektiv behandling redan från första dagen.
Varje fråga om genetik förtjänar ett uttömmande svar.
Oavsett om du söker svar idag eller vill värna om din hälsa inför framtiden, är en fullständig kartläggning av hela ditt genom den enda rätta utgångspunkten.
Det ligger i släkten. Nu kan du ta reda på om det ligger i dina gener.
Ditt genom innehåller ärftliga variationer som är kopplade till sjukdomar såsom hjärtsjukdomar, cancer och neurologiska sjukdomar. Vi analyserar dem alla – med den kliniska djupgående kunskap som krävs för att ge resultatet en meningsfull tolkning.
Läs mer →När de traditionella laboratorietesterna visar att du mår bra. Men du vet att det inte stämmer.
Vanliga diagnostiska tester letar efter ett förutbestämt antal svar. Vi sekvenserar hela ditt DNA – även de delar som inget test är utformat för att undersöka. Om svaret finns i ditt genom hjälper vi dig att hitta det.
Läs mer →Din diagnos kan vara korrekt. Din behandlingsplan kan vara ofullständig.
Dina gener avgör vilka behandlingar som har störst chans att fungera – och vilka som inte gör det. Vi förser din läkare med verktyg och kunskap som underlag för din behandlingsplan.
Läs mer →Du vill veta det innan något tvingar fram frågan.
Vissa väntar inte på en diagnos eller information om familjehistoriken innan de agerar. Hela genomsekvensering ger dig en fullständig genetisk bild redan nu – så att du och din läkare kan fatta välgrundade beslut innan situationen blir akut.
Läs mer →Du har redan gjort ett DNA-test. Här är vad det inte kunde avslöja.
De flesta DNA-tester för privatpersoner analyserar mindre än 0,1 % av ditt genom. Vi analyserar hela genomet.
Läs mer →Resultat av klinisk kvalitet. Ett förstahandsval för privatpersoner och en pålitlig partner för läkare i de mest komplexa fallen.
Dante Genome Test hjälpte specialister vid ett nationellt akutsjukhus i Storbritannien att diagnostisera Noonans syndrom samt en sällsynt genetisk variant kopplad till leukemi som tidigare inte hade upptäckts. Detta resultat förändrade den medicinska vården för patienten.
Godkänd av och publicerad i
Vanliga frågor om helgenomsekvensering.
Vad är skillnaden mellan helgenomsekvensering och ett riktat gentest?
Riktade genetiska tester – inklusive standardpaneler för ärftlig cancer – analyserar en fördefinierad lista över kända varianter i en specifik uppsättning gener. De är utformade för att hitta det man redan vet att man ska leta efter. Hela genomsekvensering analyserar hela ditt genom: alla 6 miljarder baspar, varje gen, varje region mellan generna. En studie från Mayo Clinic publicerad i JAMA Oncology fann att standardriktlinjerna för testning missade mer än hälften av patienterna med ärftliga cancermutationer. Genometestet har ingen fast lista.
Vad får jag när mina provsvar är klara?
Dante Genome tillhandahåller över 200 läkarvänliga rapporter indelade efter klinisk kategori – ärftlig cancer, hjärtsjukdomar, sällsynta sjukdomar, farmakogenomik, bärarstatus och mycket mer. Rapporterna levereras till din säkra Genome Manager och är utformade för direkt klinisk användning. Dina genomdata sparas permanent och analyseras om automatiskt i takt med den vetenskapliga utvecklingen.
Vad händer om en kliniskt signifikant variant upptäcks?
Om en patogen eller sannolikt patogen variant identifieras kommer den att tydligt markeras i din läkaranpassade rapport, tillsammans med klinisk bakgrund, publicerad forskning och rekommenderade nästa steg. Vi rekommenderar att du delar alla kliniskt betydelsefulla fynd med din läkare eller en genetisk rådgivare, som kan ge vägledning om beslut gällande uppföljning, riskminimering eller vidareundersökningar av familjemedlemmar.
Hur skiljer sig detta från ett DNA-test för privatpersoner som 23andMe eller AncestryDNA?
DNA-tester för konsumenter använder genotypningschips som avläser mindre än 0,1 % av ditt genom – en mycket liten, i förväg utvald uppsättning vanliga varianter. De är optimerade för härkomst och egenskaper på populationsnivå, inte för kliniska genetiska fynd. Dante Genome Test sekvenserar 100 % av ditt genom med 30X täckning, samma standard som används inom klinisk diagnostik. De två testerna är inte jämförbara vad gäller omfattning, metodik eller klinisk nytta.
Hur lång tid tar det innan man ser resultat, och hur presenteras de?
Ditt provtagningskit skickas inom 48 timmar efter beställningen. När ditt prov anländer till vårt CLIA-certifierade laboratorium tar sekvensering och analys 6–8 veckor. Resultaten skickas på ett säkert sätt till din Genome Manager, där du kan ta del av dina rapporter, dela dem med din läkare och få automatiska uppdateringar när nya fynd valideras mot ditt genom.
Vi samarbetar med patientorganisationer över hela världen.
Dante Labs samarbetar med patientorganisationer av alla storlekar – för PMS2-genen – Lynchs syndrom och andra sjukdomar, både sällsynta och vanliga. Vi stöder organisationer i alla länder, inklusive virtuella patientorganisationer.
Vi kan erbjuda skräddarsydda rapporter, grupprabatter och paket anpassade efter era medlemmar. Kontakta oss via formuläret så hör vi av oss inom två arbetsdagar.
- Skräddarsydda genomrapporter för dina medlemmar
- Grupprabatter och skräddarsydda paket
- Vilket land som helst – inklusive virtuella grupper
- Sällsynta och vanliga sjukdomar som omfattas
Meddelandet mottaget.
Vi hör av oss inom två arbetsdagar. Om du vill kontakta oss direkt: hello@dantelabs.com
Ett test.
Svar för hela livet.
Ett kit som skickas hem till dig. Hela ditt genom sekvenseras enligt den kliniska standard som används vid diagnostiska beslut. Över 200 läkarvänliga rapporter levereras till din Genome Manager inom 6–8 veckor – de är permanenta och uppdateras i takt med vetenskapens framsteg.
Levereras inom 48 timmar · Resultat inom 6–8 veckor
