Replicate whole-genome next-generation sequencing data derived from Caucasian donor saliva samples

Dante Labs führte für diese Studie als Sequenzierungsdienstleister für alle drei Replikate die DNA-Extraktion, Qualitätskontrolle, Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung durch. Das Forschungsteam entnahm einer einzigen anonymen Spenderperson mithilfe von GeneFiX Saliva DNA collection kits Speichel. Die Proben wurden über einen Zeitraum von etwa einem Jahr in getrennten Chargen an unserem Standort in L'Aquila, Italien, verarbeitet. Die Sequenzierung erfolgte auf unserer Illumina NovaSeq 6000-Plattform und erzeugte dreifache Paired-End-Reads — insgesamt 1,38 Milliarden — mit angestrebten durchschnittlichen Sequenzierungstiefen von 30x für zwei der Proben und 4x für die Probe mit geringer Abdeckung. Die Daten wurden dem Forschungsteam als unkomprimierte gzippte FASTQ-Rohdateien bereitgestellt.

Die Autoren danken Dante Labs in der Danksagung außerdem für die umfassende Unterstützung beim Datenabruf. Die in der Publikation beschriebene bioinformatische Auswertung (Alignment, Variantenerkennung und Qualitätsbewertung) wurde vom Forschungsteam durchgeführt.