Gen
HNRNPH2
heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2
- HGNC 5042↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000126945↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 3188↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- Xq22.1
- Koordinater
- Kromosom X: 101 408 222–101 414 133 (GRCh38)
- Eksoner
- 2 eksoner over 5,9 kb
- Protein
- 449 aminosyrer
- Også kjent som
- hnRNPH', FTP3, HNRPH'
- Tidligere symboler
- HNRPH2
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000316594.6NM_019597.5
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/hnrnph2.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes HNRNPH2 og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Epilepsi (fullstendig panel)
- X-bundet kompleks nevroutviklingsforstyrrelse
En kompleks nevroutviklingsforstyrrelse som arves X-bundet, og som kjennetegnes av intellektuell funksjonsnedsettelse, autisme og epilepsi.
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 1 GenCC-innsender vurderer den som definitiv eller sterk
Bredere grupperinger
Intellektuell funksjonsnedsettelse
Ett av 233 gener knyttet til den
- 3 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
Slik er HNRNPH2 bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Kjente sykdomsfremkallende posisjoner
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 2,3 kb av genets 5,9 kb, og 1 350 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av HNRNPH2
29Moderat
Hvor vanskelig HNRNPH2 er å sekvensere med korte leser, av 100Hver stolpe er andelen av HNRNPH2s eksonbaser i den typen vanskelige regioner. Poengsummen vekter dem etter hvor mye hver enkelt koster for et kortlest-kall: 0 når ingen base er i noen, 100 når hver base er i alle.
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, så et kall der kan mangle eller være feil. Vekt 35 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 30 %.95 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Vekt 15 %.5,5 %
- GC-innholdVinduer under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Vekt 10 %.0 %
- ReferansedekningHull i referansesammenstillingen i nærheten, der det ikke finnes noen sekvens som leser kan justeres mot. Vekt 10 %.0 %
10
posisjoner i HNRNPH2 der ClinVar klassifiserer en endring som patogen eller sannsynligvis patogen
9 av dem (90 %) faller i områder som korte leser har vanskelig for å lese.
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (9 posisjoner)
Et helt genom dekker alle 5,9 kb av HNRNPH2, inkludert introner, og ikke bare de 2,3 kb med eksoner.
Gener knyttet til de samme tilstandene
- ARHGEF9Cdc42 guanine nucleotide exchange factor 9Deler 2 tilstander
- CLCN4Cl-/H+ antiporter 4Deler 2 tilstander
- CNKSR2connector enhancer of kinase suppressor of Ras 2Deler 2 tilstander
- FRMPD4FERM and PDZ domain containing 4Deler 2 tilstander
- FTSJ1FtsJ RNA 2'-O-methyltransferase 1Deler 2 tilstander
- GRIA3glutamate ionotropic receptor AMPA type subunit 3Deler 2 tilstander
- IL1RAPL1interleukin 1 receptor accessory protein like 1Deler 2 tilstander
- IQSEC2IQ motif and Sec7 domain ArfGEF 2Deler 2 tilstander
- KDM5Clysine demethylase 5CDeler 2 tilstander
- NEXMIFneurite extension and migration factorDeler 2 tilstander
- PAK3p21 (RAC1) activated kinase 3Deler 2 tilstander
- PCDH19protocadherin 19Deler 2 tilstander
Egenskaper knyttet til HNRNPH2
The Human Phenotype Ontology lister disse som kjennetegn ved de sjeldne tilstandene HNRNPH2 kan forårsake. Hver egenskaps side viser de andre genene som er knyttet til den.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- GenCC og ClinGen, utgitt 2026-10-17: hvilke tilstander genet er knyttet til, og hvor sterkt.
- ACMGs liste over sekundære funn, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifiseringene: kjente sykdomsfremkallende steder, og regionene som korte leser finner vanskelige.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
- The Human Phenotype Ontology, versjon 2026-09-01: egenskapene knyttet til genet. Les mer på hpo.jax.org.
- Datautgave 2026.10.17-8666dff2.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). HNRNPH2-genet: heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/hnrnph2
Dante Labs. HNRNPH2-genet: heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 [Internett]. [sitert 18. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/hnrnph2
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker