Mis on järgmise põlvkonna sekveneerimine?
Kuidas kaasaegsed seadmed loevad kogu genoomi, sekveneerides korraga miljoneid lühikesi DNA fragmente, ja miks iga täht loetakse mitu korda.
5 min lugemist
Kui sinu proov jõuab meie laborisse, tuleb see enne järjestamist ette valmistada. Proovi ettevalmistamise protsess (prep) on oluliselt keerulisem kui järjestamise etapp. Selle protsessi käigus teeme ka kvaliteedikontrolli, et tagada, et proovi saab edukalt järjestada.
Sinu proov jõuab meie laborisse terve rakkudena – kas siis täisverelibledena, kui saadad meile verenäidise, või põse epiteelirakkudena (nahk), kui saadad sülitisenäidise. Enne järjestamist teeme „ekstraheerimise“. Selle käigus lagundatakse rakk- ja tuumamembraan (kus sinu DNA rakus asub), nii et DNA vabaneb ja hõljub vabalt. See on hädavajalik, sest membraan ja tuum kaitsevad mõlemad DNA-d keemiliste sissetungijate eest.
Kui oleme DNA ekstraheerinud, fragmenteerime selle. Sinu DNA on turvaliselt salvestatud terviklike kromosoomidena, mis on sadu miljoneid aluseid pikad, kuid meie sekvenaatorid suudavad korraga lugeda vaid tuhandeid aluseid. Fragmenteerimise etapp lagundab pikad lõigud mitmeks väiksemaks tükiks, mis.