Gen
ALX4
ALX homeobox 4
- HGNC 450↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000052850↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 60529↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 11p11.2
- Koordinater
- Kromosom 11: 44 260 440–44 310 139 (GRCh38)
- Exoner
- 4 exoner på 49,7 kb
- Protein
- 411 aminosyror
- Även känd som
- FPP, PFM, KIAA1788
- Tidigare symboler
- PFM2
- MANE Select-transkript
- ENST00000652299.1NM_021926.4
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/alx4.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs ALX4, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Förstorade parietala foramina (MSX2)
- Autosomalt dominant
Denna form orsakas av en förändring i en kopia av genen MSX2, som styr benbildningen i skallen. Nedsatt MSX2-funktion gör att skallbenen i parietalregionen inte bildas helt. Den ärvs vanligtvis från en förälder.
- 3 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Bilddiagnostik för att bedöma öppningarna och skyddet av huvudet mot skador, särskilt under barndomen; kirurgi behövs vanligtvis inte. Varje barn till en drabbad person har en chans på 1 av 2 att ärva förändringen, så genetisk rådgivning och familjetestning kan erbjudas.
Frontonasal dysplasi med alopeci och genitala avvikelser (ALX4)
- Frontonasal dysplasi med alopeci och genitala avvikelserAutosomalt recessiv
Orsakas av förändringar i ALX4, en gen som styr utvecklingen av skalle och ansikte. Recessiva fall har förändringar i båda kopiorna, och en enskild förändring i ALX4 kan orsaka förstorade öppningar i skallbenen (parietala foramina), så bärarföräldrar kan ha detta.
- ClinGen bedömer kopplingen som definitiv
- 4 GenCC-bedömare bedömer den som definitiv eller stark
▶Åtgärdbarhet
Bedömning av kraniofacial, dermatologisk, urologisk och utvecklingsmässig art, med kirurgi vid ansikts- eller genitala skillnader där det behövs. Genetisk rådgivning förklarar den recessiva ärftligheten, och bärartestning finns tillgänglig för släktingar.
Så är ALX4 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Kända sjukdomsorsakande ställen
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 5,7 kb av genens 49,7 kb, och 1 236 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av ALX4
7Lätt
Hur svår ALX4 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i ALX4 ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som adderar: andelen av ALX4:s exoner i varje typ av svårt område
- MappbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 100 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Vikt 60 %.0 %
- ReferenstäckningLuckor i referensassemblyn i närheten, där det inte finns någon sekvens för läsningar att anpassas mot. Vikt 50 %.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och som kanske inte spänner över. Vikt 30 %.4,5 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunnt. Vikt 20 %.29 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, byggd på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade områden.Så beräknas poängenVarje stapel är andelen av ALX4:s exonbaser i just den typen av svårt område. Varje typ kan i sig göra en gen svår, och varje ytterligare typ adderar mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
6
positioner i ALX4 där ClinVar klassar en förändring som patogen eller trolig patogen
Ingen av dem ligger i ett område som korta läsningar har svårt för.
En helgenomsekvensering täcker alla 49,7 kb av ALX4, inklusive introner, inte bara de 5,7 kb exoner.
ClinVar pathogenic variants (6)
The ALX4 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 1
- Sannolikt patogen 5
| Variant | Conditions | ClinVar-klassificering | Granskningsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_021926.4(ALX4):c.793C>T (p.Arg265Ter) (opens in a new tab) | craniosynostosis 5, susceptibility to | Patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021926.4(ALX4):c.1016dup (p.Gly340fs) (opens in a new tab) | parietal foramina 2 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021926.4(ALX4):c.867T>A (p.Tyr289Ter) (opens in a new tab) | parietal foramina 2 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021926.4(ALX4):c.676del (p.Leu226fs) (opens in a new tab) | parietal foramina 2 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021926.4(ALX4):c.234_235insT (p.Ser79Ter) (opens in a new tab) | parietal foramina 2 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
| NM_021926.4(ALX4):c.16dup (p.Cys6fs) (opens in a new tab) | parietal foramina 2 | Sannolikt patogen | ★★★★1 stjärna av 4 kriterier angivna, en inlämnare |
Gener kopplade till samma tillstånd
Egenskaper kopplade till ALX4
Human Phenotype Ontology listar dessa som kännetecken för de sällsynta tillstånd som ALX4 kan orsaka. Varje egenskaps sida visar de andra gener som är kopplade till den.
Abnormality of head or neck
- Anterior flat head syndrome
- Broad head shape
- Broad philtrum
- Cleft nasal tip
- Corners of eye widely separated
- Cranial defect
- Deformity of the skull
- Holes in parietal bones
Visa ytterligare 40 egenskaper
- Narrow opening between the eyelids
- Nasal tip, upturned
- Sparse eyebrow
- Wide nasal bridge
- Broad nasal tip
- Cleft nasal bridge
- Coronal craniosynostosis
- Decreased bone formation of skull
- Depressed nasal bridge
- Depressed nasal tip
- Encephalocele
- Eye folds
- Little lower jaw
- Long, narrow head
- Prominent nasal bridge
- Underdeveloped tissue around nostril
- Upward slanting of the opening between the eyelids
- Abnormal dentition
- Abnormally small head
- Absence of the nasal bone
- Broad columella
- Cleft nostril
- Cone shaped tooth
- Downturned corners of mouth
- Frontal bossing
- Prominent forehead
- Short philtrum
- Tessier number 13 facial cleft
- Wide nasal ridge
- Widely spaced teeth
- Abnormal posterior cranial fossa morphology
- Prominent back of the head
- Scalp tenderness
- Brain tissue sticks out through back of skull
- Cleft lip
- Cleft palate
- Congenital craniofacial dysostosis
- Flat nose
- Short opening between the eyelids
- Sparse eyelashes
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- GenCC och ClinGen, släppta 2026-10-19: vilka tillstånd genen är kopplad till och hur starkt.
- ACMG:s lista över sekundära fynd, SF v3.2.
- ClinVar och GIAB-stratifieringarna: kända sjukdomsframkallande positioner och de områden som kortläsningar har svårt för.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: egenskaperna som är kopplade till genen. Läs mer på hpo.jax.org.
- Dataversion 2026.10.19-9814e911.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). ALX4-genen: ALX homeobox 4. Hämtad 19 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/alx4
Dante Labs. ALX4-genen: ALX homeobox 4 [Internet]. [citerad 19 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/alx4
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor