Γονίδιο
SLC5A5
solute carrier family 5 member 5
- HGNC 11040↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- Γονίδιο Ensembl ENSG00000105641↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- NCBI Gene 6528↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
Σύνοψη
- Κυτογενετική θέση
- 19p13.11
- Συντεταγμένες
- Χρωμόσωμα 19: 17.871.945–17.895.174 (GRCh38)
- Εξόνια
- 15 έξώνια σε 23,2 kb
- Πρωτεΐνη
- 643 αμινοξέα
- Γνωστό επίσης ως
- NIS
- Μεταγράφημα MANE Select
- ENST00000222248.4NM_000453.3
- Τύπος locus
- Κωδικοποιητικά πρωτεΐνες
- Πολύ υψηλή
- Υψηλή
- Χαμηλή
- Πολύ χαμηλή
Αυτή η σελίδα ως δεδομένα
Προσθέστε .json στη διεύθυνση της σελίδας ή ζητήστε application/json, για να τη διαβάσετε ως JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/slc5a5.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameΔιαβάστε το SLC5A5, και το υπόλοιπο γονιδίωμά σας, με μία εξέταση.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες
Αποκτήστε το Genome Test σαςΕπιμελημένες αναφορές που σχετίζονται με αυτό το γονίδιο
Συγγενής υποθυρεοειδισμός
Έλλειψη θυρεοειδικών ορμονών που υπάρχει από τη γέννηση.
- 4 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
Καρκίνος του θυρεοειδούς
- Κληρονομική διαταραχή του μεταβολισμού του θυρεοειδούς
Κληρονομική μεταβολική νόσος που έχει τη βάση της στη διαταραχή της διαδικασίας μεταβολισμού των θυρεοειδικών ορμονών.
- 4 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
- Υποθυρεοειδισμός
Ανώμαλα χαμηλά επίπεδα θυρεοειδικής ορμόνης.
- 4 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
- Διαταραχή του θυρεοειδούς αδένα
Νόσος που αφορά τον θυρεοειδή αδένα.
- 4 υποβολείς του GenCC την αξιολογούν ως οριστική ή ισχυρή
Πώς είναι διαταγμένο το SLC5A5
- Κωδικοποιούσα αλληλουχία
- Μη μεταφραζόμενη περιοχή
- Ιντρόνιο
- Κατεύθυνση μεταγραφής
- Γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο
- Περιοχές που τα σύντομα αναγνώσματα βρίσκουν δύσκολες
Εξόνια του μεταγράφηματος MANE Select του γονιδίου (έκδοση v1.5), από τα NCBI και το EMBL-EBI, στο γονιδίωμα αναφοράς GRCh38.
Ζώνες χρωμοσωμάτων από το ιδεόγραμμα GRCh38 του UCSC (2022-10-29).
Γειτονικά γονίδια από την έκδοση 116 του Ensembl, στο GRCh38.
Τα εξόνια αποτελούν 3,6 kb από τα 23,2 kb του γονιδίου· 1.932 από αυτές τις βάσεις κωδικοποιούν την πρωτεΐνη.
Αλληλούχιση SLC5A5
4Εύκολο
Πόσο δύσκολο είναι να αλληλουχηθεί το SLC5A5 με σύντομες αναγνώσεις, σε κλίμακα από 0 έως 100
0 · Εύκολο100 · Δύσκολο
Σχεδόν όλα τα εξόνια του SLC5A5 βρίσκονται σε σημεία όπου οι σύντομες αναγνώσεις αντιστοιχίζονται καθαρά.
Τι προσθέτει: το ποσοστό των εξονίων του SLC5A5 σε κάθε είδος δύσκολης περιοχής
- Δυνατότητα αντιστοίχισηςΤμήματα όπου αναγνώσεις 100 ή 250 bp δεν μπορούν να τοποθετηθούν με μοναδικό τρόπο, οπότε μια κλήση εκεί μπορεί να λείπει ή να είναι εσφαλμένη. Βάρος 35%.0,5%
- ΟμολογίαΤμηματικές διπλασιάσεις: αντίγραφα σε άλλα σημεία του γονιδιώματος, όπως παράλογοι και ψευδογονίδια, με ταυτότητα 90% ή μεγαλύτερη. Βάρος 30%.0%
- ΕπαναλήψειςΔιαδοχικές επαναλήψεις και σειρές της ίδιας βάσης, πάνω στις οποίες οι αναγνώσεις γλιστρούν και ενδέχεται να μην τις καλύπτουν πλήρως. Βάρος 15%.2,5%
- Περιεκτικότητα GCΠαράθυρα με λιγότερο από 25% ή περισσότερο από 65% G και C, τα οποία η προετοιμασία της βιβλιοθήκης καλύπτει αραιά. Βάρος 10%.31%
- Κάλυψη αναφοράςΚενά στη γειτονική συναρμολόγηση αναφοράς, όπου δεν υπάρχει ακολουθία στην οποία οι αναγνώσεις θα μπορούσαν να ευθυγραμμιστούν. Βάρος 10%.0%
Βαθμολογία της Dante Labs από τη δική μας έρευνα, βασισμένη στους χάρτες NIST Genome in a Bottle για δύσκολα προς αλληλούχιση περιοχές.Πώς υπολογίζεταιΚάθε μπάρα είναι το ποσοστό των βάσεων των εξονίων του SLC5A5 που βρίσκονται σε αυτό το είδος δύσκολης περιοχής. Η βαθμολογία τις σταθμίζει ανάλογα με το πόσο επιβαρύνει κάθε είδος μια κλήση με σύντομες αναγνώσεις: 0 όταν καμία βάση δεν βρίσκεται σε καμία, 100 όταν κάθε βάση βρίσκεται σε όλες.
21
θέσεις στο SLC5A5 όπου το ClinVar κατατάσσει μια μεταβολή ως παθογόνο ή πιθανώς παθογόνο
Καμία από αυτές δεν βρίσκεται σε περιοχή που οι σύντομες αναγνώσεις θεωρούν δύσκολη.
Ένα πλήρες γονιδίωμα καλύπτει και τα 23,2 kb του SLC5A5, συμπεριλαμβανομένων των ιντρονίων, και όχι μόνο τα 3,6 kb των εξονίων.
ClinVar pathogenic variants (21)
The SLC5A5 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Παθογόνο 2
- Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο 2
- Πιθανώς παθογόνο 17
| Παραλλαγή | Conditions | Ταξινόμηση ClinVar | Κατάσταση αξιολόγησης |
|---|---|---|---|
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1183G>A (p.Gly395Arg) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1546C>T (p.Arg516Ter) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1060A>C (p.Thr354Pro) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1593C>G (p.Tyr531Ter) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.176T>A (p.Val59Glu) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.357+1G>A (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.371G>A (p.Arg124His) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.410_414del (p.Tyr137fs) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.679del (p.Ser227fs) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.699-2A>G (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.799C>G (p.Gln267Glu) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.969+1G>A (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.970-9_970dup (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.970-7_980delinsA (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1242+2T>G (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1340dup (p.Leu449fs) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1459_1460del (p.Val488fs) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1605_1618del (p.Thr536fs) (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1651+2T>A (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1767+1G>C (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_000453.3(SLC5A5):c.1768-1G>C (opens in a new tab) | thyroid dyshormonogenesis 1 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
Γονίδια που σχετίζονται με τις ίδιες παθήσεις
- DUOX2dual oxidase 2Μοιράζεται 4 παθήσεις
- DUOXA2dual oxidase maturation factor 2Μοιράζεται 4 παθήσεις
- IYDiodotyrosine deiodinaseΜοιράζεται 4 παθήσεις
- SLC26A4solute carrier family 26 member 4Μοιράζεται 4 παθήσεις
- TGthyroglobulinΜοιράζεται 4 παθήσεις
- TPOthyroid peroxidaseΜοιράζεται 4 παθήσεις
- IGSF1immunoglobulin superfamily member 1Μοιράζεται 3 παθήσεις
- IRS4insulin receptor substrate 4Μοιράζεται 3 παθήσεις
- NKX2-5NK2 homeobox 5Μοιράζεται 3 παθήσεις
- PAX8paired box 8Μοιράζεται 3 παθήσεις
- SECISBP2SECIS binding protein 2Μοιράζεται 3 παθήσεις
- SLC26A7solute carrier family 26 member 7Μοιράζεται 3 παθήσεις
Χαρακτηριστικά που συνδέονται με το SLC5A5
Το Human Phenotype Ontology καταγράφει αυτά ως χαρακτηριστικά των σπάνιων παθήσεων που μπορεί να προκαλέσει το SLC5A5. Η σελίδα κάθε χαρακτηριστικού εμφανίζει τα άλλα γονίδια που συνδέονται με αυτό.
Abnormality of the endocrine system
- Decreased circulating T4 concentration
- Elevated circulating thyroid-stimulating hormone concentration
- Enlarged thyroid gland in neck
- Thyroid defect in oxidation and organification of iodide
- Underactive thyroid gland from birth
- Increased radioactive iodine uptake
- Positive perchlorate discharge test
- Reduced radioactive iodine uptake
Εμφάνιση 1 ακόμη χαρακτηριστικού
Εξωτερικοί σύνδεσμοι
Εγγραφές γονιδίου
Μεταγράφημα
Πρωτεΐνη
Από πού προέρχονται αυτά
- HGNC: το σύμβολο, το όνομα, τα άλλα σύμβολα και η θέση του γονιδίου.
- MANE Select v1.5, από NCBI και EMBL-EBI: το μεταγράφημα, τα εξόνιά του και η κωδικοποιούσα αλληλουχία.
- GenCC και ClinGen, έκδοση 2026-10-18: ποιες παθήσεις συνδέονται με το γονίδιο και πόσο ισχυρή είναι αυτή η σύνδεση.
- Η λίστα δευτερευόντων ευρημάτων του ACMG, SF v3.2.
- ClinVar και οι στρωματοποιήσεις GIAB: γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο, και οι περιοχές που οι βραχείες αναγνώσεις βρίσκουν δύσκολες.
- Οι στρωματοποιήσεις γονιδιώματος Genome in a Bottle, από το NIST: η βαθμολογία δυσκολίας αλληλούχισης.
- Το Human Phenotype Ontology, έκδοση 2026-09-01: τα χαρακτηριστικά που συνδέονται με το γονίδιο. Μάθετε περισσότερα στο hpo.jax.org.
- Έκδοση δεδομένων 2026.10.18-8b139e39.
Παραπομπή σε αυτή τη σελίδα
Dante Labs. (χ.η.). Γονίδιο SLC5A5: solute carrier family 5 member 5. Ανάκτηση 18 Οκτωβρίου 2026, από https://dantelabs.com/el/genes/slc5a5
Dante Labs. Γονίδιο SLC5A5: solute carrier family 5 member 5 [Internet]. [ανακτήθηκε 18 Οκτωβρίου 2026]. Διαθέσιμο από: https://dantelabs.com/el/genes/slc5a5
Ένα τεστ. Απαντήσεις για όλη τη ζωή.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες