Gene
SH2D1A
SH2 domain containing 1A
- HGNC 10820↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000183918↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 4068↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- Xq25
- Coordinate
- Cromosoma X: 124.346.563–124.373.160 (GRCh38)
- Esoni
- 4 esoni su 26,6 kb
- Proteina
- 128 amminoacidi
- Noto anche come
- XLP, MTCP1, DSHP, XLPD, EBVS, SAP
- Simboli precedenti
- IMD5, LYP
- Trascritto MANE Select
- ENST00000371139.9NM_002351.5
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Malattia linfoproliferativa legata al cromosoma X e XMEN
- Malattia linfoproliferativa legata al cromosoma XRecessiva legata all'X
Grave infezione da EBV, HLH, bassi livelli di anticorpi e rischio di linfoma causati da alterazioni in SH2D1A (XLP1) o XIAP (XLP2).
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 4 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
Il trapianto di cellule staminali può essere curativo per la XLP1; la diagnosi orienta anche il trattamento della HLH, la terapia sostitutiva con immunoglobuline e il test dei familiari.
Raggruppamenti più ampi
Altri errori innati dell'immunità
- Immunodeficienza primaria
Uno di 114 geni collegati ad esso
Malattie ereditarie del sistema immunitario causate da alterazioni di singoli geni, che influiscono sul modo in cui l'organismo combatte le infezioni o regola l'infiammazione.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 4 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
- Malattia da immunodeficienza
Uno di 170 geni collegati ad esso
Malattia caratterizzata da un deficit o da un'anomalia nei meccanismi dell'immunità, sia essa cellulare o umorale.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 4 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
HSCT per SCID e PID gravi; terapia sostitutiva con immunoglobuline (IVIG/SCIG) per i deficit anticorpali; leniolisib (Joenja, FDA 2023) per APDS; terapia genica per ADA-SCID; abatacept per il deficit di CTLA4/LRBA; profilassi antibiotica; G-CSF per CGD
Struttura di SH2D1A
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 2,2 kb dei 26,6 kb del gene; 387 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di SH2D1A
6Facile
Quanto è difficile sequenziare SH2D1A con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Quasi tutti gli esoni di SH2D1A si trovano in punti in cui le letture corte si allineano con chiarezza.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di SH2D1A in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.0%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.7,7%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.19%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di SH2D1A in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
26
posizioni in SH2D1A in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse rientra in una regione che le letture corte faticano a sequenziare.
Un genoma intero copre tutti i 26,6 kb di SH2D1A, introni inclusi, e non solo i 2,2 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (28)
The SH2D1A variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 20
- Probabilmente patogena 8
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_002351.5(SH2D1A):c.2T>C (p.Met1Thr) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.163C>T (p.Arg55Ter) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency and 1 other | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.1A>G (p.Met1Val) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.20A>G (p.Tyr7Cys) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative syndrome | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.106dup (p.Ser36fs) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.126C>A (p.Cys42Ter) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.138-2A>G (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.138-1G>A (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.160T>A (p.Tyr54Asn) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.191G>A (p.Trp64Ter) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency and 1 other | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.192G>A (p.Trp64Ter) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.201+1dup (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.201+1G>A (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.201+1G>C (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.201+2T>C (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.202-1G>C (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.245dup (p.Asn82fs) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.251T>C (p.Ile84Thr) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.261dup (p.Gln88fs) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.295C>T (p.Gln99Ter) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.5A>G (p.Asp2Gly) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.137+1G>A (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.162C>A (p.Tyr54Ter) (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.164G>A (p.Arg55Gln) (opens in a new tab) | lymphoproliferative syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002351.5(SH2D1A):c.197_201+9del (opens in a new tab) | X-linked lymphoproliferative disease due to SH2D1A deficiency | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
See all 28 with every other SH2D1A variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Geni associati alle stesse condizioni
- XIAPX-linked inhibitor of apoptosisCondivide 3 condizioni
- AICDAactivation induced cytidine deaminaseCondivide 2 condizioni
- ATP6AP1ATPase H+ transporting accessory protein 1Condivide 2 condizioni
- BCL10BCL10 immune signaling adaptorCondivide 2 condizioni
- BCL11BBCL11 transcription factor BCondivide 2 condizioni
- BLNKB cell linkerCondivide 2 condizioni
- BTKBruton tyrosine kinaseCondivide 2 condizioni
- C1QAcomplement C1q A chainCondivide 2 condizioni
- C1QBcomplement C1q B chainCondivide 2 condizioni
- C1QCcomplement C1q C chainCondivide 2 condizioni
- C1Scomplement C1sCondivide 2 condizioni
- C2complement C2Condivide 2 condizioni
Tratti collegati a SH2D1A
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che SH2D1A può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-19: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.19-9814e911.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene SH2D1A: SH2 domain containing 1A. Consultato il 19 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/sh2d1a
Dante Labs. Gene SH2D1A: SH2 domain containing 1A [Internet]. [citato il 19 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/sh2d1a
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