Gen
RPIA
ribose 5-phosphate isomerase A
- HGNC 10297↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000153574↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 22934↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 2p11.2
- Koordinater
- Kromosom 2: 88 691 673–88 750 929 (GRCh38)
- Eksoner
- 9 eksoner over 59,3 kb
- Protein
- 311 aminosyrer
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000283646.5NM_144563.3
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/rpia.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes RPIA og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Arvelige nevrodegenerative sykdommer
- KIF5A-relatert nevrodegenerativ sykdomAutosomal dominant
Ett av 372 gener knyttet til den
Forårsaket av endringer i én kopi av KIF5A, som koder for et motorprotein med en halevedel som binder last. Ulike typer endringer fører til ulike tilstander: hereditær spastisk paraplegi type 10, en aksonal form av Charcot-Marie-Tooths sykdom og amyotrofisk lateralsklerose (ALS).
- 3 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Behandlingen er symptomatisk og avhenger av sykdomsbildet, og omfatter fysioterapi, legemidler mot spastisitet og tverrfaglig ALS-oppfølging. Hvert barn av en berørt person har 1 av 2 sjanse for å arve endringen; genetisk veiledning hjelper familier å forstå dette.
Andre arvelige leukodystrofier
- Leukodystrofi (andre og uspesifiserte typer)
Ett av 80 gener knyttet til den
Arvelige tilstander som skader eller hindrer normal dannelse av myelin, den hvite substansen i hjernen og ryggmargen. De ulike typene arves autosomalt recessivt, autosomalt dominant eller X-bundet, avhengig av genet som er involvert.
- 3 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Kjennskap til den spesifikke genetiske årsaken kan avslutte en diagnostisk leting, veilede støttende behandling og oppfølging, vise om en spesifikk behandling finnes, og gjøre det mulig å teste slektninger.
Slik er RPIA bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Kjente sykdomsfremkallende posisjoner
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 1,8 kb av genets 59,3 kb, og 936 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av RPIA
7Lett
Hvor vanskelig RPIA er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Nesten alle eksonene til RPIA ligger der korte leser kartlegges godt.
Det som bidrar: andelen av eksonene til RPIA i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, slik at en påvisning der kan mangle eller være feil. Vekt 100 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Vekt 60 %.0 %
- ReferansedekningHull i den nærliggende referanseassembleringen, der det ikke finnes sekvens for leser å justere mot. Vekt 50 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser kan glippe på og kanskje ikke spenner over. Vekt 30 %.5,4 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som bibliotekforberedelsen dekker tynt. Vekt 20 %.30 %
En Dante Labs-score basert på egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over vanskelig sekvenserbare områder.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbaser i RPIA i den typen vanskelig område. Én type kan i seg selv gjøre et gen vanskelig, og hver ekstra type bidrar mindre: 0 når ingen baser er i noen, 100 når alle baser ligger der leser ikke kan plasseres entydig.
5
posisjoner i RPIA der ClinVar klassifiserer en endring som patogen eller sannsynlig patogen
Ingen av dem ligger i et område som korte leser har problemer med.
En helgenomsekvensering dekker alle 59,3 kb av RPIA, inkludert introner, ikke bare de 1,8 kb med eksoner.
ClinVar pathogenic variants (5)
The RPIA variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 3
- Sannsynligvis patogen 2
| Variant | Conditions | ClinVar-klassifisering | Vurderingsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_144563.3(RPIA):c.347-1G>A (opens in a new tab) | ribose-5-P isomerase deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne av 4 kriterier oppgitt, én innsender |
| NM_144563.3(RPIA):c.451C>T (p.Arg151Ter) (opens in a new tab) | ribose-5-P isomerase deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne av 4 kriterier oppgitt, én innsender |
| NM_144563.3(RPIA):c.679C>T (p.Arg227Ter) (opens in a new tab) | ribose-5-P isomerase deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne av 4 kriterier oppgitt, én innsender |
| NM_144563.3(RPIA):c.253G>A (p.Ala85Thr) (opens in a new tab) | ribose-5-P isomerase deficiency | Sannsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne av 4 kriterier oppgitt, én innsender |
| NM_144563.3(RPIA):c.770T>C (p.Ile257Thr) (opens in a new tab) | ribose-5-P isomerase deficiency | Sannsynligvis patogen | ★★★★1 stjerne av 4 kriterier oppgitt, én innsender |
Gener knyttet til de samme tilstandene
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Deler 2 tilstander
- AARS2alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrialDeler 2 tilstander
- ABCD1ATP binding cassette subfamily D member 1Deler 2 tilstander
- ACER3alkaline ceramidase 3Deler 2 tilstander
- ADARadenosine deaminase RNA specificDeler 2 tilstander
- AIMP1aminoacyl tRNA synthetase complex interacting multifunctional protein 1Deler 2 tilstander
- AIMP2aminoacyl tRNA synthetase complex interacting multifunctional protein 2Deler 2 tilstander
- ALDH3A2aldehyde dehydrogenase 3 family member A2Deler 2 tilstander
- ARSAarylsulfatase ADeler 2 tilstander
- ASPAaspartoacylaseDeler 2 tilstander
- ATP11AATPase phospholipid transporting 11ADeler 2 tilstander
- CLCN2chloride voltage-gated channel 2Deler 2 tilstander
Egenskaper knyttet til RPIA
The Human Phenotype Ontology lister disse som kjennetegn ved de sjeldne tilstandene RPIA kan forårsake. Hver egenskaps side viser de andre genene som er knyttet til den.
Laboratory abnormality
- Elevated circulating ribitol concentration
- Decreased CSF erythritol concentration
- Decreased level of erythritol in urine
- Elevated circulating D-threitol concentration
- Increased CSF D-threitol concentration
- Increased CSF ribitol concentration
- Increased CSF ribose concentration
- Increased CSF xylitol concentration
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- GenCC og ClinGen, utgitt 2026-10-19: hvilke tilstander genet er knyttet til, og hvor sterkt.
- ACMGs liste over sekundære funn, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifiseringene: kjente sykdomsfremkallende steder, og regionene som korte leser finner vanskelige.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
- The Human Phenotype Ontology, versjon 2026-09-01: egenskapene knyttet til genet. Les mer på hpo.jax.org.
- Datautgave 2026.10.19-9814e911.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). RPIA-genet: ribose 5-phosphate isomerase A. Hentet 19. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/rpia
Dante Labs. RPIA-genet: ribose 5-phosphate isomerase A [Internett]. [sitert 19. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/rpia
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker