Gén
GNPTG
N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase subunit gamma
- HGNC 23026↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000090581↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 84572↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 16p13.3
- Koordináták
- 16. kromoszóma: 1 351 931–1 364 113 (GRCh38)
- Exonok
- 11 exon, összesen 12,2 kb
- Fehérje
- 305 aminosav
- Más néven ismert
- CAB56184, c316G12.3
- Korábbi jelölések
- GNPTAG, C16orf27
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000204679.9NM_032520.5
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/gnptg.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a GNPTG-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
Mucolipidoses (ML II, ML III and ML IV)
- GNPTG-related mucolipidosis (ML III gamma)Autoszomális recesszív
A milder form with joint stiffness, skeletal changes and short stature, usually with normal intelligence.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 7 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
Átfogóbb csoportosítások
Lysosomal Storage Disease
- Lysosomal storage disease (other and unspecified types)
A 59 hozzá kapcsolódó gén egyike
Covers lysosomal storage diseases without a dedicated report, such as Farber disease and other ASAH1-related disorders, prosaposin (PSAP) deficiencies, multiple sulfatase deficiency, mucopolysaccharidosis types IX and X, and Dorfman-Chanarin disease; inheritance varies by subtype, most often autosomal recessive.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 7 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
A GNPTG felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 12,2 kb-jából 2 kb-ot tesznek ki; ezek közül 918 bázis kódolja a fehérjét.
GNPTG szekvenálása
6Könnyű
Mennyire nehéz a GNPTG szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-as skálán
0 · Könnyű100 · Nehéz
A GNPTG exonjainak szinte mindegyike olyan helyen található, ahol a rövid olvasatok tisztán illeszthetők.
Ehhez hozzájárul: a GNPTG exonjainak aránya az egyes nehéz régiótípusokban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így az ott tett hívás hiányos vagy hibás lehet. Súly: 35%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genom más helyein található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 30%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázis ismétlődő szakaszai, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket esetleg nem fednek át. Súly: 15%.4,6%
- GC-tartalom25% alatti vagy 65% feletti G+C tartalmú ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 10%.55%
- Referencia-lefedettségA közelben lévő hiányok a referencia-összeállításban, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok illeszthetők lennének. Súly: 10%.0%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle nehezen szekvenálható régiókat bemutató térképeire épül.Hogyan számítjuk kiMinden oszlop a GNPTG exonbázisainak azon arányát mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban található. A pontszám ezeket aszerint súlyozza, hogy mennyibe kerül mindegyik a rövid olvasatokon alapuló hívás számára: 0, ha egyetlen bázis sem esik egyik régióba sem, 100, ha minden bázis mindegyikben benne van.
86
a GNPTG azon pozíciói, ahol a ClinVar a változást patogénnek vagy valószínűleg patogénnek minősíti
Ezek közül egyik sem olyan régióban található, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genom a GNPTG gén mind a 12,2 kb-ját lefedi, az intronokat is beleértve, nem csupán az exonok 2 kb-ját.
ClinVar pathogenic variants (96)
The GNPTG variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 29
- Patogén/valószínűleg patogén 10
- Valószínűleg patogén 57
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_032520.5(GNPTG):c.196C>T (p.Arg66Ter) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.318-1G>A (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.4(GNPTG):c.499dup (p.Leu167Profs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.514dup (p.His172fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.607dup (p.Gln203fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.638_639del (p.Leu212_Phe213insTer) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.190_193dup (p.Phe65fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.233+1G>A (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.234-1G>A (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.293G>A (p.Trp98Ter) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.316G>A (p.Gly106Ser) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.344ACA[1] (p.Asn116del) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.658A>T (p.Lys220Ter) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.714del (p.Phe239fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.739A>T (p.Lys247Ter) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.750_753del (p.Lys250fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén/valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.29T>A (p.Leu10Ter) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.52+1G>C (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.53-2A>G (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.617_638dup (p.Phe213fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.742-1G>T (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Valószínűleg patogén | ★★★★2 csillag a 4-ből kritériumok megadva, több beküldő, nincs ellentmondás |
| NM_032520.5(GNPTG):c.13del (p.Leu5fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_032520.5(GNPTG):c.22del (p.Leu8fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_032520.5(GNPTG):c.187dup (p.His63fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_032520.5(GNPTG):c.188_192dup (p.Phe65fs) (opens in a new tab) | GNPTG-mucolipidosis | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
See all 96 with every other GNPTG variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- ABHD5abhydrolase domain containing 5, lysophosphatidic acid acyltransferase1 betegséget oszt meg
- AGAaspartylglucosaminidase1 betegséget oszt meg
- AP5Z1adaptor related protein complex 5 subunit zeta 11 betegséget oszt meg
- ARSAarylsulfatase A1 betegséget oszt meg
- ARSBarylsulfatase B1 betegséget oszt meg
- ARSKarylsulfatase family member K1 betegséget oszt meg
- ASAH1N-acylsphingosine amidohydrolase 11 betegséget oszt meg
- CLCN6Cl-/H+ antiporter 61 betegséget oszt meg
- CLN3CLN3 lysosomal/endosomal transmembrane protein, battenin1 betegséget oszt meg
- CLN5CLN5 lysosomal BMP synthase1 betegséget oszt meg
- CLN6CLN6 transmembrane ER protein1 betegséget oszt meg
- CLN8CLN8 transmembrane ER and ERGIC protein1 betegséget oszt meg
A(z) GNPTG génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) GNPTG gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-18 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.18-8b139e39.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). GNPTG gén: N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase subunit gamma. Lekérve: 2026. október 18., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/gnptg
Dante Labs. GNPTG gén: N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase subunit gamma [Internet]. [idézve: 2026. október 18.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/gnptg
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt