Gene
PYGL
glycogen phosphorylase L
- HGNC 9725↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000100504↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 5836↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 14q22.1
- Coordinate
- Cromosoma 14: 50.905.217–50.944.483 (GRCh38)
- Esoni
- 20 esoni su 39,3 kb
- Proteina
- 847 amminoacidi
- Noto anche come
- GSD6
- Trascritto MANE Select
- ENST00000216392.8NM_002863.5
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Glicogenosi
- Malattia da accumulo di glicogeno di tipo VIAutosomica recessiva
Causata da varianti in PYGL, che di solito provocano un fegato ingrossato e una lieve ipoglicemia durante il digiuno in età infantile.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 6 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
Conoscere questa condizione consente di evitare digiuni prolungati e di gestire l'alimentazione.
Struttura di PYGL
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 2,8 kb dei 39,3 kb del gene; 2544 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di PYGL
1Facile
Quanto è difficile sequenziare PYGL con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Quasi tutti gli esoni di PYGL si trovano in regioni in cui le letture corte si allineano in modo chiaro.
A ciò si aggiunge: la quota di esoni di PYGL in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata lì può essere mancante o errata. Peso 35%.0%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Peso 30%.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e sequenze di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Peso 15%.1,9%
- Contenuto GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Peso 10%.12%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Peso 10%.0%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe delle regioni difficili da sequenziare di NIST Genome in a Bottle.Come viene calcolatoOgni barra indica la quota di basi degli esoni di PYGL in quel tipo di regione difficile. Ogni tipo, da solo, può rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo aggiunge sempre meno: 0 quando nessuna base è in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova dove le letture non possono essere collocate in modo univoco.
60
posizioni in PYGL in cui ClinVar classifica una variazione come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse ricade in una regione che le letture corte faticano a leggere.
Un genoma intero copre tutti i 39,3 kb di PYGL, introni inclusi, non solo i 2,8 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (63)
The PYGL variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 31
- Patogena/probabilmente patogena 7
- Probabilmente patogena 25
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_002863.5(PYGL):c.2426C>T (p.Ser809Leu) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1768+1G>A (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1620+1G>C (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.911_914dup (p.Leu305fs) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.280C>T (p.Arg94Ter) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.2071G>C (p.Gly691Arg) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1947C>A (p.Tyr649Ter) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1620+1G>A (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1404-1G>A (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1366G>A (p.Val456Met) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.730C>T (p.Leu244Phe) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.697G>A (p.Gly233Ser) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1334T>C (p.Leu445Pro) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_002863.5(PYGL):c.1964_1969+4delinsGAAAAA (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1778_1781del (p.Lys593fs) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1729C>T (p.Gln577Ter) (opens in a new tab) | disorder of glycogen metabolism and 1 other | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1726C>T (p.Arg576Ter) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1620+1G>T (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1475G>A (p.Trp492Ter) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1472G>A (p.Arg491His) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1471C>T (p.Arg491Cys) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.1228A>T (p.Lys410Ter) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.808C>T (p.Arg270Ter) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.772+2_772+3del (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_002863.5(PYGL):c.698G>A (p.Gly233Asp) (opens in a new tab) | glycogen storage disease VI | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
See all 63 with every other PYGL variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Tratti collegati a PYGL
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che PYGL può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-18: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.18-8b139e39.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene PYGL: glycogen phosphorylase L. Consultato il 18 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/pygl
Dante Labs. Gene PYGL: glycogen phosphorylase L [Internet]. [citato il 18 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/pygl
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