Gén
PDX1
pancreatic and duodenal homeobox 1
- HGNC 6107↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000139515↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 3651↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 13q12.2
- Koordináták
- 13. kromoszóma: 27 920 000–27 926 313 (GRCh38)
- Exonok
- 2 exon, összesen 6,3 kb
- Fehérje
- 283 aminosav
- Más néven ismert
- IDX-1, STF-1, PDX-1, MODY4, GSF, IUF-1
- Korábbi jelölések
- IPF1
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000381033.5NM_000209.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/pdx1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a PDX1-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Diabetes Mellitus
A metabolic disorder characterized by abnormally high blood sugar levels due to diminished production of insulin or insulin resistance/desensitization.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: mérsékelt
- 4 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Teplizumab (Tzield) for stage 2 presymptomatic T1D (FDA approved 2022); insulin replacement at clinical T1D onset; TrialNet autoantibody screening for high-risk relatives; closed-loop insulin delivery systems
Maturity-Onset Diabetes Of The Young
- Autoszomális domináns
MODY (maturity-onset diabetes of the young) is a rare, familial, clinically and genetically heterogeneous form of diabetes characterized by young age of onset (generally 10-45 years of age) with maintenance of endogenous insulin production, lack of pancreatic beta-cell autoimmunity, absence of obesity and insulin resistance and extra-pancreatic manifestations in some subtypes.
- 4 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
GCK-MODY: no treatment needed; HNF1A/HNF4A-MODY: low-dose sulfonylureas; HNF1B-MODY: insulin + renal monitoring; T2D polygenic: lifestyle modification, metformin, GLP-1 agonists, SGLT2 inhibitors based on comorbidity profile
Neonatal Diabetes Mellitus
Diabetes diagnosed in the first months of life, either permanent or transient, caused by single-gene defects in insulin production or secretion.
- 1 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Most people with KCNJ11 or ABCC8 neonatal diabetes can switch from insulin injections to sulfonylurea tablets, often with better glucose control.
A PDX1 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 6,3 kb-jából 2,6 kb-ot tesznek ki; ezek közül 852 bázis kódolja a fehérjét.
PDX1 szekvenálása
8Könnyű
Mennyire nehéz a PDX1 szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-as skálán
0 · Könnyű100 · Nehéz
A PDX1 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen található, ahol a rövid olvasatok tisztán illeszthetők.
Ehhez hozzájárul: a PDX1 exonjainak aránya az egyes nehéz régiótípusokban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így az ott tett hívás hiányos vagy hibás lehet. Súly: 35%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genom más helyein található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 30%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázis ismétlődő szakaszai, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket esetleg nem fednek át. Súly: 15%.22%
- GC-tartalom25% alatti vagy 65% feletti G+C tartalmú ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 10%.46%
- Referencia-lefedettségA közelben lévő hiányok a referencia-összeállításban, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok illeszthetők lennének. Súly: 10%.0%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle nehezen szekvenálható régiókat bemutató térképeire épül.Hogyan számítjuk kiMinden oszlop a PDX1 exonbázisainak azon arányát mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban található. A pontszám ezeket aszerint súlyozza, hogy mennyibe kerül mindegyik a rövid olvasatokon alapuló hívás számára: 0, ha egyetlen bázis sem esik egyik régióba sem, 100, ha minden bázis mindegyikben benne van.
10
a PDX1 azon pozíciói, ahol a ClinVar a változást patogénnek vagy valószínűleg patogénnek minősíti
Ezek közül egyik sem olyan régióban található, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genom a PDX1 gén mind a 6,3 kb-ját lefedi, az intronokat is beleértve, nem csupán az exonok 2,6 kb-ját.
ClinVar pathogenic variants (11)
The PDX1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 3
- Valószínűleg patogén 8
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_000209.4(PDX1):c.188del (p.Pro63fs) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young and 3 others | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000209.4(PDX1):c.532G>A (p.Glu178Lys) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.533A>G (p.Glu178Gly) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.217del (p.Leu73fs) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.406+2T>C (opens in a new tab) | pancreatic agenesis 1 | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.442C>G (p.Arg148Gly) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.502A>C (p.Asn168His) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 and 1 other | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.533A>C (p.Glu178Ala) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.571A>C (p.Lys191Gln) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.671_672dup (p.Gln225fs) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young and 3 others | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000209.4(PDX1):c.735dup (p.Gly246fs) (opens in a new tab) | maturity-onset diabetes of the young type 4 | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- ABCC8ATP binding cassette subfamily C member 83 betegséget oszt meg
- GCKglucokinase3 betegséget oszt meg
- HNF1BHNF1 homeobox B3 betegséget oszt meg
- INSinsulin3 betegséget oszt meg
- KCNJ11potassium inwardly rectifying channel subfamily J member 113 betegséget oszt meg
- NEUROD1neuronal differentiation 13 betegséget oszt meg
- APPL1adaptor protein, phosphotyrosine interacting with PH domain and leucine zipper 12 betegséget oszt meg
- BSCL2BSCL2 lipid droplet biogenesis associated, seipin2 betegséget oszt meg
- CELcarboxyl ester lipase2 betegséget oszt meg
- EIF2B1eukaryotic translation initiation factor 2B subunit alpha2 betegséget oszt meg
- GATA4GATA binding protein 42 betegséget oszt meg
- GATA6GATA binding protein 62 betegséget oszt meg
A(z) PDX1 génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) PDX1 gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Laboratory abnormality
- Decreased circulating C-peptide concentration
- Neonatal insulin-dependent diabetes mellitus
- Dehydration
- Glucose in urine
- High blood sugar
- Abnormal circulating C-peptide concentration
- Abnormal oral glucose tolerance
- Glucose intolerance
Még 10 tulajdonság megjelenítése
Abnormality of the nervous system
- Generalized myoclonic seizure
- Global developmental delay
- Grand mal seizures
- Intellectual disability
- Motor delay
- Neurodevelopmental delay
- Apraxia
- Ataxia
Még 3 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-18 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.18-8b139e39.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). PDX1 gén: pancreatic and duodenal homeobox 1. Lekérve: 2026. október 18., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/pdx1
Dante Labs. PDX1 gén: pancreatic and duodenal homeobox 1 [Internet]. [idézve: 2026. október 18.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/pdx1
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt