AtlasGene
AFF2
ALF transcription elongation factor 2
- HGNC 3776↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000155966↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 2334↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- Xq28
- Coordinate
- Cromosoma X: 148.500.617–149.000.663 (GRCh38)
- Esoni
- 21 esoni su 500 kb
- Proteina
- 1311 amminoacidi
- Noto anche come
- FRAXE
- Simboli precedenti
- FMR2
- Trascritto MANE Select
- ENST00000370460.7NM_002025.4
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
AtlasQuesta pagina come dati
Aggiunga .json all'indirizzo della pagina, oppure richieda application/json, per leggerla come JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/aff2.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLegga AFF2 e il resto del suo genoma con un unico test.
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Disabilità intellettiva
Uno di 233 geni collegati ad esso
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 4 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
Struttura di AFF2
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 13,7 kb dei 500 kb del gene; 3936 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento AFF2
2Facile
Quanto è difficile sequenziare AFF2 con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Quasi tutti gli esoni di AFF2 si trovano in punti in cui le letture corte si allineano in modo chiaro.
Cosa aggrava il quadro: la quota degli esoni di AFF2 in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture di 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, per cui una chiamata in quel punto può mancare o essere errata. Peso 35%.0%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Peso 30%.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e sequenze di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Peso 15%.7,9%
- Contenuto GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Peso 10%.5,4%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Peso 10%.0%
Un punteggio Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe delle regioni difficili da sequenziare Genome in a Bottle del NIST.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di AFF2 in quel tipo di regione difficile. Il punteggio le pondera in base a quanto ciascuna pesa su una chiamata con letture corte: 0 quando nessuna base si trova in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in tutte.
17
posizioni in AFF2 in cui ClinVar classifica una variazione come patogenica o probabilmente patogenica
Nessuna di esse ricade in una regione difficile da leggere con letture corte.
Un genoma intero copre tutti i 500 kb di AFF2, introni inclusi, e non solo i 13,7 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (18)
The AFF2 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 12
- Probabilmente patogena 6
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_002025.4(AFF2):c.208C>T (p.Arg70Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.477G>A (p.Trp159Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.694G>T (p.Glu232Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.1193del (p.Pro398fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.2016delinsGAG (p.Ala673fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.2377C>T (p.Arg793Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.2756_2758delinsAA (p.Pro919fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.2966dup (p.Ala990fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.3229C>T (p.Gln1077Ter) (opens in a new tab) | intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.3238_3245del (p.Lys1080fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.3476+1G>A (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.3609G>A (p.Trp1203Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.112C>T (p.Gln38Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.232_233delinsG (p.Tyr78fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.1262+1G>A (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.1699G>T (p.Glu567Ter) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.2885G>A (p.Cys962Tyr) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002025.4(AFF2):c.3489_3490dup (p.Ser1164fs) (opens in a new tab) | FRAXE intellectual disability | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
Geni associati alle stesse condizioni
- ACSL4acyl-CoA synthetase long chain family member 4Condivide 1 condizione
- ADKadenosine kinaseCondivide 1 condizione
- ADNPactivity dependent neuroprotector homeoboxCondivide 1 condizione
- AHDC1AT-hook DNA binding motif containing 1Condivide 1 condizione
- ALKBH8alkB homolog 8, tRNA methyltransferaseCondivide 1 condizione
- ANK3ankyrin 3Condivide 1 condizione
- ANKRD11ankyrin repeat domain 11Condivide 1 condizione
- AP1S2adaptor related protein complex 1 subunit sigma 2Condivide 1 condizione
- AP2M1adaptor related protein complex 2 subunit mu 1Condivide 1 condizione
- ARHGEF9Cdc42 guanine nucleotide exchange factor 9Condivide 1 condizione
- ARID1AAT-rich interaction domain 1ACondivide 1 condizione
- ARID1BAT-rich interaction domain 1BCondivide 1 condizione
Tratti collegati a AFF2
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che AFF2 può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-18: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.18-8b139e39.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene AFF2: ALF transcription elongation factor 2. Consultato il 18 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/aff2
Dante Labs. Gene AFF2: ALF transcription elongation factor 2 [Internet]. [citato il 18 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/aff2
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