Gén
COL10A1
collagen type X alpha 1 chain
- HGNC 2185↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000123500↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 1300↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 6q22.1
- Koordináták
- 6. kromoszóma: 116 118 909–116 126 132 (GRCh38)
- Exonok
- 3 exon, összesen 7,2 kb
- Fehérje
- 680 aminosav
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000651968.1NM_000493.4
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/col10a1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a COL10A1-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentés
Schmid Metaphyseal Chondrodysplasia
- Autoszomális domináns
Schmid metaphyseal chondrodysplasia is caused by a change in one copy of COL10A1, which makes type X collagen, found in the growth plates of long bones. Faulty collagen disrupts bone growth at the ends of long bones.
- A ClinGen a kapcsolatot a következőként minősíti: bizonyított
- 4 GenCC-beküldő szerint bizonyított vagy erős
▶Beavatkozhatóság
Orthopaedic follow-up is the mainstay, with surgery to correct severe leg bowing or hip deformity in some children; deformities can recur with growth. Genetic counselling is recommended; each child of an affected person has a 1 in 2 chance of inheriting the change, and new (de novo) cases also occur.
A COL10A1 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Ismert betegségokozó helyek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 7,2 kb-jából 3,3 kb-ot tesznek ki; ezek közül 2043 bázis kódolja a fehérjét.
COL10A1 szekvenálása
1Könnyű
Mennyire nehéz a COL10A1 szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-ból
0 · Könnyű100 · Nehéz
A COL10A1 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.
Ami tovább nehezíti: a COL10A1 exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így a hívás ott hiányozhat vagy hibás lehet. Súly: 100%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genom más helyein lévő másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 60%.0%
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Súly: 60%.0%
- Referencia-lefedettségA közeli referencia-összeszerelés hiányai, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok igazodhatnának. Súly: 50%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló ismétlések, amelyeken az olvasatok megcsúsznak, és amelyeket esetleg nem fognak át. Súly: 30%.2%
- GC-tartalomOlyan szakaszok, ahol a G és C bázisok aránya 25% alatti vagy 65% feletti, és amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 20%.0%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein nyugszik, a nehezen szekvenálható régiókat mutatja be.Így számítjuk kiMinden oszlop a COL10A1 exonbázisainak azon arányát mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban van. Bármelyik típus önmagában is nehézzé teheti a gént, a további típusok azonban egyre kevesebbet adnak hozzá: 0, ha egy bázis sem esik egyik típusba sem, 100, ha minden bázis olyan helyen van, ahol az olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen.
21
a COL10A1 génben azok a pozíciók, ahol a ClinVar kórokozónak vagy valószínűleg kórokozónak minősít egy változást
Ezek közül egy sem esik olyan régióba, amelyet a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
A teljes genomszekvenálás a COL10A1 mind a 7,2 kb-os hosszát lefedi, beleértve az intronokat is, nem csak az exonok 3,3 kb-át.
ClinVar pathogenic variants (27)
The COL10A1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogén 8
- Valószínűleg patogén 19
| Variáns | Conditions | ClinVar-besorolás | Felülvizsgálati állapot |
|---|---|---|---|
| NM_000493.4(COL10A1):c.1989C>A (p.Tyr663Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1951_1952dup (p.Trp651fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1945C>T (p.Gln649Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1853_1866del (p.Gly618fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1833G>A (p.Trp611Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1789T>C (p.Tyr597His) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1772G>T (p.Cys591Phe) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.52G>A (p.Gly18Arg) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.2011T>C (p.Ser671Pro) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1994_1995del (p.Ser664_Ser665insTer) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1955_1956dup (p.Gln653fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1957C>T (p.Gln653Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1955T>G (p.Leu652Arg) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1954C>T (p.Leu652Phe) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1948_1953del (p.Val650_Trp651del) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1953G>A (p.Trp651Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1908_1914del (p.Ser637fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1866_1868dup (p.Tyr623Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1845dup (p.Lys616Ter) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1788dup (p.Tyr597fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1775dup (p.Ile593fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1772G>A (p.Cys591Tyr) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1766_1767del (p.Phe589fs) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1768A>C (p.Thr590Pro) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
| NM_000493.4(COL10A1):c.1744T>G (p.Tyr582Asp) (opens in a new tab) | Schmid metaphyseal chondrodysplasia | Valószínűleg patogén | ★★★★1 csillag a 4-ből kritériumok megadva, egy beküldő |
See all 27 with every other COL10A1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
A(z) COL10A1 génhez kapcsolódó tulajdonságok
Az Emberi Fenotípus Ontológia ezeket a ritka betegségek jellemzőiként sorolja fel, amelyeket a(z) COL10A1 gén okozhat. Az egyes tulajdonságok oldalán fel vannak tüntetve a hozzájuk kapcsolódó további gének.
Abnormality of limbs
- Bowed thighbone
- Broad femoral neck
- Broad wide portion of long bone
- Coxa vara
- Enlarged end part of innermost thighbone
- Increased bone density in wide portion of long bone
- Irregular wide portion of a long bone
- Abnormal wide portion of innermost thighbone
Még 23 tulajdonság megjelenítése
- Abnormality of wide portion of outermost thighbone
- Limb undergrowth
- Metaphyseal cupping
- Abnormality of the wide portion of the hand bone
- Broad innermost finger bones of the hand
- Cupping of wide portion of long bone of hand
- Distal femoral metaphyseal irregularity
- Flared wide portion of long bone
- Knock knees
- Metaphyseal cupping of proximal phalanges
- Outward bow-leggedness
- Proximal femoral metaphyseal irregularity
- Short tubular bones of the hand
- Wide innermost wide portion of shankbone bone
- Bowed legs
- Radial metaphyseal irregularity
- Ulnar metaphyseal irregularity
- Broad middle finger bones
- Distal tibial bowing
- Irregular acetabular roof
- Metaphyseal chondrodysplasia
- Short middle bone of finger
- Short outermost finger bone
Abnormality of the musculoskeletal system
- Thick growth plates
- Abnormal formation of the hip
- Anterior rib cupping
- Excessive inward curvature of lower spine
- Increased bone density in ribs
- Short long bone
- Abnormal vertebral morphology
- Flattened vertebrae
Még 2 tulajdonság megjelenítése
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- GenCC és ClinGen, 2026-10-19 kiadás: mely állapotokhoz kapcsolódik a gén, és milyen erős a kapcsolat.
- Az ACMG másodlagos leletek listája, SF v3.2.
- ClinVar és a GIAB-stratifikációk: ismert betegséget okozó helyek és azok a régiók, amelyeket a rövid olvasatok nehezen kezelnek.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
- Az Emberi Fenotípus Ontológia, 2026-09-01. kiadás: a génhez kapcsolódó tulajdonságok. További információ: hpo.jax.org.
- Adatkiadás: 2026.10.19-9814e911.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). COL10A1 gén: collagen type X alpha 1 chain. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/col10a1
Dante Labs. COL10A1 gén: collagen type X alpha 1 chain [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/col10a1
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt