Gen
TNFRSF1A
TNF receptor superfamily member 1A
- HGNC 11916↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000067182↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 7132↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 12p13.31
- Koordinater
- Kromosom 12: 6.328.771–6.342.076 (GRCh38)
- Exoner
- 10 exoner fordelt over 13,3 kb
- Protein
- 455 aminosyrer
- Også kendt som
- TNF-R, TNFAR, TNFR60, TNF-R-I, CD120a, TNF-R55
- Tidligere symboler
- TNFR1
- MANE Select-transkript
- ENST00000162749.7NM_001065.4
- Lokustype
- Proteinkodende
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/tnfrsf1a.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs TNFRSF1A og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurateret rapport relevant for dette gen
Arvelige periodiske febersyndromer
- TNF-receptor-associeret periodisk syndrom (TRAPS)Autosomal dominant
Forårsaget af ændringer i TNFRSF1A fører det til langvarige febertilfælde med mavesmerter, muskelsmerter, udslæt og hævelse omkring øjnene.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 7 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Antiinflammatorisk behandling og interleukin-1-blokade reducerer anfald og den langsigtede risiko for nyreamyloidose.
Sådan er TNFRSF1A opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Kendte sygdomsfremkaldende steder
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 2,2 kb af genets 13,3 kb; 1.368 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af TNFRSF1A
8Let
Hvor svær TNFRSF1A er at sekventere med korte reads, ud af 100
0 · Let100 · Svær
Næsten alle TNFRSF1As exons ligger, hvor korte reads kan kortlægges tydeligt.
Det, der lægger oven i: andelen af TNFRSF1As exons i hver type svær region
- KortlægbarhedStrækninger, hvor 100 eller 250 bp reads ikke kan placeres entydigt, så et kald der kan mangle eller være forkert. Vægt 100 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Vægt 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Vægt 60 %.0 %
- ReferencedækningHuller i den nærliggende referencesamling, hvor der ikke findes nogen sekvens, som reads kan alignes til. Vægt 50 %.0 %
- GentagelserTandem-gentagelser og serier af én base, som reads glider på og måske ikke spænder over. Vægt 30 %.8,1 %
- GC-indholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker tyndt. Vægt 20 %.27 %
En Dante Labs-score baseret på vores egen forskning, bygget på NIST's Genome in a Bottle-kort over svært sekventerbare regioner.Sådan scores detHver søjle er andelen af TNFRSF1As exon-baser i den pågældende type svær region. Én type kan alene gøre et gen svært, og hver ekstra type tilføjer mindre: 0, når ingen base er i nogen, 100, når alle baser er der, hvor reads ikke kan placeres entydigt.
20
positioner i TNFRSF1A, hvor ClinVar klassificerer en ændring som patogen eller sandsynligvis patogen
Ingen af dem ligger i en region, som korte reads har svært ved at finde.
En hel genomsekventering dækker alle 13,3 kb af TNFRSF1A, inklusive introns, og ikke kun de 2,2 kb af exons.
ClinVar pathogenic variants (23)
The TNFRSF1A variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 7
- Patogen/sandsynligvis patogen 3
- Sandsynligvis patogen 13
| Variant | Conditions | ClinVar-klassifikation | Gennemgangsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.251G>A (p.Cys84Tyr) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.236C>T (p.Thr79Met) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome and 1 other | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.295T>C (p.Cys99Arg) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.176G>C (p.Cys59Ser) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.123T>G (p.Asp41Glu) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome and 1 other | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.361C>T (p.Arg121Trp) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.306C>G (p.Cys102Trp) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.305G>A (p.Cys102Tyr) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.176G>A (p.Cys59Tyr) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.175T>C (p.Cys59Arg) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.173G>T (p.Cys58Phe) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.950_951insTG (p.Tyr318fs) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.596T>A (p.Ile199Asn) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.472+1G>A (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.380G>A (p.Cys127Tyr) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.349T>G (p.Cys117Gly) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.305G>T (p.Cys102Phe) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.241T>C (p.Cys81Arg) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.215G>A (p.Cys72Tyr) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.215G>T (p.Cys72Phe) (opens in a new tab) | autoinflammatory syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.214T>C (p.Cys72Arg) (opens in a new tab) | autoinflammatory syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.172T>G (p.Cys58Gly) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_001065.4(TNFRSF1A):c.121G>C (p.Asp41His) (opens in a new tab) | TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome | Sandsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
Træk knyttet til TNFRSF1A
Human Phenotype Ontology angiver disse som kendetegn ved de sjældne tilstande, TNFRSF1A kan forårsage. Hvert træks side viser de andre gener, der er knyttet til det.
Abnormality of the digestive system
- Abdominal pain
- Diarrhea
- Constipation
- Intestinal obstruction
- Vomiting
- Chronic constipation
- Chronic diarrhea
- Enlarged liver
Vis 1 træk mere
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- GenCC og ClinGen, udgivet 2026-10-19: hvilke tilstande genet er forbundet med, og hvor stærkt.
- ACMG-listen over sekundære fund, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifikationerne: kendte sygdomsfremkaldende steder og de regioner, som korte læsninger har svært ved.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: de træk, der er knyttet til genet. Læs mere på hpo.jax.org.
- Dataudgivelse 2026.10.19-9814e911.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). TNFRSF1A-genet: TNF receptor superfamily member 1A. Hentet 19. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/tnfrsf1a
Dante Labs. TNFRSF1A-genet: TNF receptor superfamily member 1A [Internet]. [citeret 19. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/tnfrsf1a
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger