Γονίδιο
UBR1
ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 1
- HGNC 16808↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- Γονίδιο Ensembl ENSG00000159459↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- NCBI Gene 197131↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
Σύνοψη
- Κυτογενετική θέση
- 15q15.2
- Συντεταγμένες
- Χρωμόσωμα 15: 42.942.897–43.106.038 (GRCh38)
- Εξόνια
- 47 έξώνια σε 163,1 kb
- Πρωτεΐνη
- 1.749 αμινοξέα
- Μεταγράφημα MANE Select
- ENST00000290650.9NM_174916.3
- Τύπος locus
- Κωδικοποιητικά πρωτεΐνες
- Πολύ υψηλή
- Υψηλή
- Χαμηλή
- Πολύ χαμηλή
Αυτή η σελίδα ως δεδομένα
Προσθέστε .json στη διεύθυνση της σελίδας ή ζητήστε application/json, για να τη διαβάσετε ως JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/ubr1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameΔιαβάστε το UBR1, και το υπόλοιπο γονιδίωμά σας, με μία εξέταση.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες
Αποκτήστε το Genome Test σαςΕπιμελημένη αναφορά που σχετίζεται με αυτό το γονίδιο
Σύνδρομο Johanson-Blizzard
- Αυτοσωμικός υπολειπόμενος
Υπολειπόμενη πάθηση που οφείλεται σε αλλαγές στο UBR1, με συγγενή αισθητηριακή-νευρική απώλεια ακοής, εξωκρινή παγκρεατική ανεπάρκεια, ανεπαρκή ανάπτυξη των πτερυγίων της μύτης και άλλα χαρακτηριστικά.
- Η ClinGen αξιολογεί τη σύνδεση ως οριστική
- 4 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
▶Δυνατότητα δράσης
Η γνώση αυτής της πάθησης επιτρέπει την έγκαιρη έναρξη της υποκατάστασης παγκρεατικών ενζύμων και της υποστήριξης της ακοής.
Πώς είναι διαταγμένο το UBR1
- Κωδικοποιούσα αλληλουχία
- Μη μεταφραζόμενη περιοχή
- Ιντρόνιο
- Κατεύθυνση μεταγραφής
- Γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο
- Περιοχές που τα σύντομα αναγνώσματα βρίσκουν δύσκολες
Εξόνια του μεταγράφηματος MANE Select του γονιδίου (έκδοση v1.5), από τα NCBI και το EMBL-EBI, στο γονιδίωμα αναφοράς GRCh38.
Ζώνες χρωμοσωμάτων από το ιδεόγραμμα GRCh38 του UCSC (2022-10-29).
Γειτονικά γονίδια από την έκδοση 116 του Ensembl, στο GRCh38.
Τα εξόνια αποτελούν 7,7 kb από τα 163,1 kb του γονιδίου· 5.250 από αυτές τις βάσεις κωδικοποιούν την πρωτεΐνη.
Αλληλούχιση UBR1
1Εύκολο
Πόσο δύσκολο είναι να αλληλουχηθεί το UBR1 με σύντομες αναγνώσεις, σε κλίμακα από 0 έως 100
0 · Εύκολο100 · Δύσκολο
Σχεδόν όλα τα εξόνια του UBR1 βρίσκονται σε σημεία όπου οι σύντομες αναγνώσεις αντιστοιχίζονται καθαρά.
Τι προσθέτει: το ποσοστό των εξονίων του UBR1 σε κάθε είδος δύσκολης περιοχής
- Δυνατότητα αντιστοίχισηςΤμήματα όπου αναγνώσεις 100 ή 250 bp δεν μπορούν να τοποθετηθούν με μοναδικό τρόπο, οπότε μια κλήση εκεί μπορεί να λείπει ή να είναι εσφαλμένη. Βάρος 35%.0%
- ΟμολογίαΤμηματικές διπλασιάσεις: αντίγραφα σε άλλα σημεία του γονιδιώματος, όπως παράλογοι και ψευδογονίδια, με ταυτότητα 90% ή μεγαλύτερη. Βάρος 30%.0%
- ΕπαναλήψειςΔιαδοχικές επαναλήψεις και σειρές της ίδιας βάσης, πάνω στις οποίες οι αναγνώσεις γλιστρούν και ενδέχεται να μην τις καλύπτουν πλήρως. Βάρος 15%.1,2%
- Περιεκτικότητα GCΠαράθυρα με λιγότερο από 25% ή περισσότερο από 65% G και C, τα οποία η προετοιμασία της βιβλιοθήκης καλύπτει αραιά. Βάρος 10%.4,3%
- Κάλυψη αναφοράςΚενά στη γειτονική συναρμολόγηση αναφοράς, όπου δεν υπάρχει ακολουθία στην οποία οι αναγνώσεις θα μπορούσαν να ευθυγραμμιστούν. Βάρος 10%.0%
Βαθμολογία της Dante Labs από τη δική μας έρευνα, βασισμένη στους χάρτες NIST Genome in a Bottle για δύσκολα προς αλληλούχιση περιοχές.Πώς υπολογίζεταιΚάθε μπάρα είναι το ποσοστό των βάσεων των εξονίων του UBR1 που βρίσκονται σε αυτό το είδος δύσκολης περιοχής. Η βαθμολογία τις σταθμίζει ανάλογα με το πόσο επιβαρύνει κάθε είδος μια κλήση με σύντομες αναγνώσεις: 0 όταν καμία βάση δεν βρίσκεται σε καμία, 100 όταν κάθε βάση βρίσκεται σε όλες.
17
θέσεις στο UBR1 όπου το ClinVar κατατάσσει μια μεταβολή ως παθογόνο ή πιθανώς παθογόνο
Καμία από αυτές δεν βρίσκεται σε περιοχή που οι σύντομες αναγνώσεις θεωρούν δύσκολη.
Ένα πλήρες γονιδίωμα καλύπτει και τα 163,1 kb του UBR1, συμπεριλαμβανομένων των ιντρονίων, και όχι μόνο τα 7,7 kb των εξονίων.
ClinVar pathogenic variants (17)
The UBR1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Παθογόνο 4
- Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο 1
- Πιθανώς παθογόνο 12
| Παραλλαγή | Conditions | Ταξινόμηση ClinVar | Κατάσταση αξιολόγησης |
|---|---|---|---|
| NM_174916.3(UBR1):c.529-13G>A (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_174916.3(UBR1):c.4524T>A (p.Tyr1508Ter) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.4107T>A (p.Cys1369Ter) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.3055C>T (p.Arg1019Ter) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.2379+1G>C (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.4745del (p.Asn1582fs) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.4291T>C (p.Ser1431Pro) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.3550del (p.His1184fs) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.3513T>G (p.Tyr1171Ter) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.2840-1G>A (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.1912-6T>G (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.1876_1882del (p.Gly626fs) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.1830dup (p.Leu611fs) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.1539+2T>G (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.1396C>T (p.Gln466Ter) (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.81+5G>C (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_174916.3(UBR1):c.81+1G>C (opens in a new tab) | Johanson-Blizzard syndrome | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
Χαρακτηριστικά που συνδέονται με το UBR1
Το Human Phenotype Ontology καταγράφει αυτά ως χαρακτηριστικά των σπάνιων παθήσεων που μπορεί να προκαλέσει το UBR1. Η σελίδα κάθε χαρακτηριστικού εμφανίζει τα άλλα γονίδια που συνδέονται με αυτό.
Abnormality of head or neck
- Downturned corners of mouth
- Long philtrum
- Upward slanting of the opening between the eyelids
- Yellowing of the whites of the eyes
- Abnormal dentition
- Short nose
- Underdeveloped tissue around nostril
- Absent lacrimal punctum
Εμφάνιση 11 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of the digestive system
- Absent anus
- Accumulation of fluid in the abdomen
- Enlarged liver
- Hepatic fibrosis
- Impaired release of bile from liver
- Liver failure
- Abnormality of the pancreas
- Inability to properly digest food due to lack of pancreatic digestive enzymes
Εμφάνιση 4 ακόμη χαρακτηριστικών
Laboratory abnormality
- Conjugated hyperbilirubinemia
- Elevated circulating alanine aminotransferase concentration
- Elevated circulating aspartate aminotransferase concentration
- Elevated gamma-glutamyltransferase level
- Decreased protein levels in blood
- Diabetes mellitus
- Fluid retention
- Anasarca
Εμφάνιση 3 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of the cardiovascular system
- Increased spleen size
- Portal hypertension
- Abnormal cardiac septum morphology
- Abnormal cardiovascular system morphology
- Heart tip and four chambers point towards right side of body
- Stretched and thinned heart muscle
- All organs on wrong side of body
- An opening in the wall separating the top two chambers of the heart
Εμφάνιση 2 ακόμη χαρακτηριστικών
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal vagina morphology
- Abnormality of the female genitalia
- Hydronephrosis
- Hypospadias
- Underdeveloped penis
- Double vagina
- Enlarged clitoris
- Short penis
Εμφάνιση 2 ακόμη χαρακτηριστικών
Εξωτερικοί σύνδεσμοι
Εγγραφές γονιδίου
Μεταγράφημα
Πρωτεΐνη
Από πού προέρχονται αυτά
- HGNC: το σύμβολο, το όνομα, τα άλλα σύμβολα και η θέση του γονιδίου.
- MANE Select v1.5, από NCBI και EMBL-EBI: το μεταγράφημα, τα εξόνιά του και η κωδικοποιούσα αλληλουχία.
- GenCC και ClinGen, έκδοση 2026-10-17: ποιες παθήσεις συνδέονται με το γονίδιο και πόσο ισχυρή είναι αυτή η σύνδεση.
- Η λίστα δευτερευόντων ευρημάτων του ACMG, SF v3.2.
- ClinVar και οι στρωματοποιήσεις GIAB: γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο, και οι περιοχές που οι βραχείες αναγνώσεις βρίσκουν δύσκολες.
- Οι στρωματοποιήσεις γονιδιώματος Genome in a Bottle, από το NIST: η βαθμολογία δυσκολίας αλληλούχισης.
- Το Human Phenotype Ontology, έκδοση 2026-09-01: τα χαρακτηριστικά που συνδέονται με το γονίδιο. Μάθετε περισσότερα στο hpo.jax.org.
- Έκδοση δεδομένων 2026.10.17-8666dff2.
Παραπομπή σε αυτή τη σελίδα
Dante Labs. (χ.η.). Γονίδιο UBR1: ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 1. Ανάκτηση 18 Οκτωβρίου 2026, από https://dantelabs.com/el/genes/ubr1
Dante Labs. Γονίδιο UBR1: ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 1 [Internet]. [ανακτήθηκε 18 Οκτωβρίου 2026]. Διαθέσιμο από: https://dantelabs.com/el/genes/ubr1
Ένα τεστ. Απαντήσεις για όλη τη ζωή.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες