Gen
SLC5A7
solute carrier family 5 member 7
- HGNC 14025↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000115665↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 60482↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 2q12.3
- Koordinater
- Kromosom 2: 107 986 524–108 013 994 (GRCh38)
- Exoner
- 9 exoner på 27,5 kb
- Protein
- 580 aminosyror
- Även känd som
- hCHT, CHT1, ChT
- MANE Select-transkript
- ENST00000264047.3NM_021815.5
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/slc5a7.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs SLC5A7, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Charcot-Marie-Tooth-sjukdom
- Distal hereditär motorisk neuropati
Ärftliga neuropatier som främst påverkar motoriska nerver och ger svaghet och muskelatrofi i händer och fötter, inklusive SORD-relaterad neuropati.
- ClinGen bedömer kopplingen som måttlig
- 2 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
Kongenitalt myasteniskt syndrom
- Medfödda myastena syndrom (alla typer)
Samlingsbegrepp för alla medfödda myastena syndrom, inklusive de vanliga formerna med CHRNE, RAPSN, DOK7 och MUSK.
- 4 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Många former svarar på särskilda läkemedel, till exempel pyridostigmin, salbutamol eller efedrin, och vilket som är rätt beror på vilken gen som är inblandad.
Spinal muskelatrofi
En grupp sjukdomar som kännetecknas av degeneration av främre hornceller i ryggmärgen, vilket leder till progressiv muskelsvaghet och muskelatrofi.
- ClinGen bedömer kopplingen som måttlig
- 2 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Genterapi (onasemnogenabeparvovec), antisensoligonukleotidbehandling (nusinersen), oral splicingmodifierare (risdiplam), understödjande vård
Bredare grupperingar
Ärftliga neurodegenerativa sjukdomar
- KIF5A-relaterad neurodegenerativ sjukdomAutosomalt dominant
En av 372 gener kopplade till den
Orsakas av förändringar i en kopia av KIF5A, som kodar för ett motorprotein med en svans som binder lastmolekyler. Olika typer av förändringar leder till olika tillstånd: hereditär spastisk paraplegi typ 10, en axonal form av Charcot-Marie-Tooths sjukdom och amyotrofisk lateralskleros (ALS).
- ClinGen bedömer kopplingen som måttlig
- 2 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Vården är symtomlindrande och beror på hur sjukdomen visar sig, och omfattar bland annat sjukgymnastik, läkemedel mot spasticitet och multidisciplinär ALS-vård. Varje barn till en drabbad person har 1 av 2 chans att ärva förändringen; genetisk rådgivning hjälper familjer att förstå detta.
Sällsynta ärftliga perifera neuropatier
- Ärftlig perifer neuropati
En av 233 gener kopplade till den
Orsakas av förändringar i någon av de många gener som behövs för att hålla de långa nervfibrerna friska. I denna rapport ingår bland annat IGHMBP2 och PLEKHG5, som är recessiva.
- ClinGen bedömer kopplingen som måttlig
- 2 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Sjukgymnastik, ortoser och arbetsterapi hjälper till att bibehålla rörligheten, och kirurgi vid fotdeformiteter görs vid behov. Vissa former kräver uppföljning av andningen. Genetisk rådgivning vägleder släktingstestning utifrån gens ärftlighetsmönster.
Så är SLC5A7 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Kända sjukdomsorsakande ställen
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 5,2 kb av genens 27,5 kb, och 1 743 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av SLC5A7
1Lätt
Hur svår SLC5A7 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i SLC5A7 ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som adderar: andelen av SLC5A7:s exoner i varje typ av svårt område
- MappbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 35 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 30 %.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och som kanske inte spänner över. Vikt 15 %.4 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunnt. Vikt 10 %.8,8 %
- ReferenstäckningLuckor i referensassemblyn i närheten, där det inte finns någon sekvens för läsningar att anpassas mot. Vikt 10 %.0 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, byggd på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade områden.Så beräknas poängenVarje stapel är andelen av SLC5A7:s exonbaser i just den typen av svårt område. Varje typ kan i sig göra en gen svår, och varje ytterligare typ adderar mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
14
positioner i SLC5A7 där ClinVar klassar en förändring som patogen eller trolig patogen
Ingen av dem ligger i ett område som korta läsningar har svårt för.
En helgenomsekvensering täcker alla 27,5 kb av SLC5A7, inklusive introner, inte bara de 5,2 kb exoner.
ClinVar pathogenic variants (14)
The SLC5A7 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 6
- Sannolikt patogen 8
| Variant | Conditions | ClinVar-klassificering | Granskningsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_021815.5(SLC5A7):c.895+1G>C (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Sannolikt patogen | ★★★★2 stjärnor av 4 kriterier angivna, flera inlämnare, inga konflikter |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.81G>A (p.Trp27Ter) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.101dup (p.Ser34fs) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.134del (p.Gly45fs) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.364dup (p.Tyr122fs) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.719G>A (p.Trp240Ter) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.836del (p.Phe279fs) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.123_126del (p.Ala41_Ile42insTer) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.179-2A>G (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.292+1G>A (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.742-2A>G (opens in a new tab) | neuronopathy, distal hereditary motor, type 7A | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.881T>C (p.Ile294Thr) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.1082G>A (p.Arg361Gln) (opens in a new tab) | congenital myasthenic syndrome 20 and 1 other | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021815.5(SLC5A7):c.1503_1506del (p.Phe502fs) (opens in a new tab) | neuronopathy, distal hereditary motor, type 7A | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
Gener kopplade till samma tillstånd
- ATP7AATPase copper transporting alphaDelar 4 tillstånd
- BSCL2BSCL2 lipid droplet biogenesis associated, seipinDelar 4 tillstånd
- DCTN1dynactin subunit 1Delar 4 tillstånd
- DNAJB2DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B2Delar 4 tillstånd
- DYNC1H1dynein cytoplasmic 1 heavy chain 1Delar 4 tillstånd
- EMILIN1elastin microfibril interfacer 1Delar 4 tillstånd
- FBXO38F-box protein 38Delar 4 tillstånd
- GARS1glycyl-tRNA synthetase 1Delar 4 tillstånd
- HSPB8heat shock protein family B (small) member 8Delar 4 tillstånd
- IGHMBP2immunoglobulin mu DNA binding protein 2Delar 4 tillstånd
- PLEKHG5pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G5Delar 4 tillstånd
- REEP1receptor accessory protein 1Delar 4 tillstånd
Egenskaper kopplade till SLC5A7
Human Phenotype Ontology listar dessa som kännetecken för de sällsynta tillstånd som SLC5A7 kan orsaka. Varje egenskaps sida visar de andra gener som är kopplade till den.
Abnormality of the musculoskeletal system
- Increased jitter at single fiber EMG
- Arthrogryposis multiplex congenita
- Fatigable weakness
- Low muscle tone
- Muscle weakness
- Hunched back
- Muscle degeneration
- Neck muscle weakness
Visa ytterligare 5 egenskaper
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- GenCC och ClinGen, släppta 2026-10-18: vilka tillstånd genen är kopplad till och hur starkt.
- ACMG:s lista över sekundära fynd, SF v3.2.
- ClinVar och GIAB-stratifieringarna: kända sjukdomsframkallande positioner och de områden som kortläsningar har svårt för.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: egenskaperna som är kopplade till genen. Läs mer på hpo.jax.org.
- Dataversion 2026.10.18-8b139e39.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). SLC5A7-genen: solute carrier family 5 member 7. Hämtad 19 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/slc5a7
Dante Labs. SLC5A7-genen: solute carrier family 5 member 7 [Internet]. [citerad 19 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/slc5a7
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor