Revisado por pares · Data in Brief · 2021
Replicate whole-genome next-generation sequencing data derived from Caucasian donor saliva samples
Este trabajo proporciona un conjunto de datos de secuenciación del genoma completo por triplicado, disponible públicamente y obtenido a partir del ADN de la saliva de un único donante varón anónimo, destinado a probar flujos de trabajo bioinformáticos. En las tres réplicas, el 81 % de las variantes apareció en al menos dos muestras, y el cariotipo fue 46,XY, sin variaciones aparentes en el número de copias.
Hansen & Nyvold
Este trabajo proporciona un conjunto de datos de secuenciación del genoma completo por triplicado, disponible públicamente y obtenido a partir del ADN de la saliva de un único donante varón anónimo, destinado a probar flujos de trabajo bioinformáticos. En las tres réplicas, el 81 % de las variantes apareció en al menos dos muestras, y el cariotipo fue 46,XY, sin variaciones aparentes en el número de copias.
Participación de Dante Labs
Dante Labs llevó a cabo la extracción de ADN, el control de calidad, la preparación de bibliotecas y la secuenciación para este estudio como proveedor de secuenciación de las tres réplicas. El equipo de investigación recogió saliva de un único donante anónimo mediante kits de recogida de ADN de saliva GeneFiX, y las muestras se procesaron en lotes separados en nuestras instalaciones de L'Aquila, Italia, a lo largo de aproximadamente un año. La secuenciación se realizó en nuestra plataforma Illumina NovaSeq 6000 y generó lecturas paired-end por triplicado —1.380 millones en total—, con profundidades medias objetivo de 30x para dos de las muestras y de 4x para la muestra de baja cobertura. Los datos se entregaron al equipo de investigación como archivos FASTQ sin procesar y comprimidos con gzip.
Los autores también agradecen a Dante Labs en la sección de agradecimientos su amplia ayuda con la recuperación de datos. El análisis bioinformático descrito en el artículo (alineamiento, identificación de variantes y evaluación de la calidad) fue realizado por el equipo de investigación.
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