Gen
VDR
vitamin D receptor
- HGNC 12679↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000111424↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 7421↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 12q13.11
- Koordinater
- Kromosom 12: 47.841.537–47.904.994 (GRCh38)
- Exoner
- 10 exoner fordelt over 63,5 kb
- Protein
- 427 aminosyrer
- Også kendt som
- NR1I1, PPP1R163
- MANE Select-transkript
- ENST00000549336.6NM_000376.3
- Lokustype
- Proteinkodende
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/vdr.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs VDR og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurateret rapport relevant for dette gen
Arvelig rakitis (hypofosfatæmisk og D-vitaminafhængig)
- D-vitaminafhængig rakitis
Arvelige defekter i aktiveringen af D-vitamin (CYP27B1, CYP2R1) eller i D-vitaminreceptoren (VDR), som forårsager rakitis i den tidlige barndom på trods af tilstrækkeligt indtag af D-vitamin.
- 4 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
De fleste typer reagerer godt på calcitriol, højdosis D-vitamin eller højdosis calcium, afhængigt af typen.
Trækrapport, der viser VDR
Nutrigenetik
- D-vitaminrespons
Sådan er VDR opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Kendte sygdomsfremkaldende steder
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 4,6 kb af genets 63,5 kb; 1.284 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af VDR
1Lav
Hvor svært VDR er at sekventere med korte læsninger, på en skala fra 0 til 100Hver søjle viser andelen af VDRs exonbaser i den pågældende type vanskeligt område. Scoren vægter dem efter, hvor meget hver enkelt koster et kald baseret på korte læsninger: 0, når ingen base ligger i nogen, og 100, når hver base ligger i alle af dem.
- MappabilitetStrækninger, hvor læsninger på 100 eller 250 bp ikke kan placeres entydigt, så et kald dér kan mangle eller være forkert. Vægt 35 %.0 %
- HomologiSegmentale duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Vægt 30 %.0 %
- GentagelserTandemgentagelser og serier af én base, som læsninger glider på, og som muligvis ikke kan spændes over. Vægt 15 %.2,1 %
- GC-indholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker dårligt. Vægt 10 %.11 %
- ReferencedækningHuller i referencesamlingen i nærheden, hvor der ikke findes nogen sekvens, som læsningerne kan justeres mod. Vægt 10 %.0 %
20
positioner i VDR, hvor ClinVar klassificerer en ændring som patogen eller sandsynligvis patogen
Ingen af dem ligger i et område, som korte læsninger har svært ved at læse.
En helgenomsekventering dækker alle 63,5 kb af VDR, inklusive introner, ikke kun de 4,6 kb af exoner.
Gener knyttet til de samme sygdomme
Træk knyttet til VDR
Human Phenotype Ontology angiver disse som kendetegn ved de sjældne tilstande, VDR kan forårsage. Hvert træks side viser de andre gener, der er knyttet til det.
Abnormality of the musculoskeletal system
- Weak and soft bones
- Abnormal bone structure
- Bone cyst
- Bone pain
- Breakdown of bone
- Joint dislocation
- Recurrent fractures
- Softening of the bones
Vis 15 træk mere
- Abnormal vertebral body morphology
- Abnormality of adipose tissue
- Abnormality of the chest
- Abnormality of the hip bone
- Scoliosis
- Abdominal wall muscle weakness
- Bulging end part of bone
- Bulging of the costochondral junction
- Deformed rib cage
- Delayed maturation of end part of long bone
- Difficulty in standing
- Generalized decreased muscle tone
- Low muscle tone
- Sparse bone trabeculae
- Thin bony cortex
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- GenCC og ClinGen, udgivet 2026-10-17: hvilke tilstande genet er forbundet med, og hvor stærkt.
- ACMG-listen over sekundære fund, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifikationerne: kendte sygdomsfremkaldende steder og de regioner, som korte læsninger har svært ved.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: de træk, der er knyttet til genet. Læs mere på hpo.jax.org.
- Dataudgivelse 2026.10.18-e609d43e.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). VDR-genet: vitamin D receptor. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/vdr
Dante Labs. VDR-genet: vitamin D receptor [Internet]. [citeret 18. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/vdr
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger