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Gène

NLGN3

neuroligin 3

Résumé

Localisation cytogénétique
Xq13.1
Coordonnées
Chromosome X : 71 144 841–71 171 201 (GRCh38)
Exons
8 exons sur 26,4 kb
Protéine
848 acides aminés
Aussi appelé
HNL3, KIAA1480, ASPGX1, AUTSX1
Transcrit MANE Select
ENST00000358741.4NM_181303.2
Type de locus
gene with protein product
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Génome de référenceGRCh38

Les positions sur les pages de gènes et de variants suivent ce choix, dans ce navigateur.

Rapports d'expertise pertinents pour ce gène

  • Trouble du spectre de l'autisme

    • Autisme, prédisposition à (formes monogéniques)

      Contributions monogéniques à l'autisme, notamment les variants dans NLGN3, NLGN4X, PTCHD1, SHANK2, TBR1 et CHD8.

      • 1 soumetteur GenCC le classe comme définitif ou fort

  • Épilepsie (panel complet)

    • Trouble neurodéveloppemental complexe lié à l'X

      Un trouble neurodéveloppemental complexe à transmission liée à l'X, caractérisé par une déficience intellectuelle, un autisme et une épilepsie.

      • ClinGen classe ce lien comme modéré
      • 1 soumetteur GenCC le classe comme définitif ou fort

Structure de NLGN3

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Sites connus associés à une maladie
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome X, avec un crochet à l'emplacement de NLGN3. NLGN3 et 16 gènes à proximité sur le chromosome X, de 70 658 021 à 71 658 020.Chromosome XXq13.1p22.33p22.32p22.31p22.2p22.13p22.12p22.11p21.3p21.2p21.1p11.4p11.3p11.23p11.22p11.21p11.1q11.1q11.2q12q13.1q13.2q13.3q21.1q21.2q21.31q21.32q21.33q22.1q22.2q22.3q23q24q25q26.1q26.2q26.3q27.1q27.2q27.3q2870,8 Mb71 Mb71,2 Mb71,4 Mb71,6 MbTEX11 : 70 528 940–70 908 711, brin inverseTEX11SLC7A3 : 70 925 556–70 931 149, brin inverseSLC7A3SNX12 : 70 963 111–71 073 426, brin inverseSNX12FOXO4 : 71 095 839–71 103 535, brin directCXorf65 : 71 103 889–71 106 788, brin inverseCXorf65 : 71 103 987–71 111 575, brin inverseIL2RG : 71 107 404–71 112 108, brin inverseIL2RGMED12 : 71 118 543–71 144 103, brin directMED12NLGN3 : 71 144 841–71 171 201, brin directNLGN3GJB1 : 71 212 811–71 225 519, brin directGJB1ZMYM3 : 71 239 617–71 255 269, brin inverseZMYM3NONO : 71 254 270–71 301 522, brin directNONOITGB1BP2 : 71 301 717–71 305 371, brin directITGB1BP2TAF1 : 71 366 129–71 532 374, brin directTAF1OGT : 71 533 068–71 575 892, brin directOGTGCNA : 71 578 436–71 613 590, brin directGCNACXCR3 : 71 615 912–71 618 545, brin inverseCXCR3Schéma de NLGN3 : 8 exons sur le brin direct du chromosome XExon 2 : 1 site connu associé à une maladieExon 5 : 1 site connu associé à une maladieExon 8 : 1 site connu associé à une maladieExon 1 : 71 144 841–71 144 964, 124 basesExon 2 : 71 147 550–71 148 206, 657 basesExon 3 : 71 148 846–71 148 905, 60 basesExon 4 : 71 153 477–71 153 536, 60 basesExon 5 : 71 155 214–71 155 363, 150 basesExon 6 : 71 164 143–71 164 328, 186 basesExon 7 : 71 167 011–71 167 800, 790 basesExon 8 : 71 169 254–71 171 201, 1 948 bases123456785′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 4 kb sur les 26,4 kb du gène ; 2 547 de ces bases codent pour la protéine.

Comment un test génomique lit NLGN3

3

positions dans NLGN3 où ClinVar classe une modification comme pathogène ou probablement pathogène

Aucune d'entre elles ne se situe dans une région que les lectures courtes peinent à analyser.

Un génome entier couvre les 26,4 kb de NLGN3, introns compris, et pas seulement les 4 kb d'exons.

D'où viennent ces informations

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, de NCBI et EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • GenCC et ClinGen, publiés le 2026-10-16 : les affections auxquelles le gène est associé, et le niveau de solidité de ce lien.
  • La liste ACMG des résultats secondaires, SF v3.2.
  • ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus responsables de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
  • L'Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01 : les traits associés au gène. Pour en savoir plus, rendez-vous sur hpo.jax.org.
  • Version des données 2026.10.16-c6eea6bf.

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Dante Labs. (s.d.). Gène NLGN3 : neuroligin 3. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/nlgn3

Vancouver

Dante Labs. Gène NLGN3 : neuroligin 3 [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/nlgn3

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