Γονίδιο
PPP2R1A
protein phosphatase 2 scaffold subunit Aalpha
- HGNC 9302↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- Γονίδιο Ensembl ENSG00000105568↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- NCBI Gene 5518↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
Σύνοψη
- Κυτογενετική θέση
- 19q13.41
- Συντεταγμένες
- Χρωμόσωμα 19: 52.190.052–52.229.518 (GRCh38)
- Εξόνια
- 15 έξώνια σε 39,5 kb
- Πρωτεΐνη
- 589 αμινοξέα
- Γνωστό επίσης ως
- PR65A, PP2A-Aalpha, PP2AA
- Μεταγράφημα MANE Select
- ENST00000322088.11NM_014225.6
- Τύπος locus
- Κωδικοποιητικά πρωτεΐνες
- Πολύ υψηλή
- Υψηλή
- Χαμηλή
- Πολύ χαμηλή
Αυτή η σελίδα ως δεδομένα
Προσθέστε .json στη διεύθυνση της σελίδας ή ζητήστε application/json, για να τη διαβάσετε ως JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/ppp2r1a.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameΔιαβάστε το PPP2R1A, και το υπόλοιπο γονιδίωμά σας, με μία εξέταση.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες
Αποκτήστε το Genome Test σαςΕπιμελημένες αναφορές που σχετίζονται με αυτό το γονίδιο
Καμία αναφορά Genome Test δεν διαβάζει ακόμα το PPP2R1A. Η εξέταση αλληλουχεί ολόκληρο το γονιδίωμά σας, άρα τα δεδομένα σας το περιλαμβάνουν ούτως ή άλλως.
Πώς είναι διαταγμένο το PPP2R1A
- Κωδικοποιούσα αλληλουχία
- Μη μεταφραζόμενη περιοχή
- Ιντρόνιο
- Κατεύθυνση μεταγραφής
- Γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο
- Περιοχές που τα σύντομα αναγνώσματα βρίσκουν δύσκολες
Εξόνια του μεταγράφηματος MANE Select του γονιδίου (έκδοση v1.5), από τα NCBI και το EMBL-EBI, στο γονιδίωμα αναφοράς GRCh38.
Ζώνες χρωμοσωμάτων από το ιδεόγραμμα GRCh38 του UCSC (2022-10-29).
Γειτονικά γονίδια από την έκδοση 116 του Ensembl, στο GRCh38.
Τα εξόνια αποτελούν 5,4 kb από τα 39,5 kb του γονιδίου· 1.770 από αυτές τις βάσεις κωδικοποιούν την πρωτεΐνη.
Αλληλούχιση PPP2R1A
1Εύκολο
Πόσο δύσκολο είναι να αλληλουχηθεί το PPP2R1A με σύντομες αναγνώσεις, σε κλίμακα από 0 έως 100
0 · Εύκολο100 · Δύσκολο
Σχεδόν όλα τα εξόνια του PPP2R1A βρίσκονται σε σημεία όπου οι σύντομες αναγνώσεις αντιστοιχίζονται καθαρά.
Με ό,τι προστίθεται: το ποσοστό των εξονίων του PPP2R1A σε κάθε είδος δύσκολης περιοχής
- Δυνατότητα τοποθέτησηςΤμήματα όπου αναγνώσεις 100 ή 250 bp δεν μπορούν να τοποθετηθούν μοναδικά, οπότε μια κλήση εκεί μπορεί να λείπει ή να είναι λανθασμένη. Βάρος 35%.0%
- ΟμολογίαΤμηματικές διπλασιάσεις: αντίγραφα αλλού στο γονιδίωμα, όπως παράλογα γονίδια και ψευδογονίδια, με ταυτότητα 90% ή μεγαλύτερη. Βάρος 30%.0%
- ΕπαναλήψειςΔιαδοχικές επαναλήψεις και σειρές από μία βάση, πάνω στις οποίες οι αναγνώσεις γλιστρούν και ίσως δεν τις καλύπτουν πλήρως. Βάρος 15%.1%
- Περιεκτικότητα σε GCΠαράθυρα με λιγότερο από 25% ή περισσότερο από 65% G και C, τα οποία η προετοιμασία της βιβλιοθήκης καλύπτει ελλιπώς. Βάρος 10%.5,2%
- Κάλυψη αναφοράςΚενά στο κοντινό τμήμα του συναρμολογημένου γονιδιώματος αναφοράς, όπου δεν υπάρχει αλληλουχία με την οποία να ευθυγραμμίζονται οι αναγνώσεις. Βάρος 10%.0%
Βαθμολογία της Dante Labs από δική μας έρευνα, βασισμένη στους χάρτες NIST Genome in a Bottle για δύσκολα προς αλληλούχιση περιοχές.Πώς υπολογίζεταιΚάθε μπάρα είναι το ποσοστό των βάσεων των εξονίων του PPP2R1A που βρίσκονται σε αυτό το είδος δύσκολης περιοχής. Κάθε μεμονωμένο είδος μπορεί από μόνο του να κάνει ένα γονίδιο δύσκολο, και κάθε επιπλέον είδος προσθέτει λιγότερο: 0 όταν καμία βάση δεν ανήκει σε κάποιο, 100 όταν κάθε βάση βρίσκεται σε περιοχή όπου οι αναγνώσεις δεν μπορούν να τοποθετηθούν μοναδικά.
18
θέσεις στο PPP2R1A όπου το ClinVar κατατάσσει μια μεταβολή ως παθογόνες ή πιθανώς παθογόνες
Καμία από αυτές δεν βρίσκεται σε περιοχή που οι σύντομες αναγνώσεις δυσκολεύονται να καλύψουν.
Ένα πλήρες γονιδίωμα καλύπτει και τα 39,5 kb του PPP2R1A, συμπεριλαμβανομένων των ιντρονίων, και όχι μόνο τα 5,4 kb των εξονίων.
ClinVar pathogenic variants (19)
The PPP2R1A variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Παθογόνο 4
- Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο 6
- Πιθανώς παθογόνο 9
| Παραλλαγή | Conditions | Ταξινόμηση ClinVar | Κατάσταση αξιολόγησης |
|---|---|---|---|
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.539T>C (p.Met180Thr) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.544C>T (p.Arg182Trp) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.547C>T (p.Arg183Trp) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.548G>A (p.Arg183Gln) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.656C>T (p.Ser219Leu) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.773G>A (p.Arg258His) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο/πιθανώς παθογόνο | ★★★★2 αστέρια από 4 παρέχονται κριτήρια, πολλοί υποβολείς, χωρίς συγκρούσεις |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.533C>A (p.Thr178Asn) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.538A>G (p.Met180Val) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.658G>A (p.Val220Met) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.843dup (p.Asp282fs) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.352G>A (p.Glu118Lys) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.400C>T (p.Arg134Trp) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.522C>G (p.Cys174Trp) (opens in a new tab) | neurodevelopmental disorder | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.532A>G (p.Thr178Ala) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.536C>A (p.Pro179His) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.545G>A (p.Arg182Gln) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.548G>C (p.Arg183Pro) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.1000G>T (p.Val334Leu) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
| NM_014225.6(PPP2R1A):c.1493G>T (p.Arg498Leu) (opens in a new tab) | Houge-Janssens syndrome 2 | Πιθανώς παθογόνο | ★★★★1 αστέρι από 4 παρέχονται κριτήρια, ένας υποβολέας |
Χαρακτηριστικά που συνδέονται με το PPP2R1A
Το Human Phenotype Ontology καταγράφει αυτά ως χαρακτηριστικά των σπάνιων παθήσεων που μπορεί να προκαλέσει το PPP2R1A. Η σελίδα κάθε χαρακτηριστικού εμφανίζει τα άλλα γονίδια που συνδέονται με αυτό.
Abnormality of head or neck
- Abnormally small head
- Asymmetry of the posterior head
- Decreased facial muscle tone
- Facial asymmetry
- Nasal tip, upturned
- Open mouth
- Prominent metopic ridge
- Upper eyelid entropion
Εμφάνιση 2 ακόμη χαρακτηριστικών
Εξωτερικοί σύνδεσμοι
Εγγραφές γονιδίου
Μεταγράφημα
Πρωτεΐνη
Από πού προέρχονται αυτά
- HGNC: το σύμβολο, το όνομα, τα άλλα σύμβολα και η θέση του γονιδίου.
- MANE Select v1.5, από NCBI και EMBL-EBI: το μεταγράφημα, τα εξόνιά του και η κωδικοποιούσα αλληλουχία.
- ClinVar και οι στρωματοποιήσεις GIAB: γνωστές θέσεις που προκαλούν νόσο, και οι περιοχές που οι βραχείες αναγνώσεις βρίσκουν δύσκολες.
- Οι στρωματοποιήσεις γονιδιώματος Genome in a Bottle, από το NIST: η βαθμολογία δυσκολίας αλληλούχισης.
- Το Human Phenotype Ontology, έκδοση 2026-09-01: τα χαρακτηριστικά που συνδέονται με το γονίδιο. Μάθετε περισσότερα στο hpo.jax.org.
- Έκδοση δεδομένων 2026.10.18-e609d43e.
Παραπομπή σε αυτή τη σελίδα
Dante Labs. (χ.η.). Γονίδιο PPP2R1A: protein phosphatase 2 scaffold subunit Aalpha. Ανάκτηση 18 Οκτωβρίου 2026, από https://dantelabs.com/el/genes/ppp2r1a
Dante Labs. Γονίδιο PPP2R1A: protein phosphatase 2 scaffold subunit Aalpha [Internet]. [ανακτήθηκε 18 Οκτωβρίου 2026]. Διαθέσιμο από: https://dantelabs.com/el/genes/ppp2r1a
Ένα τεστ. Απαντήσεις για όλη τη ζωή.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες