Gén
SMN1
survival of motor neuron 1, telomeric
- HGNC 11117↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000172062↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 6606↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 5q13.2
- Koordináták
- 5. kromoszóma: 70 925 087–70 953 015 (GRCh38)
- Exonok
- 9 exon, összesen 27,9 kb
- Fehérje
- 294 aminosav
- Más néven ismert
- BCD541, SMNT, SMA1, SMA2, SMA3, GEMIN1, TDRD16A
- Korábbi jelölések
- SMA@, SMA
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000380707.9NM_000344.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/smn1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a SMN1-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Spinal Muscular Atrophy
A group of disorders characterised by degeneration of spinal cord anterior horn cells, leading to progressive muscle weakness and atrophy.
- 6 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Gene therapy (onasemnogene abeparvovec), antisense oligonucleotide therapy (nusinersen), oral splicing modifier (risdiplam), supportive care
Átfogóbb csoportosítások
Inherited Neurodegenerative Disorders
- KIF5A-Related Neurodegenerative DisorderAutoszomális domináns
A 372 hozzá kapcsolódó gén egyike
Caused by changes in one copy of KIF5A, which encodes a motor protein with a cargo-binding tail. Different types of change lead to different conditions: hereditary spastic paraplegia type 10, an axonal form of Charcot-Marie-Tooth disease and amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
- 6 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Care is symptomatic and depends on the presentation, including physiotherapy, antispasticity medicines and multidisciplinary ALS care. Each child of an affected person has a 1 in 2 chance of inheriting the change; genetic counselling helps families understand this.
Rare Hereditary Peripheral Neuropathies
- Hereditary Peripheral Neuropathy
A 233 hozzá kapcsolódó gén egyike
Caused by changes in one of many genes needed to keep long nerve fibres healthy. In this report these include IGHMBP2 and PLEKHG5, which are recessive.
- 5 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Physiotherapy, orthoses and occupational therapy help maintain mobility, with surgery for foot deformities when needed. Some forms need breathing monitoring. Genetic counselling guides family testing according to the inheritance pattern of the gene involved.
A SMN1 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 27,9 kb-jából 1,5 kb-ot tesznek ki; ezek közül 885 bázis kódolja a fehérjét.
SMN1 szekvenálása
100Nehéz
Mennyire nehéz a SMN1 rövid olvasatokkal történő szekvenálása, 100-ból
0 · Könnyű100 · Nehéz
A SMN1 nagy része olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok elronthatnak vagy rosszul helyezhetnek el egy változást.
Ehhez hozzájárul: a SMN1 exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így a hívás ott hiányozhat vagy hibás lehet. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 100 pontot kapna.100%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genomban máshol található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 60 pontot kapna.100%
- Közös a chrY-nalA pszeudoautoszomális régiók és az X-transzponált régió, ahol a chrX és a chrY azonos vagy szinte azonos szekvenciát hordoz, így az egyikről származó olvasat a másikra kerülhet. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 60 pontot kapna.0%
- Referencia-lefedettségA referencia-összeszerelésben a közelben lévő hiányok, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok igazodhatnának. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 50 pontot kapna.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló szakaszok, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket nem biztos, hogy teljes egészükben át tudnak fogni. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 30 pontot kapna.5,4%
- GC-tartalom25% alatti vagy 65% feletti G- és C-tartalmú ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Egy teljesen ilyen típusú régióban lévő gén önmagában 20 pontot kapna.19%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein alapul, a nehezen szekvenálható régiókról.Így számítjuk kiMinden oszlop a SMN1 exonbázisainak azon részét mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban van. Bármelyik típus önmagában nehezíthet egy gént, és minden további típus egyre kevesebbet ad hozzá: 0, ha egyetlen bázis sincs ilyen régióban, 100, ha minden bázis olyan helyen van, ahol az olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen.
42
a SMN1 azon pozíciói, ahol a ClinVar kórokozónak vagy valószínűleg kórokozónak minősíti a változást
Ezek közül 42 (100%) olyan régiókban van, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (42 hely)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (42 hely)
A teljes genom a SMN1 mind a 27,9 kb-ját lefedi, az intronokat is beleértve, nem csak az 1,5 kb exont.
ClinVar pathogenic variants (46)
The SMN1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 29
- Patogén/valószínűleg patogén 3
- Valószínűleg patogén 14
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_000344.4(SMN1):c.785G>T (p.Ser262Ile) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type III | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000344.4(SMN1):c.835-3C>T (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy and 1 other | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000344.4(SMN1):c.835G>C (p.Gly279Arg) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000344.4(SMN1):c.*3+1G>A (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_000344.4(SMN1):c.5C>G (p.Ala2Gly) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.13del (p.Ser5fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type III | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.48_55dup (p.Val19fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type II | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.82-2596_723+467del (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type II | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.82-2548_723+515del (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.245_267del (p.Lys82fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.283G>C (p.Gly95Arg) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.291del (p.Lys97fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.469C>T (p.Gln157Ter) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.490C>T (p.Gln164Ter) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type II | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.549del (p.Lys184fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.579del (p.Leu194fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type II | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.597dup (p.Met200fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.603del (p.Pro203fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type II | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.724-2A>G (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type III | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.724_885del (p.Ile242_Ter295del) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.770_780dup (p.Gly261fs) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.801G>A (p.Trp267Ter) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type III | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.815A>G (p.Tyr272Cys) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy and 1 other | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.821C>T (p.Thr274Ile) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type III | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000344.4(SMN1):c.827A>G (p.Tyr276Cys) (opens in a new tab) | spinal muscular atrophy, type 1 | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
See all 46 with every other SMN1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- ATP7AATPase copper transporting alpha3 betegséget oszt meg
- BICD2BICD cargo adaptor 23 betegséget oszt meg
- BSCL2BSCL2 lipid droplet biogenesis associated, seipin3 betegséget oszt meg
- CHCHD10coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 103 betegséget oszt meg
- DCTN1dynactin subunit 13 betegséget oszt meg
- DNAJB2DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B23 betegséget oszt meg
- DYNC1H1dynein cytoplasmic 1 heavy chain 13 betegséget oszt meg
- EMILIN1elastin microfibril interfacer 13 betegséget oszt meg
- FBXO38F-box protein 383 betegséget oszt meg
- GARS1glycyl-tRNA synthetase 13 betegséget oszt meg
- HSPB8heat shock protein family B (small) member 83 betegséget oszt meg
- IGHMBP2immunoglobulin mu DNA binding protein 23 betegséget oszt meg
A(z) SMN1 génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) SMN1 gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-19 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.19-9814e911.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). SMN1 gén: survival of motor neuron 1, telomeric. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/smn1
Dante Labs. SMN1 gén: survival of motor neuron 1, telomeric [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/smn1
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt