Gén
PDK3
pyruvate dehydrogenase kinase 3
- HGNC 8811↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000067992↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 5165↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- Xp22.11
- Koordináták
- X. kromoszóma: 24 465 286–24 534 422 (GRCh38)
- Exonok
- 11 exon, összesen 69,1 kb
- Fehérje
- 406 aminosav
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000379162.9NM_005391.5
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/pdk3.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a PDK3-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentés
Charcot-Marie-Tooth Disease
A 62 hozzá kapcsolódó gén egyike
A group of inherited peripheral neuropathies causing progressive weakness and wasting of the distal muscles and loss of sensation, mainly in the feet and hands.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 3 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Genetic counseling, subtype-specific monitoring, physical therapy, orthotics, neurotoxic drug avoidance, gene-specific clinical trials, surveillance for associated features
A PDK3 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 69,1 kb-jából 1,7 kb-ot tesznek ki; ezek közül 1221 bázis kódolja a fehérjét.
PDK3 szekvenálása
2Alacsony
Mennyire nehéz a PDK3 szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-bólMinden oszlop azt mutatja, hogy PDK3 exonjainak bázisai közül mekkora rész esik az adott típusú nehezen vizsgálható régióba. A pontszám ezeket az egyes régiók rövid olvasatú vizsgálatra gyakorolt hatása szerint súlyozza: 0, ha egyetlen bázis sem esik egyikbe sem, 100, ha minden bázis mindegyikbe beletartozik.
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így ott a hívás hiányozhat vagy hibás lehet. Súly: 35%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genomban máshol található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 30%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló szakaszok, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket esetleg nem fednek le. Súly: 15%.2,6%
- GC-tartalom25%-nál kevesebb vagy 65%-nál több G és C bázist tartalmazó ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 10%.16%
- Referencia-lefedettségHiányosságok a közeli referenciaszekvenciában, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez a rövid olvasatokat illeszteni lehetne. Súly: 10%.0%
1
a PDK3 génben olyan pozíció, ahol a ClinVar a változást patogénnek vagy valószínűleg patogénnek minősíti
Ezek közül egy sem esik olyan régióba, amelyet a rövid olvasatok nehezen találnak meg.
A teljes genom a PDK3 gén mind a 69,1 kb-ját lefedi, az intronokat is beleértve, nem csupán az 1,7 kb-nyi exont.
Ugyanazokhoz a betegségekhez kapcsolódó gének
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 11 betegséget oszt meg
- AIFM1apoptosis inducing factor mitochondria associated 11 betegséget oszt meg
- ATP1A1ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 11 betegséget oszt meg
- CADM3cell adhesion molecule 31 betegséget oszt meg
- COX6A1cytochrome c oxidase subunit 6A11 betegséget oszt meg
- DHTKD1dehydrogenase E1 and transketolase domain containing 11 betegséget oszt meg
- DHX9DExH-box helicase 91 betegséget oszt meg
- DNM2dynamin 21 betegséget oszt meg
- DRP2dystrophin related protein 21 betegséget oszt meg
- DYNC1H1dynein cytoplasmic 1 heavy chain 11 betegséget oszt meg
- EGR2early growth response 21 betegséget oszt meg
- FBLN5fibulin 51 betegséget oszt meg
A(z) PDK3 génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) PDK3 gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Abnormality of the nervous system
- High stepping
- Abnormal gait
- Decreased nerve conduction velocity
- Decreased sensation in extremities
- Hand tremor
- Nerve damage causing decreased feeling and movement
- Impaired vibration sensation in the lower limbs
- Impaired distal vibration sensation
Még 2 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-17 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.17-8666dff2.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). PDK3 gén: pyruvate dehydrogenase kinase 3. Lekérve: 2026. október 18., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/pdk3
Dante Labs. PDK3 gén: pyruvate dehydrogenase kinase 3 [Internet]. [idézve: 2026. október 18.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/pdk3
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt