AtlasGen
SLC39A13
solute carrier family 39 member 13
- HGNC 20859↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000165915↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 91252↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 11p11.2
- Coördinaten
- Chromosoom 11: 47.408.590–47.416.496 (GRCh38)
- Exons
- 10 exons over 7,9 kb
- Eiwit
- 371 aminozuren
- Ook bekend als
- FLJ25785, LZT-Hs9, ZIP13, ZIP-13
- MANE Select-transcript
- ENST00000362021.9NM_001128225.3
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
AtlasDeze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/slc39a13.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees SLC39A13 en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerd rapport over dit gen
Ehlers-Danlos-syndroom
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 5 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
Opbouw van SLC39A13
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Bekende ziekteveroorzakende posities
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 2,3 kb van de 7,9 kb van het gen; 1.116 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing SLC39A13
14Makkelijk
Hoe moeilijk SLC39A13 is om met korte reads te sequencen, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Bijna alle exonen van SLC39A13 liggen op plaatsen waar korte reads schoon in kaart worden gebracht.
Wat er nog bij komt: het aandeel van de exonen van SLC39A13 in elk soort moeilijke regio
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek kunnen worden geplaatst, zodat een call daar mogelijk ontbreekt of fout is. Gewicht 100%.0%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, bij 90% identiteit of meer. Gewicht 60%.0%
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Gewicht 60%.0%
- ReferentiedekkingGaten in de nabijgelegen referentie-assemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen uitlijnen. Gewicht 50%.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die mogelijk niet volledig worden overspannen. Gewicht 30%.2,1%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die de bibliotheekbereiding dun dekt. Gewicht 20%.67%
Een score van Dante Labs op basis van ons eigen onderzoek, gebouwd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Hoe de score wordt berekendElke balk is het aandeel van de exonbasen van SLC39A13 in dat soort moeilijke regio. Elk soort kan op zichzelf een gen moeilijk maken, en elk extra soort voegt steeds minder toe: 0 als geen enkele base in een regio ligt, 100 als elke base op een plek ligt waar reads niet uniek kunnen worden geplaatst.
2
posities in SLC39A13 waar ClinVar een wijziging als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen indeelt
Geen daarvan valt in een regio die korte reads moeilijk vinden.
Een volledig genoom dekt alle 7,9 kb van SLC39A13, inclusief intronen, en niet alleen de 2,3 kb aan exonen.
ClinVar pathogenic variants (2)
The SLC39A13 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Pathogeen 1
- Waarschijnlijk pathogeen 1
| Variant | Conditions | ClinVar-classificatie | Reviewstatus |
|---|---|---|---|
| NM_001128225.3(SLC39A13):c.483_491del (p.Phe162_Ala164del) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, spondylodysplastic type, 3 | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001128225.3(SLC39A13):c.333C>G (p.Ser111Arg) (opens in a new tab) | Ehlers-Danlos syndrome, spondylodysplastic type, 3 | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
Genen die aan dezelfde aandoeningen zijn gekoppeld
- ADAMTS2ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 2Deelt 1 aandoening
- AEBP1AE binding protein 1Deelt 1 aandoening
- B3GALT6beta-1,3-galactosyltransferase 6Deelt 1 aandoening
- B4GALT7beta-1,4-galactosyltransferase 7Deelt 1 aandoening
- C1Rcomplement C1rDeelt 1 aandoening
- C1Scomplement C1sDeelt 1 aandoening
- CHST14carbohydrate sulfotransferase 14Deelt 1 aandoening
- COL12A1collagen type XII alpha 1 chainDeelt 1 aandoening
- COL1A1collagen type I alpha 1 chainDeelt 1 aandoening
- COL1A2collagen type I alpha 2 chainDeelt 1 aandoening
- COL3A1collagen type III alpha 1 chainDeelt 1 aandoening
- COL5A1collagen type V alpha 1 chainDeelt 1 aandoening
Kenmerken gekoppeld aan SLC39A13
De Human Phenotype Ontology vermeldt deze als kenmerken van de zeldzame aandoeningen die SLC39A13 kan veroorzaken. Op de pagina van elk kenmerk staan de andere genen die ermee verband houden.
Abnormality of head or neck
- Depressed nasal bridge
- Webbed neck
- Bifid uvula
- Downward slanting of the opening between the eyelids
- Bad bite
- Delayed eruption of teeth
- Failure of development of between one and six teeth
- Frontal bossing
Toon 1 kenmerk meer
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- GenCC en ClinGen, uitgebracht in 2026-10-19: welke aandoeningen aan het gen zijn gekoppeld en hoe sterk die koppeling is.
- De ACMG-lijst met secundaire bevindingen, SF v3.2.
- ClinVar en de GIAB-stratificaties: bekende ziekteveroorzakende posities en de regio's die short reads moeilijk vinden.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
- De Human Phenotype Ontology, versie 2026-09-01: de kenmerken die aan het gen zijn gekoppeld. Meer informatie vindt u op hpo.jax.org.
- Gegevensrelease 2026.10.19-9814e911.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). SLC39A13-gen: solute carrier family 39 member 13. Geraadpleegd op 19 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/slc39a13
Dante Labs. SLC39A13-gen: solute carrier family 39 member 13 [Internet]. [geraadpleegd 19 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/slc39a13
AtlasEén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken