Replicate whole-genome next-generation sequencing data derived from Caucasian donor saliva samples

Společnost Dante Labs provedla pro tuto studii extrakci DNA, kontrolu kvality, přípravu knihoven a sekvenování všech tří replikátů v roli poskytovatele sekvenování. Vzorky slin odebral výzkumný tým od jednoho anonymního dárce pomocí sad GeneFiX Saliva DNA collection kits a byly zpracovány v samostatných dávkách v naší laboratoři v L'Aquile v Itálii v průběhu přibližně jednoho roku. Sekvenování proběhlo na naší platformě Illumina NovaSeq 6000 a vzniklo trojnásobné párové čtení (paired-end) v celkovém počtu 1,38 miliardy; průměrná hloubka byla cílena na 30x u dvou vzorků a na 4x u vzorku s nízkým pokrytím. Výzkumnému týmu byla data předána jako neupravené soubory FASTQ komprimované formátem gzip.

Autoři v poděkování rovněž děkují společnosti Dante Labs za rozsáhlou pomoc při získávání dat. Bioinformatické vyhodnocení popsané v článku (zarovnání, volání variant a posouzení kvality) provedl výzkumný tým.